33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3306 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C2943  putative DNA/RNA helicase  56.71 
 
 
660 aa  765  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0569603  unclonable  1.91655e-31 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0783  hypothetical protein  63.2 
 
 
662 aa  887  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3306  hypothetical protein  100 
 
 
662 aa  1362  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  5.32342e-05  normal  0.261438 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2003  putative ATP-dependent helicase  42.15 
 
 
662 aa  446  1e-124  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.148023  hitchhiker  0.00375343 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4009  putative ATP-dependent helicase  41.27 
 
 
677 aa  444  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00213516  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2277  hypothetical protein  29.86 
 
 
720 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  4.53679e-06  hitchhiker  4.45422e-05 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0097  hypothetical protein  28.16 
 
 
719 aa  96.3  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0544866  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2162  hypothetical protein  28.08 
 
 
710 aa  90.9  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.26102  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2231  hypothetical protein  26.86 
 
 
702 aa  89.7  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0202187  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2222  hypothetical protein  27.12 
 
 
723 aa  82.4  2e-14  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.747509  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0969  hypothetical protein  23.92 
 
 
726 aa  80.5  9e-14  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1013  hypothetical protein  23.92 
 
 
726 aa  80.5  1e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4786  pentapeptide repeat protein  24.58 
 
 
824 aa  77.8  6e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3670  pentapeptide repeat protein  23.58 
 
 
830 aa  70.5  1e-10  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.414516  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2440  pentapeptide repeat protein  23.54 
 
 
830 aa  66.2  2e-09  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  24.43 
 
 
616 aa  62.8  2e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  28.45 
 
 
588 aa  58.9  3e-07  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4576  AAA ATPase  28.32 
 
 
533 aa  55.1  5e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  24.9 
 
 
559 aa  54.3  7e-06  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  4.38453e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  22.07 
 
 
601 aa  53.9  1e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  26.11 
 
 
579 aa  53.1  2e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  23.53 
 
 
625 aa  50.8  9e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  24.1 
 
 
619 aa  50.8  9e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  22.84 
 
 
613 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  23.22 
 
 
607 aa  49.3  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2691  hypothetical protein  28.16 
 
 
382 aa  49.3  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.486273  normal  0.199519 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  35.94 
 
 
759 aa  48.5  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  23.62 
 
 
616 aa  48.1  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  25.91 
 
 
388 aa  47  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  25.76 
 
 
568 aa  46.6  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  23.32 
 
 
574 aa  45.8  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  22.99 
 
 
541 aa  45.4  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  22.41 
 
 
540 aa  45.1  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>