179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0063 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  94.62 
 
 		 93 bp  145  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0042  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 93 bp  113  8.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.810595  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  89.7  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    90.67 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 95 bp  81.8  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.505104  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  94 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  92 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0052  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0084  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.242329  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0043  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000118785  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>