More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0252 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0252  50S ribosomal protein L2  100 
 
 		 280 aa  569  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0588  50S ribosomal protein L2  92.86 
 
 		 280 aa  509  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0285  50S ribosomal protein L2  92.14 
 
 		 280 aa  504  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0762  50S ribosomal protein L2  90 
 
 		 279 aa  494  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052515  normal  0.51938 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2531  50S ribosomal protein L2  88.21 
 
 		 279 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.445887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1719  50S ribosomal protein L2  87.5 
 
 		 279 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0364  50S ribosomal protein L2  87.5 
 
 		 279 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.838149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1792  50S ribosomal protein L2  77.7 
 
 		 278 aa  430  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109634  normal  0.0522844 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2685  50S ribosomal protein L2  75 
 
 		 279 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00277969  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2739  50S ribosomal protein L2  76.34 
 
 		 278 aa  414  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236416  normal  0.312063 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0989  50S ribosomal protein L2  74.55 
 
 		 278 aa  404  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227684  normal  0.0318056 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2815  50S ribosomal protein L2  74.82 
 
 		 278 aa  404  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_004310  BR1230  50S ribosomal protein L2  73.74 
 
 		 277 aa  404  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.424988  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1959  50S ribosomal protein L2  73.74 
 
 		 277 aa  401  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0386068  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1843  50S ribosomal protein L2  74.19 
 
 		 278 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0328595  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1193  50S ribosomal protein L2  73.74 
 
 		 277 aa  402  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.458304  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1335  50S ribosomal protein L2  73.48 
 
 		 278 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0836019 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1252  50S ribosomal protein L2  74.1 
 
 		 278 aa  398  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.275281  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1433  50S ribosomal protein L2  73.12 
 
 		 278 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.127278  normal  0.0219433 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3181  50S ribosomal protein L2  74.1 
 
 		 278 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1617  50S ribosomal protein L2  74.38 
 
 		 279 aa  396  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2969  50S ribosomal protein L2  74.01 
 
 		 276 aa  394  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2298  50S ribosomal protein L2  73.74 
 
 		 278 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.749096  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1943  50S ribosomal protein L2  72.56 
 
 		 277 aa  392  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3664  50S ribosomal protein L2  71.94 
 
 		 278 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0669  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 277 aa  389  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000171407  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0701  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 277 aa  389  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000626221  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1675  50S ribosomal protein L2  71.58 
 
 		 278 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5067  50S ribosomal protein L2  71.58 
 
 		 277 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.828543  normal  0.381768 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3445  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 277 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0577  50S ribosomal protein L2  69.42 
 
 		 279 aa  386  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1350  50S ribosomal protein L2  72.3 
 
 		 278 aa  385  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1367  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 277 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.266089  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1548  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 277 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1682  50S ribosomal protein L2  70.14 
 
 		 277 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0463749  hitchhiker  0.0000149038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1357  50S ribosomal protein L2  67.86 
 
 		 279 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.184496  normal  0.0354969 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2165  50S ribosomal protein L2  68.82 
 
 		 278 aa  363  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.219576 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2443  50S ribosomal protein L2  68.82 
 
 		 278 aa  363  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0850  50S ribosomal protein L2  67.39 
 
 		 277 aa  362  3e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104266  decreased coverage  0.0000130499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2221  50S ribosomal protein L2  68.46 
 
 		 278 aa  358  5e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2126  50S ribosomal protein L2  67.74 
 
 		 278 aa  357  8e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0350  50S ribosomal protein L2  67.74 
 
 		 278 aa  357  9e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1911  50S ribosomal protein L2  68.1 
 
 		 278 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00546363  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01200  50S ribosomal protein L2  61.15 
 
 		 277 aa  336  1.9999999999999998e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0770167  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2457  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 		 276 aa  331  7.000000000000001e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0871736 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0289  50S ribosomal protein L2  59.86 
 
 		 279 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0147738  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2906  50S ribosomal protein L2  59.12 
 
