More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1645 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  100 
 
 		 464 aa  948    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  82.57 
 
 		 465 aa  762    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  82.57 
 
 		 465 aa  765    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  82.57 
 
 		 465 aa  760    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  61.11 
 
 		 465 aa  569  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  58.64 
 
 		 496 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  58.84 
 
 		 491 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  60.09 
 
 		 476 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  58.42 
 
 		 491 aa  554  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.79 
 
 		 494 aa  463  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.21 
 
 		 474 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.33 
 
 		 470 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  49.06 
 
 		 476 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.48 
 
 		 488 aa  423  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.01 
 
 		 469 aa  422  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  47.68 
 
 		 497 aa  385  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.95 
 
 		 432 aa  268  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 		 436 aa  268  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.14 
 
 		 432 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  37.14 
 
 		 432 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.05 
 
 		 430 aa  266  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.59 
 
 		 430 aa  266  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.21 
 
 		 430 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.3 
 
 		 432 aa  265  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.3 
 
 		 432 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.05 
 
 		 430 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  37.83 
 
 		 443 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.99 
 
 		 430 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.07 
 
 		 432 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  38.03 
 
 		 448 aa  262  6.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.53 
 
 		 431 aa  263  6.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.07 
 
 		 432 aa  262  6.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.07 
 
 		 432 aa  262  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.25 
 
 		 442 aa  260  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.06 
 
 		 426 aa  260  4e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  36.34 
 
 		 427 aa  259  1e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.02 
 
 		 448 aa  256  7e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.96 
 
 		 460 aa  253  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 		 460 aa  250  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 		 451 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.37 
 
 		 425 aa  243  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.01 
 
 		 440 aa  243  7e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.69 
 
 		 436 aa  237  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.91 
 
 		 462 aa  232  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.07 
 
 		 439 aa  230  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.53 
 
 		 449 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.53 
 
 		 449 aa  223  4e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 		 460 aa  219  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.2 
 
 		 486 aa  217  2.9999999999999998e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  35.43 
 
 		 441 aa  214  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.63 
 
 		 425 aa  207  5e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 429 aa  201  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  37.13 
 
 		 445 aa  199  7e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  32.41 
 
 		 431 aa  199  9e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.19 
 
 		 464 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 439 aa  196  6e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  31.57 
 
 		 431 aa  193  5e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  31.98 
 
 		 472 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  33.26 
 
 		 442 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.64 
 
 		 419 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.49 
 
 		 427 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.26 
 
 		 442 aa  169  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.15 
 
 		 436 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.74 
 
 		 427 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.54 
 
 		 426 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  41.42 
 
 		 445 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.08 
 
 		 445 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.39 
 
 		 440 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  31.36 
 
 		 430 aa  158  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.26 
 
 		 427 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.88 
 
 		 445 aa  157  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  33.18 
 
 		 442 aa  156  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.22 
 
 		 473 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1136  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.73 
 
 		 444 aa  152  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.807965  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.04 
 
 		 468 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  33.56 
 
 		 439 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  31.35 
 
 		 455 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  26.61 
 
 		 420 aa  146  8.000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.01 
 
 		 435 aa  145  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  31.4 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.49 
 
 		 438 aa  140  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.74 
 
 		 464 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.74 
 
 		 464 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.8 
 
 		 442 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  30.66 
 
 		 525 aa  137  5e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 		 476 aa  136  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.93 
 
 		 472 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.6 
 
 		 472 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.06 
 
 		 326 aa  133  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  29.3 
 
 		 487 aa  133  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.68 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.09 
 
 		 489 aa  130  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  30.23 
 
 		 484 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.52 
 
 		 494 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  28.87 
 
 		 489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  35.17 
 
 		 492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.87 
 
 		 489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.87 
 
 		 489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.17 
 
 		 492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.87 
 
 		 489 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>