More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3309 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007963  Csal_1510  acyl-CoA dehydrogenase  49.13 
 
 
815 aa  707  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2128  acyl-CoA dehydrogenase  50.13 
 
 
774 aa  761  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0257482  normal  0.562441 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1869  acyl-CoA dehydrogenase  62.48 
 
 
815 aa  1077  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.203796  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1889  acyl-CoA dehydrogenase  52.23 
 
 
758 aa  786  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27730  acyl-CoA dehydrogenase  53.28 
 
 
815 aa  783  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0291961 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3399  acyl-CoA dehydrogenase  80.74 
 
 
814 aa  1379  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3309  acyl-CoA dehydrogenase  100 
 
 
815 aa  1669  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.831858  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1468  acyl-CoA dehydrogenase  53.39 
 
 
815 aa  775  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.890646  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0687  acyl-CoA dehydrogenase  45.75 
 
 
715 aa  641  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2172  acyl-CoA dehydrogenase  52.02 
 
 
759 aa  775  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.272343  normal  0.175191 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2067  acyl-CoA dehydrogenase  63.2 
 
 
815 aa  1092  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000576989  hitchhiker  0.00617019 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3558  acyl-CoA dehydrogenase  48.19 
 
 
778 aa  707  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2154  acyl-CoA dehydrogenase  52.9 
 
 
759 aa  792  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.136842  normal  0.840722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2323  acyl-CoA dehydrogenase  63.56 
 
 
815 aa  1081  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.78601e-05  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2124  acyl-CoA dehydrogenase  50.72 
 
 
824 aa  785  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.441583 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2223  acyl-CoA dehydrogenase  62.59 
 
 
815 aa  1080  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00555832  normal  0.222627 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1926  acyl-CoA dehydrogenase  52.9 
 
 
759 aa  792  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.442387  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1085  acyl-CoA dehydrogenase  48.08 
 
 
756 aa  707  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2120  acyl-CoA dehydrogenase  44.65 
 
 
979 aa  720  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0217  acyl-CoA dehydrogenase  80.74 
 
 
814 aa  1378  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2108  acyl-CoA dehydrogenase  64 
 
 
815 aa  1085  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  6.35776e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1700  acyl-CoA dehydrogenase  54.89 
 
 
889 aa  814  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.169091  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2604  acyl-CoA dehydrogenase  62.94 
 
 
815 aa  1071  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.114401  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2542  acyl-CoA dehydrogenase  51.25 
 
 
758 aa  775  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.204346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1503  acyl-CoA dehydrogenase  52.63 
 
 
815 aa  775  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.943527  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1688  acyl-CoA dehydrogenase  46.75 
 
 
751 aa  659  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.132368  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2492  acyl-CoA dehydrogenase  59.77 
 
 
821 aa  988  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  8.35865e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3036  acyl-CoA dehydrogenase  46.6 
 
 
757 aa  659  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2049  acyl-CoA dehydrogenase  52.9 
 
 
759 aa  791  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156017  normal  0.197509 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2146  acyl-CoA dehydrogenase  62.96 
 
 
815 aa  1085  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000466188  normal  0.548318 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2393  acyl-CoA dehydrogenase  64.76 
 
 
815 aa  1085  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.756719  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2338  acyl-CoA dehydrogenase  52.22 
 
 
760 aa  768  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.797755  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1815  acyl-CoA dehydrogenase  53.34 
 
 
759 aa  809  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0595406  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2051  acyl-CoA dehydrogenase  52.12 
 
 
758 aa  789  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.217248  normal  0.456304 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3171  acyl-CoA dehydrogenase  99.63 
 
 
815 aa  1665  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2127  acyl-CoA dehydrogenase  52.02 
 
 
759 aa  774  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00720758  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2019  acyl-CoA dehydrogenase  63.45 
 
 
815 aa  1095  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.9403e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0758  acyl-CoA dehydrogenase  81.23 
 
 
814 aa  1343  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.344534 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1791  acyl-CoA dehydrogenase  63.2 
 
 
815 aa  1088  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000904865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1863  acyl-CoA dehydrogenase  52.16 
 
 
759 aa  774  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1917  acyl-CoA dehydrogenase  52.75 
 
 
815 aa  781  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00575597  normal  0.572589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1340  acyl-CoA dehydrogenase  51.49 
 
 
760 aa  780  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.920071  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1823  acyl-CoA dehydrogenase  67.12 
 
 
814 aa  1148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2342  acyl-CoA dehydrogenase  52.99 
 
 
815 aa  785  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607929  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1260  acyl-CoA dehydrogenase  50.57 
 
 
858 aa  753  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.276244  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0490  acyl-CoA dehydrogenase  45.54 
 
 
949 aa  695  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0174  acyl-CoA dehydrogenase  49.12 
 
 
756 aa  695  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.92795 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1490  acyl-CoA dehydrogenase  45.89 
 
 
715 aa  646  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02638  acyl-CoA dehydrogenase  49.34 
 
