More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0285 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0285  50S ribosomal protein L2  100 
 
 		 280 aa  566  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0252  50S ribosomal protein L2  92.14 
 
 		 280 aa  504  9.999999999999999e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0588  50S ribosomal protein L2  91.07 
 
 		 280 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0762  50S ribosomal protein L2  87.5 
 
 		 279 aa  484  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052515  normal  0.51938 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1719  50S ribosomal protein L2  87.14 
 
 		 279 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238282  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2531  50S ribosomal protein L2  86.79 
 
 		 279 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.445887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0364  50S ribosomal protein L2  87.14 
 
 		 279 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.838149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1792  50S ribosomal protein L2  75.9 
 
 		 278 aa  422  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109634  normal  0.0522844 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2685  50S ribosomal protein L2  73.21 
 
 		 279 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00277969  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1843  50S ribosomal protein L2  74.55 
 
 		 278 aa  403  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0328595  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1230  50S ribosomal protein L2  74.46 
 
 		 277 aa  402  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.424988  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1193  50S ribosomal protein L2  74.46 
 
 		 277 aa  401  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.458304  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0989  50S ribosomal protein L2  73.84 
 
 		 278 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227684  normal  0.0318056 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2739  50S ribosomal protein L2  72.76 
 
 		 278 aa  398  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236416  normal  0.312063 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1959  50S ribosomal protein L2  73.74 
 
 		 277 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0386068  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2815  50S ribosomal protein L2  73.38 
 
 		 278 aa  395  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1335  50S ribosomal protein L2  71.33 
 
 		 278 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0836019 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1252  50S ribosomal protein L2  71.94 
 
 		 278 aa  388  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.275281  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1433  50S ribosomal protein L2  70.97 
 
 		 278 aa  387  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.127278  normal  0.0219433 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1675  50S ribosomal protein L2  72.66 
 
 		 278 aa  387  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1617  50S ribosomal protein L2  74.38 
 
 		 279 aa  390  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2969  50S ribosomal protein L2  73.26 
 
 		 276 aa  381  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2298  50S ribosomal protein L2  70.5 
 
 		 278 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.749096  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3181  50S ribosomal protein L2  71.22 
 
 		 278 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0577  50S ribosomal protein L2  68.35 
 
 		 279 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1943  50S ribosomal protein L2  71.12 
 
 		 277 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1350  50S ribosomal protein L2  70.86 
 
 		 278 aa  377  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3445  50S ribosomal protein L2  70.14 
 
 		 277 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.429688 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1367  50S ribosomal protein L2  69.78 
 
 		 277 aa  372  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.266089  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0669  50S ribosomal protein L2  69.42 
 
 		 277 aa  373  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000171407  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0701  50S ribosomal protein L2  69.42 
 
 		 277 aa  373  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000626221  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3664  50S ribosomal protein L2  68.71 
 
 		 278 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1548  50S ribosomal protein L2  69.06 
 
 		 277 aa  370  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1682  50S ribosomal protein L2  69.42 
 
 		 277 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0463749  hitchhiker  0.0000149038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5067  50S ribosomal protein L2  68.35 
 
 		 277 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.828543  normal  0.381768 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1357  50S ribosomal protein L2  65.83 
 
 		 279 aa  363  1e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.184496  normal  0.0354969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2443  50S ribosomal protein L2  68.1 
 
 		 278 aa  360  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2165  50S ribosomal protein L2  68.1 
 
 		 278 aa  360  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.219576 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0850  50S ribosomal protein L2  66.67 
 
 		 277 aa  356  1.9999999999999998e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104266  decreased coverage  0.0000130499 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2126  50S ribosomal protein L2  67.74 
 
 		 278 aa  355  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647868 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1911  50S ribosomal protein L2  67.74 
 
 		 278 aa  352  4e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00546363  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0350  50S ribosomal protein L2  67.03 
 
 		 278 aa  352  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.170348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2221  50S ribosomal protein L2  67.74 
 
 		 278 aa  351  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2457  50S ribosomal protein L2  60.36 
 
 		 276 aa  338  5e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0871736 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01200  50S ribosomal protein L2  60.43 
 
 		 277 aa  332  4e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0770167  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2906  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 		 275 aa  329  3e-89  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0172805  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0062  50S ribosomal protein L2  58.84 
 
 		 276 aa  328  6e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000124196  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0289  50S ribosomal protein L2  58.78 
 
 		 279 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0147738  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23440  LSU ribosomal protein L2P  58.76 
 
