130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3222 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4417  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  79.19 
 
 
447 aa  705    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  79.64 
 
 
447 aa  714    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000600202 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  79.42 
 
 
447 aa  713    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00035323 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  79.64 
 
 
447 aa  714    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0307  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  77.85 
 
 
447 aa  695    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0302  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  78.08 
 
 
447 aa  697    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2479  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  85.2 
 
 
447 aa  759    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0298  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  78.08 
 
 
447 aa  697    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3222  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  100 
 
 
447 aa  898    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0303  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  78.08 
 
 
447 aa  697    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  99.55 
 
 
447 aa  895    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3576  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  57.3 
 
 
446 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0561  C4-dicarboxylate transporter, anaerobic  57.21 
 
 
442 aa  487  1e-136  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0772  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  54.75 
 
 
474 aa  473  1e-132  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0697  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  54.75 
 
 
474 aa  474  1e-132  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1813  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  55.98 
 
 
446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.235403  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1406  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.43 
 
 
446 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3863  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.95 
 
 
446 aa  469  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39327  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2701  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  56.66 
 
 
453 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03994  C4-dicarboxylate antiporter  58.05 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3869  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  58.05 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2500  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  51.94 
 
 
447 aa  465  9.999999999999999e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000075  C4-dicarboxylate like transporter  51.36 
 
 
443 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.834607  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5637  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.363668  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4364  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282822  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03955  hypothetical protein  58.05 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.905652  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3904  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4589  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4647  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.873915  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4647  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4556  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4565  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  58.05 
 
 
446 aa  465  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1023  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  48.87 
 
 
442 aa  462  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05690  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  51.13 
 
 
443 aa  464  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4696  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  57.8 
 
 
446 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1566  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.53 
 
 
441 aa  449  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4182  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.83 
 
 
441 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3993  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.83 
 
 
440 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000171498  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1800  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.42 
 
 
447 aa  401  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.920741  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3278  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  45.82 
 
 
443 aa  398  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.737723 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0685  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.94 
 
 
438 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3540  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.98 
 
 
442 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000247021  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.19 
 
 
447 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3841  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.92 
 
 
438 aa  395  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2751  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.36 
 
 
442 aa  390  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2657  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  44.57 
 
 
433 aa  386  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000544517  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2921  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.36 
 
 
443 aa  382  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1304  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.36 
 
 
443 aa  381  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000133068 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2120  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.5 
 
 
441 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.20125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2084  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.33 
 
 
453 aa  363  3e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3845  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  43.54 
 
 
441 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2178  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.76 
 
 
453 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0351  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.1 
 
 
437 aa  356  5e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1756  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.95 
 
 
453 aa  356  5e-97  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0441  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.1 
 
 
437 aa  356  5.999999999999999e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0364  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.1 
 
 
437 aa  354  1e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0378  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.1 
 
 
437 aa  354  1e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1605  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  40 
 
 
441 aa  355  1e-96  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0421  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.1 
 
 
437 aa  354  1e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0488  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.88 
 
 
437 aa  354  2e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0354  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44 
 
 
437 aa  353  2e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4883  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.65 
 
 
437 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0489  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.88 
 
 
437 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.88 
 
 
437 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0366  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.65 
 
 
437 aa  352  7e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0240  hypothetical protein  39.5 
 
 
439 aa  342  5.999999999999999e-93  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3974  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.24 
 
 
439 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3871  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.01 
 
 
439 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0593006  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3793  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.01 
 
 
439 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261131  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3805  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.01 
 
 
439 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3913  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.01 
 
 
439 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.689386  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1227  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.34 
 
 
437 aa  329  6e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0182987  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0158  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.8 
 
 
436 aa  320  3e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0683  anaerobic c4-dicarboxylate transporter DcuB  36.79 
 
 
444 aa  307  3e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0588  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.12 
 
 
435 aa  305  8.000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3893  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family protein  38.96 
 
 
433 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0325  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.73 
 
 
433 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000434648 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1121  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  35.21 
 
 
438 aa  297  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2007  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  37.01 
 
 
433 aa  291  1e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3408  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.6 
 
 
433 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1000  pyridoxal phosphate-dependent enzyme  52.59 
 
 
559 aa  285  1.0000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.921099  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0505  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.19 
 
 
433 aa  282  7.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3854  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  37.61 
 
 
433 aa  282  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1122  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.16 
 
 
438 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253067 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1721  FUR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
558 aa  281  2e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4693  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.61 
 
 
433 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0681  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family protein  38.39 
 
 
415 aa  280  3e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4686  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.25 
 
 
433 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4743  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.25 
 
 
433 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.722845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4595  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.25 
 
 
433 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4603  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.25 
 
 
433 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.880498  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4721  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.25 
 
 
433 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0855825  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04008  C4-dicarboxylate antiporter  37.39 
 
 
433 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5654  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.39 
 
 
433 aa  280  4e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00371648  normal  0.384394 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03970  hypothetical protein  37.39 
 
 
433 aa  280  4e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4379  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.39 
 
 
433 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0860444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3874  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.39 
 
 
433 aa  280  4e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4607  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.39 
 
 
433 aa  280  4e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.104112  normal  0.747742 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4667  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.39 
 
 
433 aa  280  4e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654313  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3533  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  37.3 
 
 
433 aa  279  6e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>