More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2013 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
300 aa  605  1e-172  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  98.33 
 
 
300 aa  597  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  91 
 
 
300 aa  559  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  78.74 
 
 
335 aa  480  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  77.74 
 
 
342 aa  478  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 
300 aa  278  8e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
300 aa  275  5e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 
332 aa  268  9e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 
306 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
326 aa  262  5e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 
359 aa  262  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
302 aa  259  5e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 
306 aa  258  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
302 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
302 aa  255  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 
303 aa  255  8e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 
319 aa  254  1e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 
302 aa  254  1e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 
302 aa  253  2e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 
302 aa  253  2e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
307 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 
302 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 
302 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  44.11 
 
 
307 aa  249  5e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 
312 aa  249  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 
315 aa  248  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 
317 aa  248  7e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 
312 aa  248  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
299 aa  248  9e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 
312 aa  246  5e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 
312 aa  245  8e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.48 
 
 
306 aa  244  1e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 
306 aa  244  1e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  44.08 
 
 
317 aa  241  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
305 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
306 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
306 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  5.97964e-07 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  46.15 
 
 
306 aa  239  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
305 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4047  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 
312 aa  235  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.900544  normal  0.0449817 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  46.13 
 
 
314 aa  233  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  43 
 
 
308 aa  233  4e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  43 
 
 
308 aa  233  4e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
305 aa  232  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  41.46 
 
 
297 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
305 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
325 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 
309 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 
309 aa  229  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 
302 aa  229  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  42.46 
 
 
309 aa  228  7e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  4.77709e-10 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
305 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.11 
 
 
309 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  41.96 
 
 
297 aa  228  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  42.11 
 
 
309 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
300 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 
316 aa  226  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
309 aa  226  5e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 
309 aa  226  5e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
309 aa  226  5e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  40.42 
 
 
295 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
306 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
320 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  41.81 
 
 
304 aa  222  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  41.81 
 
 
304 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  41.81 
 
 
304 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  41.81 
 
 
304 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  41.81 
 
 
304 aa  221  1e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
320 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
320 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
320 aa  219  5e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.21 
 
 
301 aa  219  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
300 aa  217  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
297 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
309 aa  216  3e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
295 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  39.37 
 
 
295 aa  215  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
297 aa  214  1e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
297 aa  213  2e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 
297 aa  211  9e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
298 aa  207  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3403  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3580  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0786567 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02925  hypothetical protein  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02974  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.23 
 
 
298 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 
298 aa  206  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
297 aa  206  5e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 
298 aa  206  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
297 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
297 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
298 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
298 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 
298 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  41.89 
 
 
298 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
298 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 
297 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>