162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1279 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1279  thiamine biosynthesis protein ThiI  100 
 
 
407 aa  833    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0186014  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1771  thiamine biosynthesis protein ThiI  74.2 
 
 
407 aa  649    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1806  thiamine biosynthesis protein ThiI  74.2 
 
 
407 aa  649    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0721  thiamine biosynthesis protein ThiI  51.39 
 
 
402 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2718  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.14 
 
 
401 aa  388  1e-107  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4478  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.88 
 
 
403 aa  375  1e-103  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0479  thiamine biosynthesis protein ThiI  49.63 
 
 
404 aa  374  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000040209 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4756  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.4 
 
 
404 aa  368  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4784  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.65 
 
 
404 aa  368  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4545  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.65 
 
 
404 aa  369  1e-101  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4391  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.89 
 
 
404 aa  370  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4899  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.65 
 
 
403 aa  368  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1223  thiamine biosynthesis protein ThiI  47.84 
 
 
405 aa  370  1e-101  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000164675  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1063  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  48.46 
 
 
392 aa  370  1e-101  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3319  thiamine biosynthesis protein ThiI  50.62 
 
 
403 aa  370  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4765  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.65 
 
 
404 aa  369  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4381  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.4 
 
 
404 aa  368  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4782  thiamine biosynthesis protein ThiI  48.4 
 
 
404 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  46.97 
 
 
380 aa  360  3e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0198  thiamine biosynthesis protein ThiI  45.6 
 
 
390 aa  349  4e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1372  thiamine biosynthesis protein ThiI  46.79 
 
 
404 aa  348  7e-95  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000114319  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1546  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  45.99 
 
 
392 aa  348  1e-94  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0451  thiamine biosynthesis protein ThiI  45.48 
 
 
407 aa  346  4e-94  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1683  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  44.04 
 
 
392 aa  345  7e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0503  thiamine biosynthesis protein ThiI  45.24 
 
 
406 aa  330  3e-89  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000116963  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1262  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  42.71 
 
 
400 aa  325  8.000000000000001e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2351  thiamine biosynthesis protein ThiI  41.98 
 
 
413 aa  322  9.000000000000001e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2301  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  42.71 
 
 
391 aa  320  3e-86  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.297058  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22060  thiamine biosynthesis protein ThiI  42.89 
 
 
396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.733648  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0990  thiamine biosynthesis protein ThiI  42.66 
 
 
398 aa  293  4e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0024577  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl584  thiamin biosynthesis protein  40.48 
 
 
400 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.662181  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1140  thiamine biosynthesis protein ThiI  42.94 
 
 
385 aa  286  4e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000091055  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0239  thiamine biosynthesis protein ThiI  39.58 
 
 
395 aa  280  3e-74  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0302483  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0731  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  40.26 
 
 
388 aa  279  6e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000207137  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1666  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.56 
 
 
385 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.357019  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0763  thiamine biosynthesis protein ThiI  40.05 
 
 
389 aa  273  5.000000000000001e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00421556  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1402  thiamine biosynthesis protein ThiI  37.31 
 
 
385 aa  271  1e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0130  thiamine biosynthesis protein ThiI  39.43 
 
 
389 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00491755  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1272  thiamine biosynthesis protein ThiI  42.16 
 
 
392 aa  263  4.999999999999999e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000028573  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1330  thiamine biosynthesis protein ThiI  42.16 
 
 
392 aa  263  4.999999999999999e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000522414  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0925  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  40.36 
 
 
387 aa  262  6.999999999999999e-69  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000171827  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0463  thiamine biosynthesis protein ThiI  39.78 
 
 
392 aa  261  2e-68  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2546  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  36.06 
 
 
401 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.661322  normal  0.66095 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1038  thiamine biosynthesis protein ThiI  33.16 
 
 
422 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.16797  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0819  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  38.44 
 
