99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0077 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0077  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.899895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0009  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1053  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.161017  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.916956  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07707  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.650845  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu04  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617497 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2315  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.627024  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0032  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  100 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0005  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.916543 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0006  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0138648  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0046  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0006  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.785646  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0046  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0027  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0040  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.850401 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0086  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0082  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00186312  normal  0.0281447 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.606248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0006  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.399437  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0036  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.977915  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0020    100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00753616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0015  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.211944 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0075  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000964905  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA50  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.391222  normal  0.656263 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0023  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0021  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.365312  normal  0.141763 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0005  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.570293  normal  0.011385 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>