 		 275 aa  325  6e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0172805  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2562  50S ribosomal protein L2  59.78 
 
 		 287 aa  324  1e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.244819  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09970  LSU ribosomal protein L2P  58.39 
 
 		 276 aa  323  2e-87  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.7223  hitchhiker  0.00000165173 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1343  ribosomal protein L2  57.41 
 
 		 279 aa  322  3e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0609  50S ribosomal protein L2  61.62 
 
 		 276 aa  322  5e-87  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0412  50S ribosomal protein L2  61.99 
 
 		 276 aa  322  5e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0082  50S ribosomal protein L2  61.96 
 
 		 276 aa  321  7e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173583 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23440  LSU ribosomal protein L2P  57.66 
 
 		 276 aa  321  9.999999999999999e-87  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000561637  decreased coverage  0.0000000103379 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2175  ribosomal protein L2  58.76 
 
 		 276 aa  320  9.999999999999999e-87  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2711  50S ribosomal protein L2  58.48 
 
 		 277 aa  320  9.999999999999999e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2396  50S ribosomal protein L2  58.48 
 
 		 277 aa  320  9.999999999999999e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.445207  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0199  50S ribosomal protein L2  59.21 
 
 		 277 aa  321  9.999999999999999e-87  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0675116  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0787  50S ribosomal protein L2  57.51 
 
 		 274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.469967  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116261 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0629  50S ribosomal protein L2  60.81 
 
 		 274 aa  318  5e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000833663  hitchhiker  0.00000000000856838 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0694  50S ribosomal protein L2  59.41 
 
 		 287 aa  318  7e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00211234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0288  50S ribosomal protein L2  58.61 
 
 		 274 aa  318  7e-86  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03168  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00146365  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0396  ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000401214  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4918  50S ribosomal protein L2  56.16 
 
 		 275 aa  317  2e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.113284  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3511  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112597  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4640  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  0.0584567 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0396  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000072222  hitchhiker  0.000353424 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3612  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000120655  hitchhiker  0.00428222 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3800  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3702  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03119  hypothetical protein  58.24 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3748  50S ribosomal protein L2  58.24 
 
 		 273 aa  316  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  hitchhiker  0.00494792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4541  50S ribosomal protein L2  58.33 
 
 		 274 aa  315  5e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000106039  hitchhiker  0.00201461 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0062  50S ribosomal protein L2  57.04 
 
 		 276 aa  315  6e-85  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000124196  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2254  50S ribosomal protein L2  61.23 
 
 		 276 aa  315  6e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000201463  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0870  50S ribosomal protein L2  56.57 
 
 		 275 aa  315  8e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000015035  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2854  50S ribosomal protein L2  59.34 
 
 		 274 aa  314  9e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.16125  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0286  50S ribosomal protein L2  57.25 
 
 		 274 aa  314  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000315964  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3912  50S ribosomal protein L2  57.25 
 
 		 274 aa  314  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.5044e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0113  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000200839  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0144  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000100516  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0113  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000138046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0109  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.27306e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0107  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000901221  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0113  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0587  50S ribosomal protein L2  57.25 
 
 		 274 aa  314  9.999999999999999e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050829  normal  0.227169 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3741  50S ribosomal protein L2  57.88 
 
 		 273 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69026  normal  0.0152471 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0125  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.14187e-61 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3633  50S ribosomal protein L2  57.88 
 
 		 273 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000993877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3706  50S ribosomal protein L2  57.88 
 
 		 273 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00279259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3804  50S ribosomal protein L2  57.88 
 
 		 273 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3633  50S ribosomal protein L2  57.88 
 
 		 273 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0350833  normal  0.361481 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1181  ribosomal protein L2  57.51 
 
 		 274 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000178958  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1029  50S ribosomal protein L2  57.35 
 
 		 277 aa  313  1.9999999999999998e-84  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000494173  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3325  50S ribosomal protein L2  59.34 
 
 		 274 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000129312 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0936  50S ribosomal protein L2  59.34 
 
 		 274 aa  313  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000014248  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0107  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000204251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>