48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2148 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  100 
 
 		 206 aa  420  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  47.78 
 
 		 194 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  46.35 
 
 		 195 aa  162  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  44.77 
 
 		 205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  41.18 
 
 		 201 aa  151  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  40.11 
 
 		 204 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  45.88 
 
 		 200 aa  149  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  44.25 
 
 		 198 aa  147  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  43.02 
 
 		 204 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  43.1 
 
 		 198 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  43.1 
 
 		 198 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  40.1 
 
 		 202 aa  142  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  42.53 
 
 		 198 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  45.86 
 
 		 187 aa  141  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  45.65 
 
 		 186 aa  141  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  45.86 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  43.75 
 
 		 194 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  42.63 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  41.88 
 
 		 209 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  44.72 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  42.04 
 
 		 186 aa  124  9e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  41.67 
 
 		 205 aa  108  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  37.28 
 
 		 183 aa  101  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  42.55 
 
 		 162 aa  95.1  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  36.11 
 
 		 193 aa  91.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  36.17 
 
 		 183 aa  91.3  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  37.43 
 
 		 187 aa  85.5  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 342 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  25 
 
 		 198 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 342 aa  51.6  0.000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  25.82 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  24.85 
 
 		 230 aa  48.1  0.00009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  32.45 
 
 		 327 aa  47.8  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  29.41 
 
 		 199 aa  47  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  28.03 
 
 		 204 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  27.78 
 
 		 287 aa  44.7  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 291 aa  44.3  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  30.43 
 
 		 220 aa  44.3  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  26.63 
 
 		 204 aa  44.7  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  25.38 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  23.98 
 
 		 554 aa  43.1  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  32.39 
 
 		 291 aa  42.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1093  Rhomboid family protein  28.33 
 
 		 198 aa  42.7  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0800  rhomboid family protein  28.1 
 
 		 181 aa  42  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 340 aa  42  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  25.73 
 
 		 216 aa  41.6  0.009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0241  hypothetical protein  28.69 
 
 		 190 aa  41.6  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  23.03 
 
 		 225 aa  41.2  0.01  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>