55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0451 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 241 aa  497  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.61 
 
 		 228 aa  205  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.65 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  39.81 
 
 		 218 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  39.07 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.89 
 
 		 221 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.96 
 
 		 220 aa  148  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.43 
 
 		 221 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.43 
 
 		 221 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.5 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.56 
 
 		 218 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.04 
 
 		 222 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.79 
 
 		 221 aa  144  9e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.24 
 
 		 220 aa  142  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  38.07 
 
 		 220 aa  142  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  36.94 
 
 		 223 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.98 
 
 		 239 aa  139  6e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.91 
 
 		 222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.23 
 
 		 244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.85 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.22 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.79 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.57 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.65 
 
 		 224 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.57 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  36.15 
 
 		 214 aa  131  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.47 
 
 		 222 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.72 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  35.81 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.03 
 
 		 235 aa  122  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.88 
 
 		 214 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  34.08 
 
 		 230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  35.81 
 
 		 226 aa  118  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  34.86 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  35.27 
 
 		 223 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.44 
 
 		 212 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  35.45 
 
 		 192 aa  103  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  28.81 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.86 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  39.36 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  27.78 
 
 		 132 aa  54.7  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.67 
 
 		 117 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  38.98 
 
 		 114 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.1 
 
 		 117 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  35.62 
 
 		 224 aa  50.4  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  31 
 
 		 125 aa  47.8  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  30.95 
 
 		 226 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.71 
 
 		 206 aa  45.8  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.29 
 
 		 216 aa  45.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.89 
 
 		 231 aa  45.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  28.57 
 
 		 228 aa  43.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5329  hypothetical protein  42.03 
 
 		 104 aa  43.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.37846 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.92 
 
 		 136 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>