165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1129 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1129  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.02923e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3113  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.81865e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1197  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  5.99283e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3426  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1252  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.70855e-06  hitchhiker  4.59376e-09 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3122  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.35841e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3265  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.5331e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1130  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.45807e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1200  carbon storage regulator  100 
 
 
65 aa  130  8e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.97076e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1064  carbon storage regulator  98.46 
 
 
65 aa  129  2e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.998341  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2743  carbon storage regulator  98.46 
 
 
65 aa  129  2e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000840228  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1319  carbon storage regulator  96.92 
 
 
65 aa  127  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0138416  hitchhiker  0.00721539 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3338  carbon storage regulator  95.38 
 
 
65 aa  124  4e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0466737  hitchhiker  6.66131e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1050  carbon storage regulator  93.85 
 
 
64 aa  120  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.86166e-05  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1214  carbon storage regulator  92.31 
 
 
65 aa  119  2e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.24179e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0637  carbon storage regulator  87.88 
 
 
66 aa  113  8e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2979  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.70939e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2832  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.37638e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3012  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00129826  hitchhiker  2.33045e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3171  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  5.1155e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3942  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.7158e-09  normal  0.528243 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1016  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.19798e-06  hitchhiker  0.00141183 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2818  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  3.06437e-09  hitchhiker  0.000110428 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0993  carbon storage regulator, CsrA  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.37692e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02511  hypothetical protein  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  5.57514e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3135  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  2.87741e-06  hitchhiker  0.000767702 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2945  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.03416e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2977  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  6.28475e-07  decreased coverage  5.34351e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3181  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.00823e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02546  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  2.2346e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3028  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  9.46533e-05  decreased coverage  6.98794e-06 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0967  carbon storage regulator, CsrA  85.94 
 
 
65 aa  110  7e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00770728  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3237  carbon storage regulator  98.21 
 
 
61 aa  110  9e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  6.28305e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0984  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00625603  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1117  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00529812  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3372  carbon storage regulator  98.21 
 
 
61 aa  110  9e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.18708e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3210  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  9e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00230567  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0999  carbon storage regulator  93.33 
 
 
61 aa  110  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002523  carbon storage regulator  84.62 
 
 
65 aa  108  2e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.81679e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0075  carbon storage regulator  84.62 
 
 
65 aa  108  2e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  9.05817e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03509  carbon storage regulator  84.62 
 
 
65 aa  108  2e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02845  carbon storage regulator  89.83 
 
 
63 aa  108  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000287384  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2901  carbon storage regulator  88.33 
 
 
61 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.748507  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3014  carbon storage regulator, CsrA  92.98 
 
 
71 aa  108  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00086435  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0627  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  79.69 
 
 
65 aa  107  4e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  9.17661e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3378  carbon storage regulator, CsrA  94.74 
 
 
58 aa  107  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  9.23466e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4610  carbon storage regulator  86.67 
 
 
61 aa  107  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52570  carbon storage regulator  86.67 
 
 
61 aa  107  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0097749  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1043  carbon storage regulator  85.48 
 
 
65 aa  107  7e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1479  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  81.25 
 
 
66 aa  107  7e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0325311  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1218  carbon storage regulator  96.92 
 
 
65 aa  104  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  5.55934e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1613  carbon storage regulator  75.36 
 
 
81 aa  104  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000487274  hitchhiker  6.08552e-09 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1301  carbon storage regulator  89.29 
 
 
64 aa  103  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  1.14714e-13  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0204  carbon storage regulator  91.07 
 
 
61 aa  103  6e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0391  carbon storage regulator  78.12 
 
 
64 aa  103  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1651  carbon storage regulator, CsrA  79.37 
 
 
71 aa  102  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3626  carbon storage regulator, CsrA  81.97 
 
 
62 aa  102  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.53108e-05  decreased coverage  4.76241e-08 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1640  carbon storage regulator  85.71 
 
