227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_R0034 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0056  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126363  hitchhiker  0.0000037028 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0043  tRNA-Gly  94.2 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54840  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000068368  unclonable  1.75195e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60400  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.589657  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01509  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0046  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.837906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0004  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0065  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0003  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.856118  normal  0.0346282 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0048  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0007  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289353  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0045  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0153561 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0003  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0022  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.928948 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>