More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5891 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5891  formyl transferase domain-containing protein  100 
 
 
284 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487641  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5673  formyl transferase domain-containing protein  97.89 
 
 
284 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0384109 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1190  formyl transferase domain protein  49.47 
 
 
288 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.738205  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1060  formyl transferase domain-containing protein  49.11 
 
 
288 aa  261  8e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.113837 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5456  formyl transferase domain-containing protein  50 
 
 
288 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0931925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1761  formyl transferase domain protein  49.82 
 
 
288 aa  259  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.805724  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0982  formyl transferase domain protein  50.36 
 
 
288 aa  245  6e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5625  formyl transferase domain-containing protein  49.82 
 
 
287 aa  231  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.165091 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  25.62 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  25.62 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  33.19 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  26.32 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  33.19 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  26.44 
 
 
307 aa  77.4  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  26.62 
 
 
311 aa  76.6  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3407  methionyl-tRNA formyltransferase  27.21 
 
 
331 aa  75.9  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.667416  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  26.48 
 
 
315 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00312  methionyl-tRNA formyltransferase  25.37 
 
 
256 aa  75.1  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  26.13 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  26.99 
 
 
301 aa  73.6  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  29.65 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  25.87 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  30.9 
 
 
299 aa  72.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  29.13 
 
 
306 aa  72.4  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6485  methionyl-tRNA formyltransferase  25.42 
 
 
315 aa  72  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53373  normal  0.520037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  25.78 
 
 
314 aa  72.4  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  25.78 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  28.38 
 
 
302 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0761  methionyl-tRNA formyltransferase  23.64 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000194014 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  31.5 
 
 
327 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  28.89 
 
 
302 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  26.3 
 
 
310 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3564  methionyl-tRNA formyltransferase  26.53 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0907  methionyl-tRNA formyltransferase  30.68 
 
 
310 aa  70.5  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000822843  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  27.66 
 
 
310 aa  70.1  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1412  methionyl-tRNA formyltransferase  23.42 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  30.41 
 
 
311 aa  69.7  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  25.78 
 
 
315 aa  69.7  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  28.7 
 
 
306 aa  69.7  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  27.63 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  28.51 
 
 
308 aa  68.9  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  25.79 
 
 
321 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  27.14 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3859  methionyl-tRNA formyltransferase  32.89 
 
 
323 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  30.26 
 
 
301 aa  68.6  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  26.67 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  27.97 
 
 
316 aa  68.2  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  28.51 
 
 
307 aa  67.8  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  28.26 
 
 
306 aa  67.4  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0858  methionyl-tRNA formyltransferase  25.17 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  26.85 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  26.67 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1231  methionyl-tRNA formyltransferase  23.39 
 
 
314 aa  67  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000178496  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1221  methionyl-tRNA formyltransferase  24.04 
 
 
304 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.820089  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  31.82 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  26.76 
 
 
318 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0160  methionyl-tRNA formyltransferase  31.82 
 
 
327 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  31.82 
 
 
327 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0143  methionyl-tRNA formyltransferase  31.82 
 
 
327 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  26.22 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  26.22 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  27.14 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  26.22 
 
 
318 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2805  methionyl-tRNA formyltransferase  31.82 
 
 
337 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2275  methionyl-tRNA formyltransferase  31.82 
 
 
337 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0343  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  28.77 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0278  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  30.4 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2353  methionyl-tRNA formyltransferase  31.82 
 
 
337 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  28.57 
 
 
323 aa  65.9  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  28.7 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4977  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  26.22 
 
 
318 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  28.83 
 
 
307 aa  65.5  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0326  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  24.74 
 
 
315 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  29.05 
 
 
309 aa  65.1  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1439  methionyl-tRNA formyltransferase  27.83 
 
 
314 aa  65.1  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  22.97 
 
 
301 aa  65.1  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000190251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0017  formyl transferase domain-containing protein  38.46 
 
 
292 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0278166  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0276  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  30.65 
 
 
195 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  28.63 
 
 
311 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0269  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0272  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0329  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  28.44 
 
 
323 aa  64.3  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0297  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  33.94 
 
 
195 aa  64.3  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  27.72 
 
 
297 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  30.43 
 
 
312 aa  64.3  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  27.14 
 
 
318 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>