 
394 aa  252  9.000000000000001e-66  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf098  thiamine biosynthesis protein ThiI  35.75 
 
 
381 aa  248  1e-64  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000238711  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0806  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  35.95 
 
 
414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.305799  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2758  thiamine biosynthesis protein ThiI  34.66 
 
 
400 aa  242  7.999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0785401  normal  0.423621 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1327  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  33.77 
 
 
398 aa  238  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0906618  normal  0.041643 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3042  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.59 
 
 
414 aa  233  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0001724  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11930  thiazole biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  35.17 
 
 
420 aa  233  5e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000175625  normal  0.0434054 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07780  thiazole biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  33.17 
 
 
410 aa  232  8.000000000000001e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.452417  normal  0.680526 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2568  thiamine biosynthesis protein ThiI  38.77 
 
 
387 aa  231  1e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3122  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.3 
 
 
429 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1658  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.94 
 
 
405 aa  215  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.151293  hitchhiker  0.00140445 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26980  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.33 
 
 
393 aa  204  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.121036  normal  0.93751 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0796  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  34.66 
 
 
406 aa  194  3e-48  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2042  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  33.51 
 
 
370 aa  186  5e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.389674 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1110  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.97 
 
 
376 aa  186  9e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.142781  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0367  hypothetical protein  32.32 
 
 
404 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0010  thiazole biosynthesis protein  29.62 
 
 
436 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0479704  normal  0.171831 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1319  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.91 
 
 
383 aa  182  1e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1035  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.87 
 
 
422 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.533687  normal  0.416754 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0664  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.65 
 
 
385 aa  180  4e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0224  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.38 
 
 
383 aa  178  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0070  thiamine biosynthesis protein  29.44 
 
 
387 aa  176  5e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.090437 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0599  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.93 
 
 
383 aa  176  5e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.27457  normal  0.481972 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1308  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.28 
 
 
371 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0320  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.88 
 
 
484 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2184  thiamine biosynthesis protein  30.77 
 
 
369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.72421  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0972  thiamine biosynthesis protein ThiI  32.84 
 
 
472 aa  171  2e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.493614 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1613  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.17 
 
 
392 aa  169  8e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.166004  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1882  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.68 
 
 
474 aa  169  1e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.379133  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1671  thiamine biosynthesis protein  28.57 
 
 
392 aa  167  4e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0737  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.63 
 
 
483 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113033  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67580  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.19 
 
 
484 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5851  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.93 
 
 
484 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.105574  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0596  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  32.68 
 
 
500 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.461448  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1206  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  30.71 
 
 
361 aa  160  5e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00578978  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3460  Thiamine biosynthesis protein-like protein  28.42 
 
 
392 aa  159  6e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.883021  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0892  thiamine biosynthesis protein  29.71 
 
 
335 aa  159  9e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.122669  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0014  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  31.2 
 
 
416 aa  155  2e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.735237  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2806  thiamine biosynthesis protein  27.83 
 
 
502 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3649  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.13 
 
 
484 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0503  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.56 
 
 
483 aa  149  8e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000447545  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1042  thiamine biosynthesis protein ThiI  31.13 
 
 
473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000396769 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2766  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.97 
 
 
485 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2431  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.14 
 
 
484 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2726  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.5 
 
 
484 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00293542  normal  0.227571 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2896  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.5 
 
 
484 aa  146  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0805298  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45840  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.77 
 
 
484 aa  146  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2799  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.24 
 
 
484 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.92946  normal  0.155971 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1938  hypothetical protein  39.23 
 
 
212 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.186563  normal  0.681719 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1531  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.77 
 
 
484 aa  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1493  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.57 
 
 
478 aa  145  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0341854  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0346  thiamine biosynthesis protein ThiI  28.83 
 
 
484 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2998  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.23 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174595  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1312  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.89 
 
 
475 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00281014  normal  0.313151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1362  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.23 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.412717  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1348  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.23 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>