52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1014 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1014  Rhomboid family protein  100 
 
 		 211 aa  404  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29150  uncharacterized membrane protein  53.37 
 
 		 192 aa  184  8e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.77593 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1968  Rhomboid family protein  46.15 
 
 		 209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.579025  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4290  rhomboid family protein  44.39 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.235195 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11367  hypothetical protein  45.92 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000159255  normal  0.565329 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2355  rhomboid family protein  48.63 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.481734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2245  Rhomboid family protein  45.74 
 
 		 208 aa  152  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.927336  normal  0.19661 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0267  Rhomboid family protein  44.1 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3847  rhomboid-like protein  43.92 
 
 		 229 aa  148  6e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.706998  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3833  rhomboid family protein  43.92 
 
 		 229 aa  148  6e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.123516 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3921  rhomboid family protein  43.92 
 
 		 229 aa  148  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1292  Rhomboid family protein  52.53 
 
 		 218 aa  146  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0999  membrane protein-like protein  45.21 
 
 		 214 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2687  Rhomboid family protein  43.1 
 
 		 195 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1699  Rhomboid family protein  37.67 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0109717  normal  0.288911 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4537  Rhomboid family protein  44.13 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0440  Rhomboid family protein  44.94 
 
 		 194 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0836383  normal  0.594708 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0445  Rhomboid family protein  44.44 
 
 		 199 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0458  Rhomboid family protein  44.44 
 
 		 199 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.365759  normal  0.0342055 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0637  rhomboid-like protein  41.62 
 
 		 191 aa  124  9e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00193081 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0870  rhomboid family protein  45.91 
 
 		 217 aa  119  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1166  rhomboid family protein  43.14 
 
 		 203 aa  117  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.270459  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0816  rhomboid family protein  47.17 
 
 		 217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0338425 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0518  rhomboid family protein  47.9 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0721678 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2931  hypothetical protein  39.36 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01334  Rhomboid-like protein  40.23 
 
 		 179 aa  112  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.902393  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0810  Rhomboid family protein  41.43 
 
 		 258 aa  110  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1835  hypothetical protein  43.93 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.210618 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1218  rhomboid-like protein  33.83 
 
 		 192 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1238  Rhomboid family protein  43.79 
 
 		 211 aa  104  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000294506 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0020  Rhomboid family protein  36.31 
 
 		 242 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.430888  normal  0.257082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1694  rhomboid-like protein  35.03 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.534876  normal  0.239545 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0886  hypothetical protein  38.57 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1781  rhomboid-like protein protein  46.58 
 
 		 214 aa  101  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.138273  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0855  hypothetical protein  37.86 
 
 		 199 aa  99.8  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3785  rhomboid family protein  36.72 
 
 		 185 aa  99  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05140  uncharacterized membrane protein  40.18 
 
 		 215 aa  99  4e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0193508  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3473  hypothetical protein  40.71 
 
 		 174 aa  98.6  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000477638  normal  0.0111497 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2190  rhomboid-like protein  33.12 
 
 		 256 aa  95.5  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0409  rhomboid family protein  34.38 
 
 		 254 aa  89.7  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.48547  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3288  rhomboid family protein  30.06 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.419904  normal  0.14136 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3385  rhomboid family protein  40.74 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.861601 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03495  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  40.83 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4037  Rhomboid family protein  37.19 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.6253 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05645  hypothetical protein  30.14 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17631  rhomboid family protein  34.72 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.97289 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2256  rhomboid-like protein  30.26 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0526301 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1899  hypothetical protein  35.21 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.173429  normal  0.681573 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0760  hypothetical protein  34.06 
 
 		 180 aa  50.8  0.00001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2134  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00873022  decreased coverage  0.000000167975 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  34.04 
 
 		 386 aa  43.5  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  27.14 
 
 		 486 aa  42.4  0.006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>