26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3393 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3393  protein of unknown function DUF935  100 
 
 
543 aa  1100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.219922  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1299  hypothetical protein  61.5 
 
 
543 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2101  hypothetical protein  61.5 
 
 
543 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0242078  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4502  hypothetical protein  51.4 
 
 
544 aa  424  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3006  hypothetical protein  51.81 
 
 
517 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3047  hypothetical protein  48.51 
 
 
517 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.88762  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2680  hypothetical protein  38.08 
 
 
521 aa  275  1e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0763  hypothetical protein  36.38 
 
 
519 aa  267  5e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0674  hypothetical protein  36.38 
 
 
519 aa  267  5e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0671  protein of unknown function DUF935  33.68 
 
 
530 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1877  hypothetical protein  32.71 
 
 
582 aa  224  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1641  hypothetical protein  30.54 
 
 
523 aa  219  8e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0667  hypothetical protein  30.52 
 
 
533 aa  206  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2136  hypothetical protein  31.17 
 
 
538 aa  202  1e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2089  hypothetical protein  31.54 
 
 
528 aa  201  2e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00551419  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2248  hypothetical protein  29.42 
 
 
584 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1912  protein of unknown function DUF935  29.82 
 
 
511 aa  174  4e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.6802 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1968  hypothetical protein  29.84 
 
 
523 aa  172  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.418273 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0729  protein of unknown function DUF935  28.72 
 
 
552 aa  140  8e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3783  hypothetical protein  27.95 
 
 
537 aa  116  9e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.690842  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1284  protein of unknown function DUF935  24.25 
 
 
524 aa  84  7e-15  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.02991e-32 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2932  hypothetical protein  26 
 
 
496 aa  82  2e-14  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.163033  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0433  protein of unknown function DUF935  23.9 
 
 
510 aa  82  3e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3373  hypothetical protein  23.35 
 
 
523 aa  68.2  4e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1002  Mu-like prophage protein  22.74 
 
 
505 aa  55.5  3e-06  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291607 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0250  hypothetical protein  20.68 
 
 
456 aa  52.4  2e-05  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>