More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3267 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_3267  ribonuclease H  100 
 
 		 169 aa  339  9e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.272769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1653  ribonuclease H  75.89 
 
 		 160 aa  202  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  63.7 
 
 		 153 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  59.06 
 
 		 150 aa  185  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  61.43 
 
 		 145 aa  184  5e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  60.96 
 
 		 150 aa  181  5.0000000000000004e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  64.08 
 
 		 149 aa  179  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  63.04 
 
 		 160 aa  179  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1297  ribonuclease H  60.29 
 
 		 150 aa  177  4.999999999999999e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  56.85 
 
 		 148 aa  177  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  60.56 
 
 		 163 aa  176  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  56.85 
 
 		 148 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  56.85 
 
 		 148 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1362  ribonuclease H  61.65 
 
 		 150 aa  176  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  56.85 
 
 		 148 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  56.85 
 
 		 148 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  56.85 
 
 		 148 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  56.85 
 
 		 148 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  56.16 
 
 		 146 aa  175  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  60 
 
 		 150 aa  174  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4573  Ribonuclease H  59.85 
 
 		 159 aa  174  7e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  62.77 
 
 		 146 aa  173  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  56.95 
 
 		 170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  57.78 
 
 		 148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  57.78 
 
 		 148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  59.59 
 
 		 149 aa  171  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  57.86 
 
 		 153 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  63.7 
 
 		 159 aa  171  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  57.86 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  57.86 
 
 		 150 aa  169  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  58.21 
 
 		 148 aa  170  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  55 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  55 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  59.71 
 
 		 162 aa  170  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  55 
 
 		 147 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  51.61 
 
 		 163 aa  170  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  60.74 
 
 		 161 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  59.12 
 
 		 147 aa  169  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  59.56 
 
 		 143 aa  169  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  63.91 
 
 		 152 aa  169  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  57.86 
 
 		 148 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  56.64 
 
 		 156 aa  167  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1662  Ribonuclease H  63.43 
 
 		 185 aa  167  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  54.29 
 
 		 147 aa  167  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2690  ribonuclease H  57.14 
 
 		 146 aa  167  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  58.65 
 
 		 160 aa  167  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  56.43 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  56.43 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  56.43 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2340  ribonuclease H  57.64 
 
 		 149 aa  166  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.467837  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1764  ribonuclease H  55.4 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00307847 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  53.42 
 
 		 153 aa  166  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2453  ribonuclease H  55.4 
 
 		 148 aa  166  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  57.78 
 
 		 149 aa  166  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  54.29 
 
 		 147 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  54.29 
 
 		 147 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  53.59 
 
 		 164 aa  165  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  59.72 
 
 		 155 aa  165  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  51.35 
 
 		 185 aa  164  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  56.25 
 
 		 148 aa  164  5e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  57.14 
 
 		 147 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  58.82 
 
 		 150 aa  164  6.9999999999999995e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  57.89 
 
 		 153 aa  163  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  60.14 
 
 		 148 aa  163  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  55.97 
 
 		 148 aa  163  9e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  60.14 
 
 		 148 aa  163  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  57.78 
 
 		 148 aa  163  9e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  55 
 
 		 155 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1836  ribonuclease H  61.03 
 
 		 151 aa  163  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  54.55 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  54.55 
 
 		 154 aa  162  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  62.6 
 
 		 141 aa  162  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  51.39 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  51.39 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  51.39 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  55.8 
 
 		 152 aa  162  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2851  ribonuclease H  54.29 
 
 		 147 aa  161  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  54 
 
 		 151 aa  161  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1338  ribonuclease H  53.57 
 
 		 143 aa  161  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  56.34 
 
 		 157 aa  160  5.0000000000000005e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  56.72 
 
 		 150 aa  160  6e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  53.38 
 
 		 154 aa  160  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  52.82 
 
 		 158 aa  160  9e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  49.31 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1334  ribonuclease H  52.86 
 
 		 143 aa  159  1e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  53.96 
 
 		 157 aa  160  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  57.86 
 
 		 161 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  57.86 
 
 		 150 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4905  ribonuclease H  60.74 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  54.68 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  54.68 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4730  ribonuclease H  57.89 
 
 		 154 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  54.68 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  55.56 
 
 		 148 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  58.21 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  54.68 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  54.68 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  54.68 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  57.66 
 
 		 155 aa  159  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4436  ribonuclease H  57.89 
 
 		 154 aa  159  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285244  normal  0.136537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>