125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3936 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3936  Asp/Glu/hydantoin racemase  100 
 
 		 245 aa  490  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1097  Asp/Glu racemase  87.14 
 
 		 261 aa  421  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1813  Asp/Glu/hydantoin racemase  72.02 
 
 		 245 aa  346  2e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1925  putative hydantoin racemase  68.6 
 
 		 288 aa  338  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1297  Asp/Glu/hydantoin racemase  67.49 
 
 		 244 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0750406  normal  0.408598 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1301  Asp/Glu/hydantoin racemase  67.77 
 
 		 285 aa  332  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2066  racemase  66.94 
 
 		 287 aa  330  9e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1509  hydantoin racemase  66.53 
 
 		 280 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2534  racemase  66.53 
 
 		 327 aa  330  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0701963  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2008  hydantoin racemase  66.53 
 
 		 280 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3302  hydantoin racemase  66.53 
 
 		 280 aa  330  1e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2389  hydantoin racemase  66.53 
 
 		 280 aa  330  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2433  hydantoin racemase  66.53 
 
 		 318 aa  329  2e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2330  Asp/Glu/hydantoin racemase  67.36 
 
 		 288 aa  328  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.496574 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6113  Asp/Glu racemase  66.53 
 
 		 263 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1964  Asp/Glu racemase  66.53 
 
 		 263 aa  324  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1306  Asp/Glu/hydantoin racemase  66.12 
 
 		 278 aa  322  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.612078  normal  0.031069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5279  Asp/Glu racemase  66.12 
 
 		 263 aa  322  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0404858 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1952  Asp/Glu racemase  66.12 
 
 		 279 aa  322  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1988  Asp/Glu/hydantoin racemase  66.12 
 
 		 263 aa  321  6e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1879  Asp/Glu/hydantoin racemase  66.39 
 
 		 278 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53096  normal  0.236918 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0332  Asp/Glu racemase  63.98 
 
 		 238 aa  294  8e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0933  Asp/Glu racemase  59.48 
 
 		 234 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0077  Asp/Glu racemase  53.81 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.45629  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1874  hydantoin racemase  55.93 
 
 		 243 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.139433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3529  Asp/Glu racemase  55.93 
 
 		 243 aa  260  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0658  Asp/Glu/hydantoin racemase  52.48 
 
 		 245 aa  257  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.184482  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3768  putative hydantoin-racemase  58.01 
 
 		 247 aa  256  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0868  Asp/Glu/hydantoin racemase  54.24 
 
 		 245 aa  251  6e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0915  Asp/Glu racemase  53.75 
 
 		 247 aa  245  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0900  Asp/Glu/hydantoin racemase  52.12 
 
 		 244 aa  244  6.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022197  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2655  Asp/Glu/hydantoin racemase  54.88 
 
 		 247 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3770  Asp/Glu/hydantoin racemase  53.72 
 
 		 253 aa  240  2e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2916  Asp/Glu/hydantoin racemase  55.14 
 
 		 247 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.492378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0404  Asp/Glu racemase  52.17 
 
 		 232 aa  231  8.000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000866633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0470  Asp/Glu racemase  48.56 
 
 		 243 aa  231  9e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4419  Asp/Glu racemase  50.41 
 
 		 243 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192959  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0679  Asp/Glu racemase  51.29 
 
 		 236 aa  225  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0768431  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5785  Asp/Glu racemase  50 
 
 		 241 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.415529  hitchhiker  0.00131329 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6274  hydantoin Racemase  52.28 
 
 		 258 aa  214  9e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3376  hydantoin racemase  50.85 
 
 		 243 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.732372 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3130  Asp/Glu racemase  49.79 
 
 		 243 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715439 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0210  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.25 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0948145 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1759  hydantoin racemase  59.78 
 
 		 205 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1006  Asp/Glu racemase  49.32 
 
 		 220 aa  168  8e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.832843  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1023  Asp/Glu racemase  49.32 
 
 		 220 aa  168  8e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.493832  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1033  Asp/Glu racemase  49.32 
 
 		 220 aa  168  8e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.026155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3412  Asp/Glu racemase  43.22 
 
 		 247 aa  164  9e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2040  Asp/Glu racemase  44.07 
 
 		 242 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00180989  normal  0.15081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3495  Asp/Glu/hydantoin racemase  43.64 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.714298  hitchhiker  0.00106487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1755  Asp/Glu racemase  42.37 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4337  Asp/Glu racemase  43.64 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.573919  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4029  Asp/Glu racemase  43.64 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.016763  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2028  Asp/Glu/hydantoin racemase  41.95 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3193  Asp/Glu/hydantoin racemase  44.92 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3171  Asp/Glu racemase  41.95 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.560944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3637  Asp/Glu/hydantoin racemase  41.95 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3876  Asp/Glu/hydantoin racemase  41.53 
 
 		 242 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4310  hydantoin racemase, putative  41.95 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1557  Asp/Glu racemase  41.95 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.365938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4855  Asp/Glu racemase  42.37 
 
 		 258 aa  139  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.456805 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0552  Asp/Glu racemase  36.55 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.886079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4136  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.4 
 
 		 245 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.29444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4023  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.4 
 
 		 245 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4993  Asp/Glu/hydantoin racemase  35.66 
 
 		 250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.561877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0300  Asp/Glu/hydantoin racemase  35.98 
 
 		 248 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7936  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.47 
 
 		 256 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261217  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3885  putative Asp/Glu racemase  36.82 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0044  Asp/Glu racemase  36.82 
 
 		 245 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.399037  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0094  Asp/Glu racemase  35.86 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7191  putative Hydantoin racemase  32.79 
 
 		 249 aa  119  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1486  Asp/Glu racemase  32.6 
 
 		 229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0738  putative hydantoin racemase  33.2 
 
 		 254 aa  115  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.304234  normal  0.968812 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08417  conserved hypothetical protein  35.8 
 
 		 627 aa  113  3e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4060  Asp/Glu racemase  40.59 
 
 		 218 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4065  Asp/Glu racemase  30.8 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4276  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.63 
 
 		 251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3633  hypothetical protein  40.59 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4026  hydantoin racemase  30 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.997842 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3334  HyuE hydantoin racemase  40.23 
 
 		 205 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3797  Asp/Glu racemase  34.43 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.175328  normal  0.366976 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2139  Asp/Glu/hydantoin racemase  40 
 
 		 239 aa  95.1  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0396546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0467  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.61 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0279175 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1336  hydantoin racemase  32.18 
 
 		 250 aa  92.4  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284571 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4863  Hydantoin racemase-like protein  26.7 
 
 		 259 aa  92.4  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278835  normal  0.546582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2107  putative Hydantoin racemase HyuA  33.02 
 
 		 212 aa  90.1  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5610  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.44 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5804  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.65 
 
 		 226 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.372709  normal  0.802095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1251  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.75 
 
 		 250 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2076  Asp/Glu/hydantoin racemase  29 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.491688 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6268  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.48 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294272  normal  0.515263 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5846  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.48 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  hitchhiker  0.000744144 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2261  racemase, putative  32.92 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113318  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3417  Asp/Glu racemase  30.1 
 
 		 252 aa  72  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3273  Asp/Glu racemase  31.75 
 
 		 251 aa  72  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.325881  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3409  hypothetical protein  30.49 
 
 		 219 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0971  Asp/Glu racemase  31.63 
 
 		 246 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0912948  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1965  hypothetical protein  24.68 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1959  hypothetical protein  24.34 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31723  predicted protein  26.5 
 
 		 230 aa  69.3  0.00000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.490385  normal  0.555446 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>