More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2049 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02152  acyl-CoA dehydrogenase  51.33 
 
 
820 aa  802  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0314131  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1700  acyl-CoA dehydrogenase  50.4 
 
 
889 aa  760  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.169091  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3558  acyl-CoA dehydrogenase  46.04 
 
 
778 aa  678  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2154  acyl-CoA dehydrogenase  99.6 
 
 
759 aa  1564  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.136842  normal  0.840722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2323  acyl-CoA dehydrogenase  50.67 
 
 
815 aa  768  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.78601e-05  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2604  acyl-CoA dehydrogenase  51.44 
 
 
815 aa  770  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.114401  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1504  acyl-CoA dehydrogenase  48.22 
 
 
745 aa  671  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.135782  normal  0.786071 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1503  acyl-CoA dehydrogenase  50.33 
 
 
815 aa  744  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.943527  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1815  acyl-CoA dehydrogenase  80.11 
 
 
759 aa  1305  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0595406  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1870  acyl-CoA dehydrogenase  50.8 
 
 
815 aa  753  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114891  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0233  acyl-CoA dehydrogenase  51.52 
 
 
814 aa  790  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373411  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3399  acyl-CoA dehydrogenase  51.52 
 
 
814 aa  790  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3614  acyl-CoA dehydrogenase  46.18 
 
 
815 aa  662  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0152868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3810  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  46.81 
 
 
833 aa  704  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.753342  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3309  acyl-CoA dehydrogenase  52.84 
 
 
815 aa  790  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.831858  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1468  acyl-CoA dehydrogenase  50.33 
 
 
815 aa  744  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.890646  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0217  acyl-CoA dehydrogenase  51.52 
 
 
814 aa  790  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27730  acyl-CoA dehydrogenase  51.13 
 
 
815 aa  759  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0291961 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0358  acyl-CoA dehydrogenase  51.91 
 
 
814 aa  791  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.7933 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3064  acyl-CoA dehydrogenase  49.19 
 
 
825 aa  711  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.221782  normal  0.434106 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1688  acyl-CoA dehydrogenase  49.45 
 
 
751 aa  690  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.132368  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2492  acyl-CoA dehydrogenase  50.2 
 
 
821 aa  776  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  8.35865e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01663  acyl-CoA dehydrogenase  49.6 
 
 
803 aa  726  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0967153  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2049  acyl-CoA dehydrogenase  100 
 
 
759 aa  1569  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156017  normal  0.197509 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2146  acyl-CoA dehydrogenase  50.67 
 
 
815 aa  767  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000466188  normal  0.548318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1926  acyl-CoA dehydrogenase  99.6 
 
 
759 aa  1563  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.442387  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2223  acyl-CoA dehydrogenase  50.53 
 
 
815 aa  767  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00555832  normal  0.222627 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2124  acyl-CoA dehydrogenase  54.04 
 
 
824 aa  830  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.441583 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2128  acyl-CoA dehydrogenase  45.81 
 
 
774 aa  679  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0257482  normal  0.562441 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1869  acyl-CoA dehydrogenase  51.76 
 
 
815 aa  790  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.203796  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1889  acyl-CoA dehydrogenase  81.72 
 
 
758 aa  1284  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314631  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0417  acyl-CoA dehydrogenase  50.65 
 
 
836 aa  776  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332729  hitchhiker  0.000590412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1676  acyl-CoA dehydrogenase  50.26 
 
 
832 aa  772  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.761188  normal  0.240314 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0687  acyl-CoA dehydrogenase  46.47 
 
 
715 aa  680  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4530  acyl-CoA dehydrogenase  93.41 
 
 
759 aa  1463  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1823  acyl-CoA dehydrogenase  51.93 
 
 
814 aa  773  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1490  acyl-CoA dehydrogenase  46.61 
 
 
715 aa  686  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1260  acyl-CoA dehydrogenase  46.93 
 
 
858 aa  701  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.276244  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2067  acyl-CoA dehydrogenase  81.99 
 
 
758 aa  1306  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0937287  decreased coverage  6.95411e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1999  acyl-CoA dehydrogenase  50.2 
 
 
815 aa  758  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0412808  decreased coverage  6.39104e-08 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3822  acyl-CoA dehydrogenase  49.48 
 
 
815 aa  733  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0253  acyl-CoA dehydrogenase  51.52 
 
 
814 aa  791  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0490  acyl-CoA dehydrogenase  47.57 
 
 
949 aa  715  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2342  acyl-CoA dehydrogenase  50.8 
 
 
815 aa  758  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607929  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2019  acyl-CoA dehydrogenase  50.27 
 
 
815 aa  768  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.9403e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2127  acyl-CoA dehydrogenase  93.54 
 
 
759 aa  1463  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00720758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0249  acyl-CoA dehydrogenase  51.52 
 
 
814 aa  791  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03204  acyl-CoA dehydrogenase  52.27 
 
 
814 aa  788  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02638  acyl-CoA dehydrogenase  59.81 
 
