More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3339 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3339  Zn-finger, DksA/TraR C4 type  100 
 
 		 341 aa  702    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000917071  normal  0.0196691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12080  soluble lytic transglycosylase B  54.11 
 
 		 340 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.254776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1108  soluble lytic transglycosylase B  54.49 
 
 		 336 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.490976  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08410  lytic murein transglycosylase B  50.15 
 
 		 342 aa  342  8e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.562186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4968  lytic murein transglycosylase B  52.05 
 
 		 336 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.763775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0616  lytic murein transglycosylase B  51.99 
 
 		 336 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.573967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4363  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  49.23 
 
 		 335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.116504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4805  lytic murein transglycosylase B  51.99 
 
 		 348 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.785804  normal  0.425937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4858  lytic murein transglycosylase B  51.99 
 
 		 336 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4680  lytic murein transglycosylase B  51.66 
 
 		 336 aa  325  9e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4823  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  49.23 
 
 		 335 aa  324  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3796  lytic murein transglycosylase B  49.69 
 
 		 336 aa  322  5e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0174  lytic murein transglycosylase B  54.76 
 
 		 330 aa  311  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.35243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1972  lytic murein transglycosylase B  52.19 
 
 		 341 aa  294  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2709  lytic murein transglycosylase B  48.83 
 
 		 344 aa  278  8e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.31024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0697  lytic murein transglycosylase B  47.33 
 
 		 337 aa  277  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0681454  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2634  lytic murein transglycosylase B  46.56 
 
 		 329 aa  275  7e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2520  lytic murein transglycosylase B  45.19 
 
 		 347 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.160631  normal  0.119321 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3012  lytic murein transglycosylase B  45.26 
 
 		 354 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3399  murein hydrolase B  43.03 
 
 		 361 aa  266  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0977  murein hydrolase B  44.48 
 
 		 361 aa  264  2e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0724  lytic murein transglycosylase B  46.74 
 
 		 362 aa  263  3e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2590  lytic murein transglycosylase B  47 
 
 		 329 aa  262  6e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.164218  normal  0.320646 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3033  murein hydrolase B  43.45 
 
 		 359 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.986861  hitchhiker  0.00384978 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1547  lytic murein transglycosylase B  47.74 
 
 		 344 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2982  murein hydrolase B  43.13 
 
 		 359 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000956693 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3333  murein hydrolase B  43.91 
 
 		 356 aa  259  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3017  murein hydrolase B  43.13 
 
 		 359 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  hitchhiker  0.00000130232 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2951  murein hydrolase B  43.13 
 
 		 359 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3140  murein hydrolase B  43.13 
 
 		 359 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011218 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2824  murein hydrolase B  43.55 
 
 		 361 aa  259  6e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0997605  hitchhiker  0.00000822387 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02551  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  43.41 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.253106  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0988  lytic murein transglycosylase B  43.55 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232611  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1269  lytic murein transglycosylase B  44.77 
 
 		 381 aa  258  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.282145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3948  murein hydrolase B  43.41 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.315849  normal  0.782651 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0993  lytic murein transglycosylase B  44.74 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000510709  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1558  lytic murein transglycosylase B  42.49 
 
 		 372 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000667171  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02516  hypothetical protein  43.41 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.360268  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1011  murein hydrolase B  43.23 
 
 		 361 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000289241 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3176  murein hydrolase B  43.41 
 
 		 361 aa  257  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.417908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2985  murein hydrolase B  43.41 
 
 		 361 aa  257  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.26128  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2837  murein hydrolase B  43.23 
 
 		 361 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.359796  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1054  lytic murein transglycosylase B  45.22 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  hitchhiker  0.0074183 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0989  lytic murein transglycosylase B  44.44 
 
 		 354 aa  257  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000275469  normal  0.0108965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57730  murein hydrolase B  44.51 
 
 		 367 aa  256  6e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3151  lytic murein transglycosylase B  42.73 
 
 		 332 aa  255  8e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000109427  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1090  lytic murein transglycosylase B  46.2 
 
 		 356 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00257265  hitchhiker  0.00000204091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3277  lytic murein transglycosylase B  46.2 
 
 		 356 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000759763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3319  lytic murein transglycosylase B  45.54 
 
