130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0681 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0681  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family protein  100 
 
 
415 aa  818    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3893  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family protein  86.51 
 
 
433 aa  723    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3748  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  93.98 
 
 
433 aa  735    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0617  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  93.98 
 
 
433 aa  735    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0644  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  93.98 
 
 
415 aa  734    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0639  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  93.98 
 
 
433 aa  735    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2007  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  76.39 
 
 
433 aa  633  1e-180  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2701  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  74.13 
 
 
433 aa  595  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1910  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  72.89 
 
 
433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0126461  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0325  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  72.64 
 
 
433 aa  570  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000434648 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3533  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  70.9 
 
 
433 aa  553  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0588  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  67.15 
 
 
435 aa  551  1e-155  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00155  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  71.82 
 
 
435 aa  550  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0724  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  72.89 
 
 
433 aa  545  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2271  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  73.2 
 
 
435 aa  545  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002213  C4-dicarboxylate transporter anaerobic  71.32 
 
 
435 aa  545  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0505  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  72.64 
 
 
433 aa  544  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3408  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  68.16 
 
 
433 aa  537  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04008  C4-dicarboxylate antiporter  61.04 
 
 
433 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3854  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  61.29 
 
 
433 aa  500  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03970  hypothetical protein  61.04 
 
 
433 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4379  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  498  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0860444  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4693  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.29 
 
 
433 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5654  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  498  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00371648  normal  0.384394 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3874  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  498  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4607  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  498  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.104112  normal  0.747742 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4667  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  498  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654313  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4686  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4743  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.722845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4595  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4603  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.880498  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4721  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.04 
 
 
433 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0855825  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04830  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  67.09 
 
 
432 aa  490  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.664542 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1644  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  61.69 
 
 
445 aa  478  1e-133  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0405  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  59.55 
 
 
433 aa  476  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219267  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1556  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuA  56.07 
 
 
497 aa  474  1e-132  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.678975  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3679  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.81 
 
 
433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.81 
 
 
433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3826  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.81 
 
 
433 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1117  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.19 
 
 
444 aa  450  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1912  hypothetical protein  56.97 
 
 
446 aa  446  1.0000000000000001e-124  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000048049  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0390  IspD/IspF bifunctional enzyme  54.7 
 
 
447 aa  422  1e-117  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.889279  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0139  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  55.11 
 
 
444 aa  412  1e-114  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0083  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  54.48 
 
 
442 aa  412  1e-114  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0123  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  54.48 
 
 
442 aa  410  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0095  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  54.48 
 
 
442 aa  401  9.999999999999999e-111  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1089  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.62 
 
 
432 aa  360  2e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0441  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.62 
 
 
437 aa  350  2e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0488  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.87 
 
 
437 aa  350  3e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0364  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.62 
 
 
437 aa  349  4e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0354  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.62 
 
 
437 aa  349  4e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0378  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.62 
 
 
437 aa  349  4e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0421  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.62 
 
 
437 aa  349  4e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4883  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.37 
 
 
437 aa  348  7e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2005  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.99 
 
 
433 aa  348  1e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.560683  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0489  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.62 
 
 
437 aa  347  3e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0351  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.12 
 
 
437 aa  346  4e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.25 
 
 
437 aa  345  1e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0366  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  48.49 
 
 
437 aa  344  2e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2657  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  45.93 
 
 
433 aa  342  8e-93  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000544517  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1605  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  44.12 
 
 
441 aa  339  5e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1756  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.92 
 
 
453 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2178  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.87 
 
 
453 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2084  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.49 
 
 
453 aa  335  7e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3278  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  42.82 
 
 
443 aa  329  6e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.737723 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3974  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.36 
 
 
439 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1227  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.96 
 
 
437 aa  321  9.999999999999999e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0182987  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3871  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.12 
 
 
439 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0593006  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3793  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.12 
 
 
439 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261131  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3805  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.12 
 
 
439 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3913  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.41 
 
 
439 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.689386  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0240  hypothetical protein  40.95 
 
 
439 aa  308  8e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0158  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.57 
 
 
436 aa  307  3e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3845  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  39.47 
 
 
441 aa  297  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0209  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuA  43.47 
 
 
423 aa  291  1e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2479  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.26 
 
 
447 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4417  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.44 
 
 
447 aa  276  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0307  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.39 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0302  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.39 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0298  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.39 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05690  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  34.67 
 
 
443 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0303  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.39 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000075  C4-dicarboxylate like transporter  34.67 
 
 
443 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.834607  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1023  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  34.43 
 
 
442 aa  270  4e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3222  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.39 
 
 
447 aa  269  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.39 
 
 
447 aa  269  7e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0685  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  36.85 
 
 
438 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.62 
 
 
447 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00035323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.62 
 
 
447 aa  266  4e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000600202 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.62 
 
 
447 aa  266  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1566  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  34.98 
 
 
441 aa  266  5.999999999999999e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3993  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  35.7 
 
 
440 aa  266  7e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000171498  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2500  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  33.73 
 
 
447 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0561  C4-dicarboxylate transporter, anaerobic  38.33 
 
 
442 aa  264  2e-69  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2751  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.46 
 
 
442 aa  264  3e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2120  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  36.93 
 
 
441 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.20125  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0772  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.9 
 
 
474 aa  259  6e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0697  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.9 
 
 
474 aa  258  1e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2921  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.2 
 
 
443 aa  256  7e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4182  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.05 
 
 
441 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>