87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1653 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1653  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  100 
 
 		 95 aa  194  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.141648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1935  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  97.89 
 
 		 95 aa  189  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1578  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  95.79 
 
 		 95 aa  186  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.940084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4701  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  70 
 
 		 90 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.63814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1142  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  65.85 
 
 		 91 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.432537 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3376  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  59.79 
 
 		 98 aa  108  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.583809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2365  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  60.26 
 
 		 97 aa  101  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1948  sarcosine oxidase, delta subunit  61.84 
 
 		 87 aa  99.4  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.593467 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4908  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  60.92 
 
 		 104 aa  93.6  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.269045 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7232  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  53.76 
 
 		 93 aa  90.1  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.393713  normal  0.0417746 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5634  sarcosine oxidase, delta subunit family  51.61 
 
 		 93 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2637  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  55.56 
 
 		 95 aa  84.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2265  putative sarcosine oxidase  51.76 
 
 		 87 aa  81.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.437713 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3288  sarcosine oxidase delta subunit family protein  50 
 
 		 92 aa  81.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.803176 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3446  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  45.45 
 
 		 87 aa  77.4  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.972613  normal  0.507258 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2146  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  51.14 
 
 		 92 aa  77.4  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5745  sarcosine oxidase delta subunit  51.95 
 
 		 90 aa  76.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.576459  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3857  sarcosine oxidase delta subunit family protein  50 
 
 		 92 aa  74.7  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.024092  normal  0.0281213 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1861  sarcosine oxidase, delta subunit  45.68 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.762279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1953  sarcosine oxidase delta subunit  45.68 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0997  sarcosine oxidase delta subunit (sarcosine oxidasesubunit D)  44.44 
 
 		 97 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.97807  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0394  sarcosine oxidase, delta chain  44.44 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0047  sarcosine oxidase subunit delta  42.17 
 
 		 107 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.495698 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3332  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  39.29 
 
 		 99 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.460524  normal  0.508488 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1599  SoxD  41.98 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3703  sarcosine oxidase delta subunit family protein  38.46 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4829  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  44.44 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0459  sarcosine oxidase, delta subunit  40.21 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5049  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  38.95 
 
 		 112 aa  67  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.43634  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3594  sarcosine oxidase, delta subunit family  40.48 
 
 		 136 aa  66.2  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1102  sarcosine oxidase subunit delta  40.43 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0487  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.74 
 
 		 99 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6205  sarcosine oxidase delta subunit  42.11 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.258516  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71490  sarcosine oxidase delta subunit  47.44 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2882  sarcosine oxidase, delta subunit family  40 
 
 		 104 aa  65.1  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.245307  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3505  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  40 
 
 		 99 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4545  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40.74 
 
 		 103 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4714  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  44.58 
 
 		 98 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5206  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  46.15 
 
 		 109 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5068  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  40.74 
 
 		 103 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5150  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40 
 
 		 99 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18820  sarcosine oxidase, delta subunit family, heterotetrameric form  42.67 
 
 		 101 aa  63.9  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5129  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  40 
 
 		 99 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal  0.549971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3217  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  40 
 
 		 99 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00204366  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0346  sarcosine oxidase delta subunit family protein  40.21 
 
 		 111 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.670889  normal  0.611429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0324  sarcosine oxidase, delta subunit family  40.21 
 
 		 111 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.434954  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0347  sarcosine oxidase delta subunit family protein  40.21 
 
 		 111 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418659  normal  0.928034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4883  sarcosine oxidase delta subunit family protein  46.15 
 
 		 111 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.437416 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2759  sarcosine oxidase delta subunit family protein  40.74 
 
 		 99 aa  62  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4130  sarcosine oxidase delta subunit family protein  43.59 
 
 		 108 aa  62  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0944  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  43.75 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4047  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  42.11 
 
 		 117 aa  60.1  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2751  sarcosine oxidase delta subunit family protein  35.64 
 
 		 113 aa  54.3  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0999  sarcosine oxidase delta subunit family protein  39.74 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3357  sarcosine oxidase, delta subunit family  42.47 
 
 		 113 aa  53.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0970  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  28.71 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0223  sarcosine oxidase, delta subunit  41.1 
 
 		 101 aa  52.4  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.835097  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0230  sarcosine oxidase, delta subunit  41.1 
 
 		 101 aa  52.4  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3659  sarcosine oxidase, delta subunit family  41.1 
 
 		 113 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.165705 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3776  sarcosine oxidase delta subunit  38.36 
 
 		 106 aa  52  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8585  sarcosine oxidase, delta subunit family  35.87 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0993  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  38.46 
 
 		 84 aa  51.2  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.706743  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4032  sarcosine oxidase, delta subunit family  37.5 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.110857 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2479  sarcosine oxidase, delta subunit  38.75 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4033  sarcosine oxidase, delta subunit  38.75 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0302  sarcosine oxidase delta subunit family protein  39.73 
 
 		 101 aa  50.8  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499086  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3992  sarcosine oxidase, delta subunit family  38.89 
 
 		 114 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0514  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  35.06 
 
 		 126 aa  50.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5915  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  39.13 
 
 		 85 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892055 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3392  sarcosine oxidase, delta subunit family  38.89 
 
 		 98 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0969492  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3737  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.11 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.573954  normal  0.413879 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3473  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  36.49 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2688  putative sarcosine oxidase delta subunit protein  30.12 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334948  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1346  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  30.12 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.801714  normal  0.0204443 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1875  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  30.12 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.211862  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2486  sarcosine oxidase delta subunit family protein  36.14 
 
 		 98 aa  47  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0868  sarcosine oxidase delta subunit family protein  32.91 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2451  sarcosine oxidase, delta subunit  31.03 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164476  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2223  sarcosine oxidase, delta subunit  31.03 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.075744  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2103  sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  33.78 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658737 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2185  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  29.67 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2116  putative sarcosine oxidase  35.62 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2495  sarcosine oxidase subunit D  35.14 
 
 		 88 aa  43.5  0.0009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403118  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1350  sarcosine oxidase subunit D  31.25 
 
 		 89 aa  43.5  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000302507  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1695  Sarcosine oxidase delta subunit heterotetrameric  40.58 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0453  sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric  33.78 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000175781  normal  0.381064 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0592  sarcosine oxidase delta subunit family protein  29.29 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>