 		 356 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000245768  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0853  lytic murein transglycosylase B  43.87 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114292  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1166  membrane-bound lytic transglycosylase, putative  42.23 
 
 		 354 aa  250  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2937  lytic murein transglycosylase B  45.55 
 
 		 335 aa  251  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000220956  normal  0.0240906 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5017  murein hydrolase B  43.91 
 
 		 371 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3455  lytic murein transglycosylase B  45.54 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000138517  normal  0.0101722 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2114  murein hydrolase B  42.58 
 
 		 373 aa  250  3e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1351  murein hydrolase B  42.54 
 
 		 364 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.720495  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2708  murein hydrolase B  42.63 
 
 		 364 aa  249  5e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102119  hitchhiker  0.00940641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1464  murein hydrolase B  42.54 
 
 		 364 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2871  lytic murein transglycosylase B  44.13 
 
 		 354 aa  249  7e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000283207  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3710  lytic murein transglycosylase B  48.16 
 
 		 337 aa  247  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000626578  hitchhiker  0.000372275 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3487  lytic murein transglycosylase B  47.08 
 
 		 339 aa  245  8e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153409  hitchhiker  0.0000000197037 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3237  murein hydrolase B  42.14 
 
 		 383 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1838  hypothetical protein  39.8 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1010  lytic murein transglycosylase B  43.65 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1835  hypothetical protein  39.46 
 
 		 338 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3330  murein hydrolase B  40.88 
 
 		 381 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3448  lytic murein transglycosylase B  42.77 
 
 		 373 aa  239  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474367 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3179  murein hydrolase B  43.37 
 
 		 382 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1385  membrane-bound lytic transglycosylase  43.03 
 
 		 370 aa  239  5.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0841166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1315  lytic murein transglycosylase B  43.03 
 
 		 370 aa  238  9e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.213474  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04282  lytic murein transglycosylase B  42.44 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2306  lytic murein transglycosylase B  41.36 
 
 		 357 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.450131  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2817  lytic murein transglycosylase B  41.36 
 
 		 357 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.280732 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2160  lytic murein transglycosylase B  43.12 
 
 		 361 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2383  lytic murein transglycosylase B  42.81 
 
 		 392 aa  225  7e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.455496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0732  lytic murein transglycosylase B  39.62 
 
 		 408 aa  223  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.351039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2248  lytic murein transglycosylase B  40 
 
 		 444 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2561  murein transglycosylase domain-containing protein  38.22 
 
 		 431 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0417  murein transglycosylase domain-containing protein  38.22 
 
 		 474 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2983  murein transglycosylase domain-containing protein  38.22 
 
 		 458 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0937  murein transglycosylase domain-containing protein  38.22 
 
 		 431 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2873  lytic murein transglycosylase B  38.22 
 
 		 431 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0861868  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0212  murein transglycosylase domain-containing protein  38.22 
 
 		 433 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1647  murein transglycosylase domain-containing protein  39.75 
 
 		 456 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2936  lytic murein transglycosylase B  38.22 
 
 		 452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4169  lytic murein transglycosylase B  39.49 
 
 		 405 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.743519  normal  0.778166 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2556  lytic murein transglycosylase B  38.02 
 
 		 368 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0932  lytic murein transglycosylase B  39.49 
 
 		 448 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0936  lytic murein transglycosylase B  39.49 
 
 		 406 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2846  lytic murein transglycosylase B  40.26 
 
 		 351 aa  219  6e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000891968  hitchhiker  0.000000969149 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1216  lytic murein transglycosylase B  40.62 
 
 		 363 aa  219  6e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1015  lytic murein transglycosylase B  39.17 
 
 		 405 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3149  lytic murein transglycosylase B  40.98 
 
 		 366 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0577  lytic murein transglycosylase B  38.85 
 
 		 405 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1515  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  36.18 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.843974  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2992  lytic murein transglycosylase B  39.57 
 
 		 392 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.106271  hitchhiker  0.00132596 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2545  lytic murein transglycosylase B  43.55 
 
 		 356 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336249  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0991  putative murein transglycosylase  38.96 
 
 		 409 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0662  lytic murein transglycosylase B  35.1 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0105641  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2099  lytic murein transglycosylase B  39.07 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.342273  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>