More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1938 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
66 aa  136  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.37 
 
 
66 aa  105  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
66 aa  101  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  73.02 
 
 
66 aa  99  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 
66 aa  99  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
67 aa  97.4  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  65.15 
 
 
66 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  66.67 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
65 aa  91.3  4e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.49 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.54 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1492  cold-shock protein DNA-binding  64.06 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000192979  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1463  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  89.4  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302037  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
67 aa  90.1  1e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  60 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0972  CSD family cold shock protein  64.06 
 
 
77 aa  89  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  89  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  60 
 
 
66 aa  89.4  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  62.12 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7468  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
68 aa  88.6  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2901  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000000581473  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0036  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  66.67 
 
 
70 aa  87.8  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0890  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000324148  normal  0.0824036 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  65.08 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
70 aa  87.4  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
65 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
66 aa  87  7e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
66 aa  87  7e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  87  7e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  66.67 
 
 
66 aa  87  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
66 aa  87  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
65 aa  87  8e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0979  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.327909 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  87  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  86.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.85 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 
65 aa  85.5  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  59.09 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  63.49 
 
 
66 aa  85.5  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.58 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  61.9 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  63.49 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.3 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  63.93 
 
 
65 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
66 aa  84.3  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.57 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2454  cold shock protein CspA  65.57 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000020427  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
68 aa  84.3  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2257  cold shock protein CspA  65.57 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000681816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2216  cold shock protein  65.57 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.62754e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2177  cold shock protein  65.57 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0237  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692047  hitchhiker  0.0000000000000296416 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2440  cold shock protein CspA  65.57 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.11145 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2422  cold shock protein CspA  65.57 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000271714  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2521  cold shock protein CspA  65.57 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000175758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>