91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4259 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4259  30S ribosomal protein S21  100 
 
 		 82 aa  158  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156071  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1951  30S ribosomal protein S21  91.78 
 
 		 78 aa  132  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258071  normal  0.1132 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0811  30S ribosomal protein S21  91.78 
 
 		 78 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.218062 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0924  30S ribosomal protein S21  91.78 
 
 		 79 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0294351  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4529  30S ribosomal protein S21  83.78 
 
 		 91 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3962  30S ribosomal protein S21  82.89 
 
 		 100 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal  0.750031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4656  30S ribosomal protein S21  80.52 
 
 		 87 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6850  30S ribosomal protein S21  82.89 
 
 		 100 aa  120  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321881  normal  0.688892 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0999  30S ribosomal protein S21  81.58 
 
 		 95 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1233  30S ribosomal protein S21  81.58 
 
 		 95 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110904  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1422  30S ribosomal protein S21  80.52 
 
 		 100 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3775  30S ribosomal protein S21  75.95 
 
 		 79 aa  119  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1445  30S ribosomal protein S21  80.52 
 
 		 101 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.815794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3994  SSU ribosomal protein S21P  80.82 
 
 		 75 aa  118  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.756973  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7554  30S ribosomal protein S21  73.42 
 
 		 99 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6336  30S ribosomal protein S21  76.62 
 
 		 78 aa  117  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2287  30S ribosomal protein S21  75.95 
 
 		 79 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.281823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0318  30S ribosomal protein S21  84.06 
 
 		 79 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.124405  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1546  ribosomal protein S21  76 
 
 		 111 aa  114  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.770446 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4580  30S ribosomal protein S21  77.78 
 
 		 77 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.44401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3777  30S ribosomal protein S21  73.81 
 
 		 105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0857629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5536  30S ribosomal protein S21  79.73 
 
 		 111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.725076  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4033  30S ribosomal protein S21  73.81 
 
 		 102 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.734588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0302  30S ribosomal protein S21  79.71 
 
 		 77 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4071  30S ribosomal protein S21  73.81 
 
 		 105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2753  30S ribosomal protein S21  80 
 
 		 71 aa  110  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0684  30S ribosomal protein S21  79.73 
 
 		 97 aa  110  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.42682 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1490  30S ribosomal protein S21  79.73 
 
 		 96 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.551484  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3664  30S ribosomal protein S21  78.57 
 
 		 71 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.159023  normal  0.324172 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3362  30S ribosomal protein S21  79.71 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.17899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3891  30S ribosomal protein S21  79.41 
 
 		 68 aa  107  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0666745 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2519  30S ribosomal protein S21  79.41 
 
 		 68 aa  105  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0246  30S ribosomal protein S21  79.41 
 
 		 68 aa  104  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6014  ribosomal protein S21  73.97 
 
 		 79 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3283  30S ribosomal protein S21  76.12 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2267  30S ribosomal protein S21  79.41 
 
 		 68 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399019  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1043  30S ribosomal protein S21  76.12 
 
 		 80 aa  100  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2373  30S ribosomal protein S21  76.47 
 
 		 68 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.542346 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0718  30S ribosomal protein S21  76.47 
 
 		 68 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0404324  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2437  30S ribosomal protein S21  76.47 
 
 		 68 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0560968 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0906  30S ribosomal protein S21  80 
 
 		 75 aa  95.1  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0966  30S ribosomal protein S21  80 
 
 		 75 aa  95.1  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.14611  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1391  30S ribosomal protein S21  80 
 
 		 75 aa  94.7  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.356035  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1253  ribosomal protein S21  77.14 
 
 		 76 aa  94.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193368  normal  0.239118 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2800  30S ribosomal protein S21  80 
 
 		 76 aa  94.7  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.556498  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2835  30S ribosomal protein S21  71.21 
 
 		 68 aa  94.7  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0730941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0900  30S ribosomal protein S21  72.73 
 
 		 89 aa  93.6  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2562  SSU ribosomal protein S21P  77.94 
 
 		 92 aa  90.1  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2067  ribosomal protein S21  72.6 
 
 		 73 aa  87  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000824864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3869  SSU ribosomal protein S21P  67.16 
 
 		 81 aa  79  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.174187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1039  30S ribosomal protein S21  67.16 
 
 		 68 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.823264  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0373  30S ribosomal protein S21  71.64 
 
 		 67 aa  76.3  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1775  SSU ribosomal protein S21P  68.63 
 
 		 67 aa  72.8  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000600029  decreased coverage  0.0000932106 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2255  30S ribosomal protein S21  62.71 
 
 		 64 aa  70.1  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000394301  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0906  30S ribosomal protein S21  55.93 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0468  ribosomal protein S21  52.73 
 
 		 68 aa  58.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000123547  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0978  30S ribosomal protein S21  47.46 
 
 		 90 aa  53.5  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0149  30S ribosomal protein S21  47.46 
 
 		 91 aa  53.5  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000244084  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3749  30S ribosomal protein S21  46.43 
 
 		 70 aa  50.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0008  30S ribosomal protein S21  46.43 
 
 		 70 aa  50.8  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.334489 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3426  30S ribosomal protein S21  46.43 
 
 		 70 aa  50.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0094  ribosomal protein S21  46.43 
 
 		 73 aa  50.4  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0896  30S ribosomal protein S21  42.19 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.82181  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0389  30S ribosomal protein S21  42.19 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1856  30S ribosomal protein S21  42.19 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1947  30S ribosomal protein S21  42.19 
 
 		 70 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1001  30S ribosomal protein S21  39.06 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.428205  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5595  30S ribosomal protein S21  42.19 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5959  30S ribosomal protein S21  42.19 
 
 		 70 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0675902 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6460  30S ribosomal protein S21  40.62 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0618  30S ribosomal protein S21  42.65 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.141682  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6777  30S ribosomal protein S21  40.98 
 
 		 70 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634891  hitchhiker  0.00809578 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5802  30S ribosomal protein S21  37.5 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5585  30S ribosomal protein S21  37.5 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2823  30S ribosomal protein S21  44.23 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0797  ribosomal protein S21  38.03 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.914511  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3927  ribosomal protein S21  42.31 
 
 		 64 aa  41.6  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2060  30S ribosomal protein S21  40.68 
 
 		 70 aa  40.8  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1774  30S ribosomal protein S21  46 
 
 		 57 aa  40.4  0.007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2987  30S ribosomal protein S21  36.07 
 
 		 70 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196552 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0360  30S ribosomal protein S21  37.88 
 
 		 71 aa  40.4  0.008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000120281  hitchhiker  0.000381464 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0744  30S ribosomal protein S21  43.33 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  9.79578e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3284  30S ribosomal protein S21  41.51 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2529  30S ribosomal protein S21  37.7 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4816  30S ribosomal protein S21  37.7 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1517  30S ribosomal protein S21  37.7 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.975916  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0836  30S ribosomal protein S21  37.7 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2387  30S ribosomal protein S21  37.7 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.989571  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0369  30S ribosomal protein S21  37.7 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0336  30S ribosomal protein S21  37.7 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1388  30S ribosomal protein S21  41.51 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000560613  normal  0.0166741 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>