 
761 aa  929  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3171  acyl-CoA dehydrogenase  53.04 
 
 
815 aa  790  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1340  acyl-CoA dehydrogenase  59.54 
 
 
760 aa  936  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.920071  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0949  acyl-CoA dehydrogenase  53.63 
 
 
818 aa  807  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2244  acyl-CoA dehydrogenase  93.41 
 
 
759 aa  1463  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2306  acyl-CoA dehydrogenase  50.46 
 
 
815 aa  766  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.82172e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2172  acyl-CoA dehydrogenase  93.41 
 
 
759 aa  1463  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.272343  normal  0.175191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2542  acyl-CoA dehydrogenase  81.79 
 
 
758 aa  1324  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.204346 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2067  acyl-CoA dehydrogenase  50.07 
 
 
815 aa  766  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000576989  hitchhiker  0.00617019 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2051  acyl-CoA dehydrogenase  79.02 
 
 
758 aa  1274  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.217248  normal  0.456304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2108  acyl-CoA dehydrogenase  51.46 
 
 
815 aa  773  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  6.35776e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3003  acyl-CoA dehydrogenase  48.91 
 
 
744 aa  689  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00231993  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2393  acyl-CoA dehydrogenase  51.58 
 
 
815 aa  781  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.756719  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2338  acyl-CoA dehydrogenase  80.65 
 
 
760 aa  1269  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.797755  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0758  acyl-CoA dehydrogenase  52.62 
 
 
814 aa  786  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.344534 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1791  acyl-CoA dehydrogenase  50.53 
 
 
815 aa  771  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000904865  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1863  acyl-CoA dehydrogenase  93.28 
 
 
759 aa  1456  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1917  acyl-CoA dehydrogenase  50.86 
 
 
815 aa  753  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00575597  normal  0.572589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1234  acyl-CoA dehydrogenase  49.24 
 
 
745 aa  698  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0174  acyl-CoA dehydrogenase  49.93 
 
 
756 aa  674  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.92795 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00216  acyl-CoA dehydrogenase  51.52 
 
 
814 aa  790  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0890  acyl-CoA dehydrogenase  52.99 
 
 
814 aa  783  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00220  hypothetical protein  51.52 
 
 
814 aa  790  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0923  acyl-CoA dehydrogenase  51.02 
 
 
812 aa  765  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1691  acyl-CoA dehydrogenase  48.87 
 
 
828 aa  731  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1690  acyl-CoA dehydrogenase  48.75 
 
 
828 aa  729  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1628  acyl-CoA dehydrogenase  49.28 
 
 
815 aa  751  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1835  acyl-CoA dehydrogenase  47.31 
 
 
994 aa  716  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1544  acyl-CoA dehydrogenase  50.86 
 
 
784 aa  806  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0853542 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0432  acyl-CoA dehydrogenase  50.39 
 
 
836 aa  769  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1735  acyl-CoA dehydrogenase  48.64 
 
 
781 aa  743  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.445191  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4184  acyl-CoA dehydrogenase  50.34 
 
 
815 aa  744  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3297  acyl-CoA dehydrogenase  52.25 
 
 
815 aa  802  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2995  acyl-CoA dehydrogenase  48.23 
 
 
755 aa  696  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3386  Protein of unknown function DUF1974  51.52 
 
 
814 aa  790  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1893  acyl-CoA dehydrogenase  49.08 
 
 
815 aa  747  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000141749 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0537  acyl-CoA dehydrogenase  50.67 
 
 
835 aa  750  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0153828  normal  0.335632 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1705  Protein of unknown function DUF1974  45.53 
 
 
834 aa  647  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003765  acyl-CoA dehydrogenase short-chain specific  59.68 
 
 
760 aa  927  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.392288  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002777  acyl-CoA dehydrogenase short-chain specific  52.21 
 
 
814 aa  786  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.383126  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3444  acyl-CoA dehydrogenase  51.72 
 
 
815 aa  793  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2265  acyl-CoA dehydrogenase  50.2 
 
 
809 aa  780  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.105955  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2492  acyl-CoA dehydrogenase  97.23 
 
 
759 aa  1511  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2536  acyl-CoA dehydrogenase  50.67 
 
 
815 aa  766  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3857  acyl-CoA dehydrogenase family protein  48.88 
 
 
815 aa  746  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.870588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15490  acyl-CoA dehydrogenase  50.21 
 
 
815 aa  681  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2319  acyl-CoA dehydrogenase  50.46 
 
 
815 aa  767  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000853883  hitchhiker  0.00160495 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1085  acyl-CoA dehydrogenase  47.56 
 
 
756 aa  699  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2115  acyl-CoA dehydrogenase  82.26 
 
 
758 aa  1286  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000818712  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0265  acyl-CoA dehydrogenase  51.52 
 
 
814 aa  789  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.717357  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1510  acyl-CoA dehydrogenase  46.47 
 
 
815 aa  664  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1764  acyl-CoA dehydrogenase  51.12 
 
 
815 aa  780  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.69157e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>