 
81 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  4.7794e-07  hitchhiker  0.000536973 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1462  carbon storage regulator  85.71 
 
 
81 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  3.65712e-10  hitchhiker  2.30945e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1291  carbon storage regulator, CsrA  76.56 
 
 
64 aa  101  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.341556  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0845  carbon storage regulator  77.05 
 
 
64 aa  100  9e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0820  carbon storage regulator  77.05 
 
 
64 aa  100  9e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0928  carbon storage regulator  89.09 
 
 
85 aa  99.4  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1479  carbon storage regulator, CsrA  80.95 
 
 
67 aa  99.4  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0228801  normal  0.253432 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00146  carbon storage regulator  90.38 
 
 
70 aa  97.4  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144727  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1612  carbon storage regulator, CsrA  80.36 
 
 
82 aa  96.7  8e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.734443 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0102  carbon storage regulator  71.01 
 
 
71 aa  96.3  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0088  carbon storage regulator  71.01 
 
 
71 aa  96.3  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0821619  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4273  carbon storage regulator  78.69 
 
 
62 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  4.41223e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3554  carbon storage regulator  78.69 
 
 
62 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00116705  normal  0.498706 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1844  carbon storage regulator  78.69 
 
 
62 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0833226  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0992  carbon storage regulator  65.08 
 
 
70 aa  94.4  5e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  1.61482e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0885  carbon storage regulator  65.08 
 
 
70 aa  94  6e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  1.48731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4472  carbon storage regulator  77.05 
 
 
62 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.219906  normal  0.197057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3977  carbon storage regulator  77.05 
 
 
62 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1443  carbon storage regulator  77.05 
 
 
62 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0139984  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0359  carbon storage regulator, CsrA  77.78 
 
 
71 aa  93.2  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0110429  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3761  carbon storage regulator  77.05 
 
 
62 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0455411  normal  0.413085 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3566  carbon storage regulator  75.93 
 
 
62 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.054152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3339  carbon storage regulator  75.93 
 
 
62 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.114105  hitchhiker  0.000524878 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1912  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  65.62 
 
 
64 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0207857  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0844  carbon storage regulator, CsrA  97.73 
 
 
49 aa  87.8  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.52138e-11  unclonable  9.91899e-09 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3093  carbon storage regulator, CsrA / carbon storage regulator, CsrA  70.37 
 
 
77 aa  87  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34440  carbon storage regulator, CsrA  85.42 
 
 
49 aa  86.3  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.214344  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2387  regulatory protein  62.3 
 
 
123 aa  84  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.240856  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3201  carbon storage regulator  63.33 
 
 
65 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.481754  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3547  carbon storage regulator  63.33 
 
 
65 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0375878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1938  carbon storage regulator  63.33 
 
 
65 aa  83.2  1e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.219334  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3832  carbon storage regulator  63.33 
 
 
65 aa  83.2  1e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2472  carbon storage regulator, CsrA  67.27 
 
 
70 aa  80.9  5e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.767706  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3751  carbon storage regulator  56.45 
 
 
64 aa  80.5  6e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0146  carbon storage regulator  61.29 
 
 
68 aa  79  2e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  2.07191e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2180  carbon storage regulator  61.29 
 
 
68 aa  79  2e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.66947e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1629  carbon storage regulator  54.1 
 
 
64 aa  79  2e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634054  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1306  carbon storage regulator, CsrA  58.33 
 
 
124 aa  75.5  2e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3224  carbon storage regulator  46.55 
 
 
79 aa  75.9  2e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2360  carbon storage regulator, CsrA  58.46 
 
 
86 aa  75.1  3e-13  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2232  carbon storage regulator  53.7 
 
 
78 aa  75.1  3e-13  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  9.17827e-07 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3026  carbon storage regulator  50 
 
 
82 aa  74.3  5e-13  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1588  carbon storage regulator, CsrA  62.5 
 
 
70 aa  72  2e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  3.11087e-08  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>