115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3962 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3962  30S ribosomal protein S21  100 
 
 		 100 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal  0.750031 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1445  30S ribosomal protein S21  98.72 
 
 		 101 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.815794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1422  30S ribosomal protein S21  98.72 
 
 		 100 aa  150  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6850  30S ribosomal protein S21  100 
 
 		 100 aa  148  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321881  normal  0.688892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4656  30S ribosomal protein S21  86.96 
 
 		 87 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0999  30S ribosomal protein S21  98.68 
 
 		 95 aa  147  4e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1233  30S ribosomal protein S21  98.68 
 
 		 95 aa  147  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.110904  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2287  30S ribosomal protein S21  93.59 
 
 		 79 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.281823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0318  30S ribosomal protein S21  93.51 
 
 		 79 aa  140  8e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.124405  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3775  30S ribosomal protein S21  80.77 
 
 		 79 aa  128  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4259  30S ribosomal protein S21  81.82 
 
 		 82 aa  121  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.156071  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1951  30S ribosomal protein S21  82.67 
 
 		 78 aa  121  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258071  normal  0.1132 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0302  30S ribosomal protein S21  84.06 
 
 		 77 aa  121  4e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3891  30S ribosomal protein S21  86.76 
 
 		 68 aa  120  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0666745 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0811  30S ribosomal protein S21  80.77 
 
 		 78 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.218062 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2519  30S ribosomal protein S21  86.76 
 
 		 68 aa  118  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0924  30S ribosomal protein S21  81.58 
 
 		 79 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0294351  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3362  30S ribosomal protein S21  85.29 
 
 		 70 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.17899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3283  30S ribosomal protein S21  88.06 
 
 		 67 aa  117  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3664  30S ribosomal protein S21  82.61 
 
 		 71 aa  116  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.159023  normal  0.324172 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3994  SSU ribosomal protein S21P  85.51 
 
 		 75 aa  116  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.756973  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2753  30S ribosomal protein S21  84.06 
 
 		 71 aa  116  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0246  30S ribosomal protein S21  87.88 
 
 		 68 aa  115  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1253  ribosomal protein S21  88 
 
 		 76 aa  114  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193368  normal  0.239118 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4529  30S ribosomal protein S21  80.82 
 
 		 91 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1043  30S ribosomal protein S21  85.07 
 
 		 80 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5536  30S ribosomal protein S21  78.75 
 
 		 111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.725076  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2267  30S ribosomal protein S21  83.82 
 
 		 68 aa  111  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399019  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3777  30S ribosomal protein S21  78.48 
 
 		 105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0857629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4033  30S ribosomal protein S21  78.48 
 
 		 102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.734588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4071  30S ribosomal protein S21  78.48 
 
 		 105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0718  30S ribosomal protein S21  80.88 
 
 		 68 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0404324  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2373  30S ribosomal protein S21  80.88 
 
 		 68 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.542346 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2437  30S ribosomal protein S21  80.88 
 
 		 68 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0560968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1490  30S ribosomal protein S21  79.73 
 
 		 96 aa  107  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.551484  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6336  30S ribosomal protein S21  76.81 
 
 		 78 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2800  30S ribosomal protein S21  87.5 
 
 		 76 aa  107  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.556498  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0684  30S ribosomal protein S21  79.73 
 
 		 97 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.42682 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2835  30S ribosomal protein S21  78.79 
 
 		 68 aa  107  8.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0730941  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7554  30S ribosomal protein S21  57.58 
 
 		 99 aa  105  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1546  ribosomal protein S21  67.44 
 
 		 111 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.770446 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0966  30S ribosomal protein S21  91.18 
 
 		 75 aa  105  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.14611  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0906  30S ribosomal protein S21  91.18 
 
 		 75 aa  105  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1391  30S ribosomal protein S21  87.5 
 
 		 75 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.356035  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4580  30S ribosomal protein S21  76.47 
 
 		 77 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.44401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6014  ribosomal protein S21  75.76 
 
 		 79 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0900  30S ribosomal protein S21  81.33 
 
 		 89 aa  100  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2067  ribosomal protein S21  84.85 
 
 		 73 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000824864 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2562  SSU ribosomal protein S21P  80.88 
 
 		 92 aa  94.4  5e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3869  SSU ribosomal protein S21P  74.63 
 
 		 81 aa  87.4  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.174187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0373  30S ribosomal protein S21  82.09 
 
 		 67 aa  87  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1039  30S ribosomal protein S21  74.63 
 
 		 68 aa  86.7  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.823264  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1775  SSU ribosomal protein S21P  66.67 
 
 		 67 aa  70.9  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000600029  decreased coverage  0.0000932106 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2255  30S ribosomal protein S21  55.93 
 
 		 64 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000394301  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0906  30S ribosomal protein S21  57.63 
 
 		 66 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0468  ribosomal protein S21  49.09 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000123547  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0978  30S ribosomal protein S21  47.46 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0149  30S ribosomal protein S21  47.46 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000244084  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0094  ribosomal protein S21  48.21 
 
 		 73 aa  49.7  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0896  30S ribosomal protein S21  35.94 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.82181  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0389  30S ribosomal protein S21  35.94 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1947  30S ribosomal protein S21  35.94 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1856  30S ribosomal protein S21  35.94 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2659  30S ribosomal protein S21  40.32 
 
 		 65 aa  43.9  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000619685  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5595  30S ribosomal protein S21  38.33 
 
 		 70 aa  43.5  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5959  30S ribosomal protein S21  38.33 
 
 		 70 aa  43.5  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0675902 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1774  30S ribosomal protein S21  46 
 
 		 57 aa  43.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02935  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000377875  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0635  ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.12914e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0550  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000276369  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1001  30S ribosomal protein S21  32.81 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.428205  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0618  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.141682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3368  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000285201  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0785  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000840421  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3471  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000524554  normal  0.190946 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0047  30S ribosomal protein S21  42.65 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000427193  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0360  30S ribosomal protein S21  37.88 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000120281  hitchhiker  0.000381464 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0555  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.0089e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00851  30S ribosomal protein S21  42.65 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3245  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3626999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3529  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000026344  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4298  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0121061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0301  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000915609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0636  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000159667  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0634  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000614997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3358  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000000749532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02885  hypothetical protein  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000339059  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3499  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.79306e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001621  SSU ribosomal protein S21p  42.65 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000157507  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3469  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000763372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3463  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000248235  normal  0.0117511 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3399  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000123882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3395  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000100201  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3565  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000476189  normal  0.236523 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4377  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000254067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3487  30S ribosomal protein S21  39.71 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000434103  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6460  30S ribosomal protein S21  36.67 
 
 		 70 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0211  30S ribosomal protein S21  37.88 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000174469  hitchhiker  0.00173439 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0231  30S ribosomal protein S21  37.88 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00000608143  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1191  SSU ribosomal protein S21P  45.1 
 
 		 57 aa  41.6  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.172941  normal  0.0994572 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>