80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0945 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0945  protein of unknown function DUF107  100 
 
 
149 aa  284  3e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.665646  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0863  hypothetical protein  77.55 
 
 
149 aa  201  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.627651 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4844  hypothetical protein  68.71 
 
 
147 aa  197  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4540  hypothetical protein  72.55 
 
 
153 aa  194  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1360  hypothetical protein  72.3 
 
 
148 aa  192  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0930  hypothetical protein  68.03 
 
 
148 aa  161  2e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1881  hypothetical protein  50.68 
 
 
150 aa  134  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471447  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4268  hypothetical protein  47.95 
 
 
153 aa  130  8e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6549  protein of unknown function DUF107  50 
 
 
144 aa  129  1e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2736  hypothetical protein  45.33 
 
 
153 aa  129  2e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.355478  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3608  protein of unknown function DUF107  46.36 
 
 
151 aa  127  5e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3306  protein of unknown function DUF107  45.33 
 
 
153 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.471898  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0069  hypothetical protein  48.98 
 
 
155 aa  117  7e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.473003  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0074  hypothetical protein  48.98 
 
 
155 aa  115  1e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2705  hypothetical protein  48.3 
 
 
151 aa  114  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4304  hypothetical protein  47.02 
 
 
149 aa  112  1e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0418  protein of unknown function DUF107  42.86 
 
 
150 aa  110  1e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5110  hypothetical protein  48.99 
 
 
151 aa  109  2e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000397496  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3721  hypothetical protein  44.83 
 
 
152 aa  107  4e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3111  hypothetical protein  43.8 
 
 
147 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68830  hypothetical protein  42.95 
 
 
150 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2216  hypothetical protein  41.91 
 
 
148 aa  95.9  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00884783  normal  0.106638 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004151  putative activity regulator of membrane protease YbbK  33.79 
 
 
153 aa  92  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01316  hypothetical protein  35.17 
 
 
153 aa  90.5  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0156  hypothetical protein  41.91 
 
 
138 aa  87  7e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.867378  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0137  hypothetical protein  41.73 
 
 
143 aa  86.7  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5956  hypothetical protein  43.88 
 
 
156 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.755267  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01653  nodulation protein nfed, C-terminal only  42.03 
 
 
144 aa  81.3  4e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0572  regulator of membrane protease activity  34.56 
 
 
147 aa  81.3  4e-15  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3025  protein of unknown function DUF107  37.41 
 
 
151 aa  78.6  2e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1445  hypothetical protein  32.37 
 
 
148 aa  78.2  3e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0155103  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00444  hypothetical protein  33.07 
 
 
151 aa  77.8  4e-14  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00439  conserved inner membrane protein  33.07 
 
 
151 aa  77.8  4e-14  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0423  nodulation efficiency family protein  32.28 
 
 
152 aa  77.4  7e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3128  hypothetical protein  32.28 
 
 
152 aa  77  9e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  7.72435e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0527  nodulation efficiency family protein  32.28 
 
 
152 aa  77  9e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0567  nodulation efficiency family protein  32.28 
 
 
152 aa  77  9e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3122  protein of unknown function DUF107  32.28 
 
 
152 aa  77  9e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0537  nodulation efficiency family protein  32.28 
 
 
152 aa  76.6  1e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0592  nodulation efficiency family protein  32.28 
 
 
152 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.685146 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0964  hypothetical protein  35.43 
 
 
150 aa  75.1  3e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.634862  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1033  protein of unknown function DUF107  36.18 
 
 
149 aa  74.7  4e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1099  hypothetical protein  37.23 
 
 
151 aa  74.3  5e-13  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0496  hypothetical protein  39.46 
 
 
149 aa  73.9  8e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.41983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3217  protein of unknown function DUF107  35 
 
 
151 aa  73.6  9e-13  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0549  inner membrane protein YbbJ  33.86 
 
 
150 aa  71.6  4e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1152  hypothetical protein  30.5 
 
 
153 aa  69.7  1e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.243195  hitchhiker  3.02368e-07 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0281  membrane protein  31.25 
 
 
150 aa  68.6  3e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3074  protein of unknown function DUF107  35.16 
 
 
147 aa  68.2  4e-11  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.091218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0547  inner membrane protein YbbJ  33.86 
 
 
150 aa  63.9  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0564  inner membrane protein YbbJ  33.86 
 
 
150 aa  63.9  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0608  hypothetical protein  33.86 
 
 
150 aa  63.9  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0554  inner membrane protein YbbJ  33.86 
 
 
150 aa  63.9  8e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3163  hypothetical protein  32.17 
 
 
149 aa  62.4  2e-09  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3025  nodulation efficiency protein D  32.17 
 
 
149 aa  62.4  2e-09  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1267  hypothetical protein  32.17 
 
 
149 aa  62.4  2e-09  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.132196 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0062  hypothetical protein  29.29 
 
 
140 aa  58.9  2e-08  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0560345  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4625  hypothetical protein  30.71 
 
 
145 aa  58.9  2e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0062  hypothetical protein  28.57 
 
 
140 aa  57.8  4e-08  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.351134  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4889  hypothetical protein  30.61 
 
 
145 aa  57  9e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0908212  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4833  SURF1 domain-containing protein  32.14 
 
 
143 aa  57  9e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  0.511856 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4420  hypothetical protein  29.58 
 
 
151 aa  56.6  1e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4711  hypothetical protein  31.43 
 
 
145 aa  55.1  3e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0728  hypothetical protein  29.41 
 
 
152 aa  53.1  1e-06  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1505  hypothetical protein  24.66 
 
 
147 aa  53.1  1e-06  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121654  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2220  hypothetical protein  28.85 
 
 
153 aa  50.1  1e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0134246 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1630  protein of unknown function DUF107  27.07 
 
 
143 aa  48.5  3e-05  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.159398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3436  hypothetical protein  39.39 
 
 
152 aa  47.8  5e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0488184  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0648  membrane protein implicated in regulation of membrane protease activity, NfeD-like  34.69 
 
 
150 aa  46.2  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.24585  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2365  hypothetical protein  26.8 
 
 
157 aa  45.8  0.0002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1329  hypothetical protein  26.62 
 
 
136 aa  44.7  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.259806  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1621  hypothetical protein  38.24 
 
 
147 aa  44.3  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000165212  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1704  nucleolar GTP-binding 1  27.89 
 
 
154 aa  43.5  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1335  hypothetical protein  28.67 
 
 
154 aa  43.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1615  hypothetical protein  26.85 
 
 
151 aa  42.7  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0609  protein of unknown function DUF107  39.39 
 
 
154 aa  42  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0087  hypothetical protein  30.07 
 
 
150 aa  41.6  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2128  hypothetical protein  24.54 
 
 
165 aa  41.6  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.639111 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1923  hypothetical protein  24.09 
 
 
142 aa  40.4  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.126265  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3149  hypothetical protein  30.56 
 
 
121 aa  40  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.722841  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>