186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3327 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3327  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 228 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.582941 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2865  formate dehydrogenase, gamma subunit  57.42 
 
 		 235 aa  256  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.019159  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0660  formate dehydrogenase, gamma subunit  55.02 
 
 		 235 aa  237  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0549126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1090  formate dehydrogenase, gamma subunit  53.27 
 
 		 240 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.36319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2827  formate dehydrogenase, gamma subunit  52.17 
 
 		 228 aa  222  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.501112  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3263  formate dehydrogenase, gamma subunit  50 
 
 		 215 aa  205  5e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.688526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6558  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.74 
 
 		 218 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892588  hitchhiker  0.000719745 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2551  formate dehydrogenase gamma subunit  47.74 
 
 		 218 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233004  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2700  formate dehydrogenase gamma subunit  44.14 
 
 		 217 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.604172  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4520  formate dehydrogenase, gamma subunit  49.24 
 
 		 211 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0546  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.29 
 
 		 218 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4278  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1681  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.45 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0728  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.45 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4371  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2394  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.45 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0099056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2257  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.45 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4087  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.79 
 
 		 211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03777  formate dehydrogenase-O, cytochrome b556 subunit  41.26 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4092  formate dehydrogenase, gamma subunit  41.26 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03726  hypothetical protein  41.26 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5342  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.412643 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4126  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4120  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4421  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  182  3e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3881  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.98 
 
 		 208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.208966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3379  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.98 
 
 		 208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.765789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1901  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.45 
 
 		 208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335747  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0573  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.45 
 
 		 208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15666  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1208  formate dehydrogenase, gamma subunit, putative  42.86 
 
 		 211 aa  181  7e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1694  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.94 
 
 		 208 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4595  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.47 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4361  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4270  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4248  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.661793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4426  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4315  formate dehydrogenase-O subunit gamma  41.26 
 
 		 211 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4380  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.98 
 
 		 208 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.212016  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3986  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.98 
 
 		 208 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3542  formate dehydrogenase, gamma subunit  48.98 
 
 		 208 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0474806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2098  formate dehydrogenase gamma subunit  48.47 
 
 		 208 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.976655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0086  formate dehydrogenase-O subunit gamma  39.91 
 
 		 211 aa  179  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0709  formate dehydrogenase, gamma subunit  46.97 
 
 		 208 aa  177  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0525  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.02 
 
 		 218 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.903346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0491  formate dehydrogenase, gamma subunit  44.02 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.352567 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0534  formate dehydrogenase, gamma subunit  43.54 
 
 		 218 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793467 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0040  formate dehydrogenase-O subunit gamma  40.64 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3768  formate dehydrogenase-O subunit gamma  40.64 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4117  formate dehydrogenase-O subunit gamma  40.64 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63570  nitrate-inducible formate dehydrogenase, gamma subunit  44.28 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5529  nitrate-inducible formate dehydrogenase subunit gamma  43.78 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1429  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.35 
 
 		 211 aa  168  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3488  formate dehydrogenase, gamma subunit  38.92 
 
 		 208 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2517  formate dehydrogenase-O subunit gamma  42.86 
 
 		 211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1745  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 218 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.504585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1597  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 218 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1684  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 218 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1682  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 218 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.798131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1775  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 218 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2660  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.1 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.485157  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1333  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.35 
 
 		 213 aa  155  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3756  formate dehydrogenase gamma subunit  40.41 
 
 		 216 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3812  formate dehydrogenase, gamma subunit  40.2 
 
 		 216 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3896  formate dehydrogenase, gamma subunit  40.2 
 
 		 216 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01434  formate dehydrogenase-N, cytochrome B556 (gamma) subunit, nitrate-inducible  37.56 
 
 		 217 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2171  formate dehydrogenase, gamma subunit  37.56 
 
 		 217 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.323091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01446  hypothetical protein  37.56 
 
 		 217 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2088  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 217 aa  149  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2052  formate dehydrogenase-N subunit gamma  38.07 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.691652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03830  formate dehydrogenase, gamma subunit  37.38 
 
 		 215 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1739  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.351233  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2181  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 217 aa  149  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1559  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1658  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1698  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 217 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2010  formate dehydrogenase, gamma subunit  38 
 
 		 239 aa  148  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1816  formate dehydrogenase gamma subunit  41.33 
 
 		 206 aa  147  9e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.621402  normal  0.0631982 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1752  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.62 
 
 		 212 aa  145  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.125669  hitchhiker  0.000744815 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1284  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 211 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.43156  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3047  formate dehydrogenase-N subunit gamma  37.56 
 
 		 211 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2091  formate dehydrogenase gamma subunit  33.51 
 
 		 207 aa  135  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000354882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0440  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.69 
 
 		 214 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0107  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.63 
 
 		 213 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0106  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.63 
 
 		 213 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0102  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.63 
 
 		 213 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0099  formate dehydrogenase gamma subunit  31.58 
 
 		 213 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  31.58 
 
 		 213 aa  122  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0103  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, cytochrome b556 subunit  31.58 
 
 		 213 aa  122  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0104  formate dehydrogenase gamma subunit  31.05 
 
 		 213 aa  121  9e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0870  formate dehydrogenase gamma subunit  33.17 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.28 
 
 		 339 aa  92  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.44 
 
 		 339 aa  88.6  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.25 
 
 		 345 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.8 
 
 		 345 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.8 
 
 		 345 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2640  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.95 
 
 		 204 aa  85.5  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.174669 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.8 
 
 		 345 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1573  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.95 
 
 		 204 aa  85.1  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.28 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  31.9 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>