More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6601 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010553  BamMC406_6601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
258 aa  518  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2560  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.78 
 
 
230 aa  236  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.645171  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4638  amino acid ABC transporter permease  52.68 
 
 
229 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3725  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.68 
 
 
229 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0898326 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2377  ABC His/Glu/Gln/Arg/opine transporter, inner membrane subunit  52.23 
 
 
243 aa  221  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413222  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3796  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.23 
 
 
229 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.719623  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1410  histidine ABC transporter, permease protein  51.34 
 
 
229 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157931  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5464  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.34 
 
 
229 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3607  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.34 
 
 
229 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488418  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2567  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.11 
 
 
229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.386415  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0987  histidine ABC transporter, permease protein  49.78 
 
 
229 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1580  histidine ABC transporter, permease protein  49.78 
 
 
229 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.280205  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3017  histidine ABC transporter, permease protein  49.78 
 
 
229 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606762  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1089  histidine ABC transporter, permease protein  50.45 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.518061  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1240  histidine ABC transporter, permease protein  50.45 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.842706  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0483  histidine ABC transporter, permease protein  50.45 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.158807  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1247  histidine transport system permease protein  49.34 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.520623  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0889  amino acid ABC transporter, permease protein  48.9 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1094  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  49.34 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0210  histidine ABC transporter, permease protein  50.45 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1089  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  49.34 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1355  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  50.45 
 
 
229 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0885  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.34 
 
 
229 aa  211  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.524811 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3309  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.71 
 
 
234 aa  211  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825201  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003971  arginine/ornithine ABC transporter permease protein AotQ  47.97 
 
 
246 aa  210  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1440  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  47.98 
 
 
371 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3391  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  49.34 
 
 
229 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.04 
 
 
253 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.712414  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1122  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.34 
 
 
229 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0696  amino acid ABC transporter permease  50.45 
 
 
229 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156874  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1153  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.45 
 
 
229 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.176367 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.45 
 
 
229 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2129  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.9 
 
 
260 aa  207  9e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356557  normal  0.354244 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01551  ABC transporter permease protein  46.75 
 
 
246 aa  207  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.45 
 
 
229 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4287  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  50.45 
 
 
229 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1959  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  46.22 
 
 
246 aa  206  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.450154  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2791  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  49.1 
 
 
229 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2853  histidine transport system permease protein  49.1 
 
 
229 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2732  amino acid ABC transporter, permease protein  49.1 
 
 
229 aa  205  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1377  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.21 
 
 
229 aa  205  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2857  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.64 
 
 
228 aa  204  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.224945  normal  0.227891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2927  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, innermembrane subunit  51.35 
 
 
233 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2789  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.77 
 
 
229 aa  201  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113989  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1474  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
229 aa  201  7e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.996981  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.55 
 
 
229 aa  201  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369418  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3448  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  47.27 
 
 
228 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3875  amino acid ABC transporter permease  48.02 
 
 
242 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.426238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2582  histidine ABC transporter permease HisQ  47.73 
 
 
228 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.114361 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2703  histidine ABC transporter permease HisQ  47.73 
 
 
228 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2594  histidine ABC transporter permease HisQ  47.73 
 
 
228 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2540  histidine ABC transporter permease protein HisQ  47.73 
 
 
228 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.512507  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2494  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  47.27 
 
 
228 aa  198  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4137  amino acid ABC transporter, permease protein  47.14 
 
 
237 aa  197  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1539  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.26 
 
 
228 aa  198  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02233  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  46.82 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1348  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.82 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.120013  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3570  amino acid ABC transporter permease  45.61 
 
 
229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.906452  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0352  histidine transport system permease HisQ  46.26 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.179299  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02193  hypothetical protein  46.82 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1429  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  46.26 
 
 
228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0521843  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.82 
 
 
228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.917469  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1827  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  45.18 
 
 
229 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.883387  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2458  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  46.82 
 
 
228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2464  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  46.82 
 
 
228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.796861  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2602  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  46.82 
 
 
228 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.311053  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5003  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.72 
 
 
229 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.750872 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2686  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  46.36 
 
 
228 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.9 
 
 
228 aa  195  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.462378  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4291  amino acid ABC transporter permease  45.18 
 
 
229 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1926  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.93 
 
 
228 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.432172 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3774  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.18 
 
 
229 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134573  hitchhiker  0.00153221 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.74 
 
 
229 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4485  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  44.74 
 
 
229 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1430  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.74 
 
 
229 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0905208  normal  0.971438 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2398  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.45 
 
 
230 aa  192  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1524  amino acid ABC transporter permease  46.15 
 
 
229 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26230  histidine transport system permease protein  46.88 
 
 
229 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0832582  normal  0.643473 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2880  arginine/ornithine transport system permease protein  50.88 
 
 
229 aa  192  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0976589  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2782  amino acid ABC transporter permease  50.86 
 
 
238 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2832  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  45.93 
 
 
246 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.49 
 
 
229 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.149871 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1793  amino acid ABC transporter permease  50.22 
 
 
229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.720602  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2409  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00711783 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2405  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314005  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1093  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.68 
 
 
229 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436853  normal  0.0653327 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2315  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
229 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.934444  normal  0.871758 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
229 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00988389  hitchhiker  0.0000000570063 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2450  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
229 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.371329  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1771  amino acid ABC transporter, permease protein  51.31 
 
 
229 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1453  amino acid ABC transporter, permease protein  48.31 
 
 
260 aa  188  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000402633  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5732  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  49.78 
 
 
229 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.570383  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.35 
 
 
229 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1209  amino acid ABC transporter permease  47.11 
 
 
242 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0336  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.93 
 
 
234 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4625  arginine/ornithine transport protein AotQ  46.97 
 
 
229 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52780  arginine/ornithine transport protein AotQ  46.97 
 
 
229 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0297  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  42.17 
 
 
244 aa  166  4e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0328  amino acid ABC transporter permease  41.74 
 
 
244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0533  amino acid ABC transporter permease  44.24 
 
 
234 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>