More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4008 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  89.86 
 
 		 444 aa  841    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  90.99 
 
 		 444 aa  845    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  83.94 
 
 		 446 aa  780    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  100 
 
 		 444 aa  913    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  67.05 
 
 		 437 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  60.74 
 
 		 434 aa  557  1e-157  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  60.33 
 
 		 435 aa  554  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2133  phenylacetate--CoA ligase  58.56 
 
 		 434 aa  548  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00349267  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1139  Phenylacetate--CoA ligase  60.56 
 
 		 435 aa  547  1e-154  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000376262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  58.89 
 
 		 433 aa  547  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0797  Phenylacetate--CoA ligase  59.4 
 
 		 433 aa  543  1e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  59.49 
 
 		 433 aa  541  1e-153  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  58.37 
 
 		 435 aa  541  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  57.11 
 
 		 434 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  57.44 
 
 		 433 aa  538  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  57.34 
 
 		 434 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  57.81 
 
 		 433 aa  536  1e-151  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  57.21 
 
 		 435 aa  532  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  57.54 
 
 		 435 aa  525  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  58.29 
 
 		 432 aa  521  1e-147  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  58 
 
 		 434 aa  522  1e-147  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  56.94 
 
 		 433 aa  522  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  56.74 
 
 		 434 aa  515  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  57.55 
 
 		 436 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  57.99 
 
 		 432 aa  498  1e-140  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3366  phenylacetate-CoA ligase  58.18 
 
 		 431 aa  500  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2884  phenylacetate--CoA ligase  55.87 
 
 		 434 aa  500  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00316572  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1318  phenylacetate-CoA ligase  57.24 
 
 		 440 aa  494  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  54.65 
 
 		 432 aa  497  1e-139  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  58.35 
 
 		 434 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3839  phenylacetate-CoA ligase  57.48 
 
 		 440 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0383671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4529  phenylacetate-CoA ligase  57.48 
 
 		 440 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0652745  normal  0.906833 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  54.65 
 
 		 432 aa  498  1e-139  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5775  phenylacetate-CoA ligase  57.24 
 
 		 440 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3490  phenylacetate-CoA ligase  57.51 
 
 		 434 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352435  hitchhiker  0.000125806 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0861  phenylacetate-CoA ligase  54.19 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354506  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  57.55 
 
 		 434 aa  490  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4422  phenylacetate-CoA ligase  56.54 
 
 		 440 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  56.28 
 
 		 441 aa  491  1e-137  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  54.21 
 
 		 443 aa  488  1e-137  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3082  phenylacetate-CoA ligase  58 
 
 		 436 aa  491  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.6719  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  54.69 
 
 		 442 aa  487  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  57.58 
 
 		 448 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4126  phenylacetate-CoA ligase  57.14 
 
 		 440 aa  486  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.351473  normal  0.162313 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0656  phenylacetate-CoA ligase  56.13 
 
 		 434 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0440  phenylacetate-CoA ligase  57.65 
 
 		 436 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3959  phenylacetate-CoA ligase  56.54 
 
 		 440 aa  486  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.349382  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  52.89 
 
 		 434 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2247  phenylacetate-CoA ligase  56.25 
 
 		 437 aa  481  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0997438  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1590  phenylacetate--CoA ligase  52.78 
 
 		 432 aa  484  1e-135  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0570  phenylacetate-CoA ligase  56.1 
 
 		 434 aa  483  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3626  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 432 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0611072  normal  0.539384 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0469  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.119457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2566  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0511  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.948349  normal  0.684224 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0815  phenylacetate--CoA ligase  52.95 
 
 		 439 aa  484  1e-135  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.180698  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0444  phenylacetate-CoA ligase  56.71 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  54.19 
 
 		 433 aa  483  1e-135  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  56.71 
 
 		 432 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0809  phenylacetate-CoA ligase  55.16 
 
 		 439 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.693616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2257  phenylacetate-CoA ligase  55.79 
 
 		 437 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.253945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1584  phenylacetate-CoA ligase  56.02 
 
 		 437 aa  481  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1236  phenylacetate-CoA ligase  56.07 
 
 		 436 aa  481  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5526  phenylacetate-CoA ligase  57.75 
 
 		 449 aa  480  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0759485  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2752  phenylacetate-CoA ligase  57.08 
 
 		 434 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0185722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  52.69 
 
 		 433 aa  478  1e-134  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1485  phenylacetate-CoA ligase  55.79 
 
 		 437 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0669  phenylacetate-CoA ligase  53.02 
 
 		 433 aa  481  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73594  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  53.49 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  53.52 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  52.46 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  53.52 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1392  phenylacetate-CoA ligase  55.71 
 
 		 441 aa  474  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.276204  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  55.16 
 
 		 444 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0615  phenylacetate-CoA ligase  52.8 
 
 		 433 aa  477  1e-133  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.893262  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  51.99 
 
 		 433 aa  475  1e-133  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3824  phenylacetate-CoA ligase  55.53 
 
 		 436 aa  475  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827131  normal  0.36821 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2403  phenylacetate-CoA ligase  57.75 
 
 		 436 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.670369 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3096  phenylacetate-CoA ligase  54.12 
 
 		 439 aa  478  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0154139  hitchhiker  0.00102169 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2870  phenylacetate-CoA ligase  55.53 
 
 		 442 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  52.44 
 
 		 432 aa  472  1e-132  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0986  phenylacetate-CoA ligase  56.21 
 
 		 435 aa  474  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3568  phenylacetate-CoA ligase  55.9 
 
 		 432 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172482  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3577  phenylacetate-CoA ligase  55.9 
 
 		 432 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.306139  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1908  phenylacetate-CoA ligase  55.74 
 
 		 446 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.26463  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1829  phenylacetate-CoA ligase  56.5 
 
 		 444 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.914606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3550  phenylacetate-CoA ligase  55.9 
 
 		 432 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.489447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2967  phenylacetate-CoA ligase  55.14 
 
 		 439 aa  474  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  52.3 
 
 		 435 aa  471  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0660  phenylacetate-CoA ligase  52.55 
 
 		 431 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0539  phenylacetate-coenzyme A ligase  55.66 
 
 		 432 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0321632  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0638  phenylacetate-CoA ligase  55.66 
 
 		 432 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.100652  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  53.02 
 
 		 436 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2904  phenylacetate-CoA ligase  55.9 
 
 		 432 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  55.76 
 
 		 438 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0227  phenylacetate-CoA ligase  53.88 
 
 		 433 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1218  phenylacetate-CoA ligase  53.05 
 
 		 436 aa  468  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  54.42 
 
 		 431 aa  471  1.0000000000000001e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0935  phenylacetate-coenzyme A ligase  55.66 
 
 		 432 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>