76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2340 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2340  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
272 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0669803  normal  0.380486 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3124  Beta-lactamase  90.07 
 
 
271 aa  464  1e-130  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3398  Beta-lactamase  79.04 
 
 
272 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.130069 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5028  Beta-lactamase (OXA-5), class D  71.69 
 
 
272 aa  401  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3440  penicillin-binding protein, transpeptidase  43.08 
 
 
265 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3328  Beta-lactamase  42.69 
 
 
265 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.306621  normal  0.885767 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0694  Beta-lactamase  42.69 
 
 
265 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.96311e-06  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3157  Beta-lactamase  42.86 
 
 
270 aa  204  8e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280746  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0837  beta-lactamase, putative  40.15 
 
 
265 aa  197  2e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0813  Beta-lactamase  41.15 
 
 
295 aa  196  4e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00568131  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0838  Beta-lactamase  44.2 
 
 
295 aa  196  5e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.82216e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3522  Beta-lactamase  42.79 
 
 
295 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4075  Beta-lactamase  41.29 
 
 
271 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3962  Beta-lactamase  41.29 
 
 
271 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0845  Beta-lactamase  43.75 
 
 
295 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.965986  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3016  Beta-lactamase  43.33 
 
 
264 aa  192  5e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.535281 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3220  Beta-lactamase  43.61 
 
 
268 aa  189  3e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0828246  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0412  penicillin-binding protein, transpeptidase  37.36 
 
 
283 aa  189  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0605163 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0120  Beta-lactamase  41.37 
 
 
262 aa  185  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2040  Beta-lactamase  41.46 
 
 
300 aa  182  4e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00121228  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0951  Beta-lactamase  38.68 
 
 
268 aa  180  3e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8961  Beta-lactamase  40.16 
 
 
302 aa  178  8e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3505  Beta-lactamase  37.11 
 
 
262 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2477  Beta-lactamase  40.83 
 
 
260 aa  175  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1887  beta-lactamase class D  39.75 
 
 
272 aa  165  7e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.131226  normal  0.0179427 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1050  Beta-lactamase  39.48 
 
 
262 aa  159  7e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250127 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2220  beta-lactamase  40.26 
 
 
282 aa  155  8e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526982  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6316  beta-lactamase PSE-2  41.12 
 
 
262 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72760  putative beta-lactamase  42.18 
 
 
262 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.40823  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0907  Beta-lactamase  34.01 
 
 
267 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.175545  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2637  Beta-lactamase  36.08 
 
 
279 aa  147  1e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.578583  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0424  Beta-lactamase  35.09 
 
 
271 aa  145  7e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1596  Beta-lactamase  41.36 
 
 
263 aa  144  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.569759  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3353  Beta-lactamase  34.71 
 
 
277 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0427  Beta-lactamase  36.15 
 
 
306 aa  142  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284518  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0301  Beta-lactamase  33.33 
 
 
264 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  2.9774e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2332  Beta-lactamase  38.39 
 
 
266 aa  135  7e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428372  normal  0.506587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1109  Beta-lactamase  40.1 
 
 
261 aa  135  7e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00564969  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1276  Beta-lactamase  35.24 
 
 
272 aa  135  7e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.261729  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0344  beta-lactamase  33.62 
 
 
253 aa  132  7e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148651  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0483  putative beta-lactamase  29.15 
 
 
303 aa  131  1e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1435  Beta-lactamase  37.39 
 
 
262 aa  131  1e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.716267 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1383  conserved hypothetical protein, possible beta-lactamase  32.48 
 
 
248 aa  128  1e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  32.86 
 
 
596 aa  121  1e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02005  oxacillin hydrolase  34.43 
 
 
272 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0184  Beta-lactamase  31.12 
 
 
288 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0373  beta-lactamase precursor  31.94 
 
 
269 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3817  Beta-lactamase  31.75 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485737 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3930  Beta-lactamase  31.75 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.204659 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0389  Beta-lactamase  32.66 
 
 
281 aa  95.9  6e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384736 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0077  hypothetical protein  27.31 
 
 
266 aa  95.9  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  hitchhiker  0.00231876  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  22.83 
 
 
585 aa  94.7  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  22.83 
 
 
585 aa  94.7  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  22.83 
 
 
585 aa  94.7  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2719  class D beta-lactamase  30.48 
 
 
269 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886076  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2872  class D beta-lactamase  30.48 
 
 
269 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0211  Beta-lactamase  34.81 
 
 
274 aa  92  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1106  class D beta-lactamase  30.48 
 
 
473 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56971  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1588  hypothetical protein  26.73 
 
 
266 aa  91.3  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1405  hypothetical protein  26.13 
 
 
266 aa  90.9  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1441  Beta-lactamase  31.37 
 
 
279 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.653891 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4544  Beta-lactamase  30.53 
 
 
266 aa  87  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  23.38 
 
 
585 aa  84.7  1e-15  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  23.38 
 
 
405 aa  84  2e-15  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  22.94 
 
 
585 aa  84.7  2e-15  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1053  beta-lactamase class D  29.32 
 
 
295 aa  83.2  4e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  23.38 
 
 
585 aa  83.2  5e-15  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2849  Beta-lactamase  29.35 
 
 
269 aa  81.6  1e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4788  Beta-lactamase  30.21 
 
 
270 aa  79  8e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4137  Beta-lactamase  30.21 
 
 
270 aa  79  8e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3379  Beta-lactamase  30.21 
 
 
320 aa  79  9e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09030  stage V sporulation protein D  31.46 
 
 
695 aa  48.5  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1304  penicillin-binding protein 2  29.59 
 
 
701 aa  46.2  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000662569  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0772  stage V sporulation protein D  26.73 
 
 
719 aa  45.4  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.655623  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1846  stage V sporulation protein D  27.88 
 
 
727 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2134  stage V sporulation protein D  27.88 
 
 
727 aa  44.3  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>