130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3845 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3845  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  100 
 
 
441 aa  856    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1756  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  53.63 
 
 
453 aa  421  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2178  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  53.32 
 
 
453 aa  420  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2084  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  53.54 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2657  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  51.38 
 
 
433 aa  411  1e-113  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000544517  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0488  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  52.05 
 
 
437 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0364  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  52.05 
 
 
437 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0354  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  52.05 
 
 
437 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0378  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  52.05 
 
 
437 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0421  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  52.28 
 
 
437 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4883  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  51.83 
 
 
437 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0441  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  52.05 
 
 
437 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1605  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  51.03 
 
 
441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  51.83 
 
 
437 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0351  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  51.6 
 
 
437 aa  402  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0489  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  51.6 
 
 
437 aa  404  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0366  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  51.83 
 
 
437 aa  402  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3974  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  48.97 
 
 
439 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3278  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  47.54 
 
 
443 aa  376  1e-103  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.737723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3871  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  48.97 
 
 
439 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0593006  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3913  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  49.2 
 
 
439 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.689386  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3793  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  48.97 
 
 
439 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261131  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3805  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  48.97 
 
 
439 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1227  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  48.86 
 
 
437 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0182987  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05690  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.15 
 
 
443 aa  362  7.0000000000000005e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000075  C4-dicarboxylate like transporter  42.92 
 
 
443 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.834607  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2500  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.47 
 
 
447 aa  360  4e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1023  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.01 
 
 
442 aa  355  7.999999999999999e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1566  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.59 
 
 
441 aa  353  2e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0240  hypothetical protein  44.09 
 
 
439 aa  353  2.9999999999999997e-96  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.44 
 
 
447 aa  353  4e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.44 
 
 
447 aa  353  5e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000600202 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2479  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.83 
 
 
447 aa  352  5.9999999999999994e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2751  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  46.95 
 
 
442 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4417  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.67 
 
 
447 aa  350  2e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.44 
 
 
447 aa  351  2e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00035323 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0158  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  47.94 
 
 
436 aa  350  3e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0302  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.21 
 
 
447 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0298  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.21 
 
 
447 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0303  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.21 
 
 
447 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0307  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.21 
 
 
447 aa  349  5e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3540  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.21 
 
 
442 aa  348  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000247021  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3841  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.28 
 
 
438 aa  345  6e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1800  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.66 
 
 
447 aa  345  8.999999999999999e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.920741  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1726  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.44 
 
 
447 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2120  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  45.91 
 
 
441 aa  342  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.20125  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4182  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.01 
 
 
441 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2007  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  42.07 
 
 
433 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3222  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.54 
 
 
447 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0685  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.37 
 
 
438 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3359  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.31 
 
 
447 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1304  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.19 
 
 
443 aa  333  4e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000133068 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2921  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  44.06 
 
 
443 aa  330  3e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0588  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.23 
 
 
435 aa  322  6e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3576  anaerobic c4-dicarboxylate membrane transporter family protein  42.08 
 
 
446 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3993  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.33 
 
 
440 aa  316  4e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000171498  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3893  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family protein  39.64 
 
 
433 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3533  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.6 
 
 
433 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0325  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  42.89 
 
 
433 aa  311  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000434648 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3408  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.95 
 
 
433 aa  310  4e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4696  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.89 
 
 
446 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4647  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.89 
 
 
446 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.873915  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4647  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.89 
 
 
446 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4556  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.89 
 
 
446 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4565  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.89 
 
 
446 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0561  C4-dicarboxylate transporter, anaerobic  38.57 
 
 
442 aa  302  8.000000000000001e-81  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3863  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.55 
 
 
446 aa  302  9e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39327  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03994  C4-dicarboxylate antiporter  40.35 
 
 
446 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3869  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  40.35 
 
 
446 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5637  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.35 
 
 
446 aa  300  3e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.363668  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1406  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.45 
 
 
446 aa  300  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4364  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.35 
 
 
446 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282822  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3904  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.35 
 
 
446 aa  300  3e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03955  hypothetical protein  40.35 
 
 
446 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.905652  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4589  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.35 
 
 
446 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4686  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.65 
 
 
433 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4743  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.65 
 
 
433 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.722845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4595  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.65 
 
 
433 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4603  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.65 
 
 
433 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.880498  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4721  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.65 
 
 
433 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0855825  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0697  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.33 
 
 
474 aa  298  1e-79  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0772  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  38.11 
 
 
474 aa  297  2e-79  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1813  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.22 
 
 
446 aa  298  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.235403  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0505  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.23 
 
 
433 aa  298  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4693  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.18 
 
 
433 aa  296  4e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04008  C4-dicarboxylate antiporter  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3854  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5654  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00371648  normal  0.384394 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4379  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0860444  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3874  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03970  hypothetical protein  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4607  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.104112  normal  0.747742 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4667  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.95 
 
 
433 aa  295  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654313  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1089  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.6 
 
 
432 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0724  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.3 
 
 
433 aa  292  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2701  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  39.24 
 
 
453 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0681  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, Dcu family protein  39.47 
 
 
415 aa  291  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0405  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  41.38 
 
 
433 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219267  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3679  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.72 
 
 
433 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3826  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  40.72 
 
 
433 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>