39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6545 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6259  hypothetical protein  99.66 
 
 		 298 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.486413 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6545  hypothetical protein  100 
 
 		 297 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.688518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3232  hypothetical protein  90.91 
 
 		 297 aa  564  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.389417  normal  0.383811 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4081  hypothetical protein  90.24 
 
 		 298 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4285  hypothetical protein  90.24 
 
 		 298 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46217  normal  0.974652 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2725  meta-pathway phenol degradation-like protein  60.51 
 
 		 288 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0005  hypothetical protein  41.9 
 
 		 295 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.489422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4520  putative signal peptide  38.87 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1460  putative signal peptide  39.93 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00422609  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3351  hypothetical protein  38.38 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0824985  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1158  putative signal peptide  40.29 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2099  putative signal peptide  37.23 
 
 		 296 aa  159  8e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00558021  normal  0.7383 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3429  putative signal peptide  35.77 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3246  putative signal peptide  33.1 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620994 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5137  hypothetical protein  39.52 
 
 		 282 aa  142  9e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.510015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1344  putative signal peptide  33.92 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1259  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  30.42 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0181867 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5058  putative signal peptide  30.23 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0192886  normal  0.0905657 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2000  putative signal peptide  30.03 
 
 		 291 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2846  hypothetical protein  30.8 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0548  hypothetical protein  38.41 
 
 		 152 aa  91.3  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0826434  hitchhiker  0.00673364 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3742  putative phenol degradation enzyme  25.46 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3016  phenol degradation enzyme  25.09 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0551  hypothetical protein  38.83 
 
 		 151 aa  76.6  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319027  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1344  hypothetical protein  27.61 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.43261  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15280  hypothetical protein  24.73 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0013273  hitchhiker  0.000000000000157451 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2001  hypothetical protein  25.71 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.949569  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1088  hypothetical protein  25.09 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.454901 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0885  hypothetical protein  26.84 
 
 		 296 aa  57  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00140795  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0486  hypothetical protein  27.66 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0628681  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1758  hypothetical protein  23 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404134  normal  0.0201554 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0207  hypothetical protein  24.86 
 
 		 326 aa  54.3  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.311208 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7181  protein involved in meta-pathway of phenol degradation-like  26.47 
 
 		 318 aa  51.6  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0516478 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6305  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  25.98 
 
 		 319 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.477506  normal  0.244867 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6009  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  25.49 
 
 		 319 aa  49.7  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2732  putative signal peptide  28.93 
 
 		 315 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5489  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like  25 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6775  protein involved in MetA-pathway of phenol degradation-like protein  25 
 
 		 318 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.617497 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6363  MetA-pathway-like protein  24.51 
 
 		 318 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>