46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0001 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0001  ATP-binding region ATPase domain protein  100 
 
 		 288 aa  595  1e-169  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.557706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14220  histidine kinase  35.36 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0001  transcriptional regulator, TrmB  36.08 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000656108  hitchhiker  0.000000126577 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28560  histidine kinase  37.5 
 
 		 255 aa  161  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.0000031694  hitchhiker  0.000525882 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3217  transcriptional regulator, TrmB  34.45 
 
 		 267 aa  129  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.770458  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4395  histidine kinase  29.66 
 
 		 484 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.448772  normal  0.535318 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2820  histidine kinase  34.02 
 
 		 265 aa  47.4  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  32.74 
 
 		 485 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1727  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 545 aa  46.6  0.0005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.595056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4843  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.34 
 
 		 484 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4300  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.27 
 
 		 515 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4386  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.27 
 
 		 515 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.702832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4680  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.27 
 
 		 515 aa  46.2  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0784763 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4951  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 		 458 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0641  C4-dicarboxylate transport sensor protein  35.44 
 
 		 677 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 		 444 aa  45.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0477  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  35.44 
 
 		 677 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.277779  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0457  C4-dicarboxylate transport sensor histidine kinase DctB  35.44 
 
 		 677 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7577  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2245  sensor protein KdpD  30.28 
 
 		 887 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.199032  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0400  C4-dicarboxylate transport sensor protein  35 
 
 		 677 aa  45.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1882  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 652 aa  45.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0696304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 920 aa  44.3  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1391  putative C4-dicarboxylate transport sensor protein  32.32 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2789  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 		 677 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  28.3 
 
 		 449 aa  44.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0431  histidine kinase  32.56 
 
 		 668 aa  44.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0202  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system  32.32 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2927  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 		 672 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.600674  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1553  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 		 505 aa  43.9  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5703  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 		 435 aa  43.9  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123247  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 		 704 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1029  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 474 aa  43.5  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0091  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 413 aa  43.5  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.70693  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3010  histidine kinase  32.35 
 
 		 458 aa  43.5  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2051  two component sensor kinase  28.93 
 
 		 511 aa  43.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0657  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 		 1052 aa  43.1  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1464  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 		 663 aa  43.1  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  28.3 
 
 		 449 aa  43.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.04 
 
 		 707 aa  43.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1600  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 511 aa  43.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 449 aa  42.7  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1558  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 415 aa  42.7  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.881718  normal  0.799024 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0110  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.67 
 
 		 415 aa  42.4  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0050254  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 530 aa  42.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.104669  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1972  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 		 451 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298113 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0884  DNA mismatch repair protein  30.39 
 
 		 673 aa  42  0.01  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.277202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>