 		 276 aa  325  6e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000561637  decreased coverage  0.0000000103379 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2175  ribosomal protein L2  59.85 
 
 		 276 aa  324  1e-87  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1872  50S ribosomal protein L2  57.76 
 
 		 276 aa  323  1e-87  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.701919  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09970  LSU ribosomal protein L2P  58.76 
 
 		 276 aa  324  1e-87  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.7223  hitchhiker  0.00000165173 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2078  50S ribosomal protein L2  57.76 
 
 		 276 aa  323  2e-87  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000477294  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1701  50S ribosomal protein L2  57.76 
 
 		 276 aa  323  2e-87  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000371548  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0082  50S ribosomal protein L2  61.23 
 
 		 276 aa  322  3e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173583 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1343  ribosomal protein L2  57.04 
 
 		 279 aa  322  5e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0352  50S ribosomal protein L2  57.91 
 
 		 277 aa  322  6e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000147687  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1029  50S ribosomal protein L2  57.19 
 
 		 277 aa  321  8e-87  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000494173  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0288  50S ribosomal protein L2  58.61 
 
 		 274 aa  320  9.999999999999999e-87  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0870  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 275 aa  320  9.999999999999999e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000015035  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1904  50S ribosomal protein L2  57.4 
 
 		 277 aa  320  1.9999999999999998e-86  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0061  50S ribosomal protein L2  56.68 
 
 		 277 aa  318  6e-86  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.41006  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2711  50S ribosomal protein L2  57.76 
 
 		 277 aa  318  7.999999999999999e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2396  50S ribosomal protein L2  57.76 
 
 		 277 aa  318  7.999999999999999e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.445207  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0037  50S ribosomal protein L2  56.68 
 
 		 276 aa  317  1e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00257974  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0110  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  317  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1965  ribosomal protein L2  57.76 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000977898  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0113  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000200839  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0113  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000138046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0109  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.27306e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0107  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000901221  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0609  50S ribosomal protein L2  59.78 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0113  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0125  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.14187e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0144  50S ribosomal protein L2  57.66 
 
 		 276 aa  316  3e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000100516  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0107  50S ribosomal protein L2  58.03 
 
 		 276 aa  315  4e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000204251  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0412  50S ribosomal protein L2  59.78 
 
 		 276 aa  315  4e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1181  ribosomal protein L2  58.61 
 
 		 274 aa  315  5e-85  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000178958  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0228  50S ribosomal protein L2  57.51 
 
 		 275 aa  315  7e-85  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2562  50S ribosomal protein L2  57.93 
 
 		 287 aa  314  9e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.244819  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0718  ribosomal protein L2  57.51 
 
 		 273 aa  314  9e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl126  50S ribosomal protein L2  58.72 
 
 		 281 aa  314  9.999999999999999e-85  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0445797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5192  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000180933  unclonable  2.65522e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0134  50S ribosomal protein L2  57.3 
 
 		 276 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000249417  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0199  50S ribosomal protein L2  58.12 
 
 		 277 aa  313  9.999999999999999e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0675116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0629  50S ribosomal protein L2  60.44 
 
 		 274 aa  312  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000833663  hitchhiker  0.00000000000856838 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0108  50S ribosomal protein L2  56.93 
 
 		 276 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000187869  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0114  50S ribosomal protein L2  56.93 
 
 		 276 aa  312  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000290971  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0694  50S ribosomal protein L2  58.67 
 
 		 287 aa  312  3.9999999999999997e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00211234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0693  50S ribosomal protein L2  58.72 
 
 		 281 aa  312  4.999999999999999e-84  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  56.78 
 
 		 273 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  56.78 
 
 		 273 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116261 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0787  50S ribosomal protein L2  56.41 
 
 		 274 aa  311  7.999999999999999e-84  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.469967  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0492  50S ribosomal protein L2  56.32 
 
 		 275 aa  310  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000323805  hitchhiker  0.00406555 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0704  50S ribosomal protein L2  59.71 
 
 		 273 aa  310  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350454  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0218  50S ribosomal protein L2  56.16 
 
 		 275 aa  310  1e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127498  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4918  50S ribosomal protein L2  55.43 
 
 		 275 aa  311  1e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.113284  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2274  50S ribosomal protein L2  56.32 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000299614  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2315  50S ribosomal protein L2  56.32 
 
 		 277 aa  310  2e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000290927  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2254  50S ribosomal protein L2  60.87 
 
 		 276 aa  310  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000201463  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>