 
761 aa  755  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1870  acyl-CoA dehydrogenase  63.57 
 
 
815 aa  1063  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114891  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1234  acyl-CoA dehydrogenase  46.45 
 
 
745 aa  640  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0949  acyl-CoA dehydrogenase  84.49 
 
 
818 aa  1411  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2067  acyl-CoA dehydrogenase  51.08 
 
 
758 aa  764  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0937287  decreased coverage  6.95411e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3614  acyl-CoA dehydrogenase  47.2 
 
 
815 aa  706  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0152868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3810  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  46.62 
 
 
833 aa  709  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.753342  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1999  acyl-CoA dehydrogenase  62.68 
 
 
815 aa  1060  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0412808  decreased coverage  6.39104e-08 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0253  acyl-CoA dehydrogenase  80.86 
 
 
814 aa  1380  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4530  acyl-CoA dehydrogenase  52.02 
 
 
759 aa  775  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2244  acyl-CoA dehydrogenase  52.02 
 
 
759 aa  775  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2306  acyl-CoA dehydrogenase  63.2 
 
 
815 aa  1092  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.82172e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0249  acyl-CoA dehydrogenase  80.86 
 
 
814 aa  1380  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03204  acyl-CoA dehydrogenase  67 
 
 
814 aa  1141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3822  acyl-CoA dehydrogenase  53.07 
 
 
815 aa  775  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00216  acyl-CoA dehydrogenase  80.61 
 
 
814 aa  1377  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0923  acyl-CoA dehydrogenase  73.53 
 
 
812 aa  1242  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0432  acyl-CoA dehydrogenase  51.68 
 
 
836 aa  815  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15490  acyl-CoA dehydrogenase  56.09 
 
 
815 aa  697  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1691  acyl-CoA dehydrogenase  50.63 
 
 
828 aa  815  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1690  acyl-CoA dehydrogenase  49.57 
 
 
828 aa  815  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1628  acyl-CoA dehydrogenase  51.97 
 
 
815 aa  813  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1705  Protein of unknown function DUF1974  48.44 
 
 
834 aa  704  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1835  acyl-CoA dehydrogenase  44.4 
 
 
994 aa  714  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1544  acyl-CoA dehydrogenase  53.69 
 
 
784 aa  862  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0853542 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3063  acyl-CoA dehydrogenase  47.28 
 
 
819 aa  691  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2995  acyl-CoA dehydrogenase  48.62 
 
 
755 aa  707  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00220  hypothetical protein  80.61 
 
 
814 aa  1377  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0890  acyl-CoA dehydrogenase  75.65 
 
 
814 aa  1269  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3386  Protein of unknown function DUF1974  80.74 
 
 
814 aa  1379  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1893  acyl-CoA dehydrogenase  52.29 
 
 
815 aa  786  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000141749 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0537  acyl-CoA dehydrogenase  53.57 
 
 
835 aa  801  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0153828  normal  0.335632 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003765  acyl-CoA dehydrogenase short-chain specific  50.2 
 
 
760 aa  759  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.392288  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002777  acyl-CoA dehydrogenase short-chain specific  67.16 
 
 
814 aa  1149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.383126  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2265  acyl-CoA dehydrogenase  60.97 
 
 
809 aa  1041  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.105955  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3444  acyl-CoA dehydrogenase  78.53 
 
 
815 aa  1336  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3297  acyl-CoA dehydrogenase  78.77 
 
 
815 aa  1339  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2492  acyl-CoA dehydrogenase  53.23 
 
 
759 aa  796  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2536  acyl-CoA dehydrogenase  62.52 
 
 
815 aa  1076  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3857  acyl-CoA dehydrogenase family protein  52.23 
 
 
815 aa  815  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.870588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2319  acyl-CoA dehydrogenase  63.2 
 
 
815 aa  1092  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000853883  hitchhiker  0.00160495 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2115  acyl-CoA dehydrogenase  52.35 
 
 
758 aa  788  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000818712  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01663  acyl-CoA dehydrogenase  54.94 
 
 
803 aa  835  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0967153  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02616  acyl-CoA dehydrogenase  45 
 
 
749 aa  640  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0233  acyl-CoA dehydrogenase  80.61 
 
 
814 aa  1377  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373411  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02152  acyl-CoA dehydrogenase  63.18 
 
 
820 aa  1021  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0314131  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0358  acyl-CoA dehydrogenase  80.74 
 
 
814 aa  1365  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.7933 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2774  acyl-CoA dehydrogenase  52.65 
 
 
832 aa  836  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0195981  normal  0.587506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3064  acyl-CoA dehydrogenase  52.13 
 
 
825 aa  820  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221782  normal  0.434106 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1676  acyl-CoA dehydrogenase  52.05 
 
 
832 aa  835  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.761188  normal  0.240314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0417  acyl-CoA dehydrogenase  52.09 
 
 
836 aa  820  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332729  hitchhiker  0.000590412 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1764  acyl-CoA dehydrogenase  62.39 
 
 
815 aa  1079  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.69157e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>