More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0625 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0046  hypothetical protein  74.26 
 
 		 507 aa  758    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.810658  normal  0.280558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0625  hypothetical protein  100 
 
 		 505 aa  1002    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00759808  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0081  protein of unknown function UPF0079  82.02 
 
 		 506 aa  823    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.428182  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0383  hypothetical protein  76.04 
 
 		 506 aa  764    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0206  hypothetical protein  88.12 
 
 		 505 aa  885    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0259343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0054  hypothetical protein  75.64 
 
 		 507 aa  754    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.885213  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0086  hypothetical protein  68.71 
 
 		 509 aa  661    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.522913  normal  0.567075 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3297  hypothetical protein  52.27 
 
 		 523 aa  502  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.480432 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0666  protein of unknown function UPF0079  49.8 
 
 		 523 aa  462  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.469867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4941  protein of unknown function UPF0079  50.7 
 
 		 540 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.267606 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1606  protein of unknown function UPF0079  52.3 
 
 		 529 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0383764  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4542  hypothetical protein  51.79 
 
 		 529 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4431  hypothetical protein  50.5 
 
 		 549 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.319947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0493  aminoglycoside phosphotransferase  50.8 
 
 		 514 aa  442  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248724 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0587  hypothetical protein  48.68 
 
 		 562 aa  437  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.977621 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4895  protein of unknown function UPF0079  50.7 
 
 		 542 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582734  normal  0.663902 
 
 
-
 
NC_004310  BR2100  hypothetical protein  49.08 
 
 		 513 aa  426  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2017  hypothetical protein  48.88 
 
 		 513 aa  423  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3962  protein of unknown function UPF0079  44.49 
 
 		 503 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0820  hypothetical protein  46.59 
 
 		 509 aa  404  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3245  hypothetical protein  45.25 
 
 		 504 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.479121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4289  protein of unknown function UPF0079  43.31 
 
 		 505 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0623599  normal  0.680884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3578  hypothetical protein  48.38 
 
 		 498 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.303943  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1355  P-loop hydrolase/phosphotransferase  41.5 
 
 		 497 aa  384  1e-105  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0051  hypothetical protein  44.58 
 
 		 502 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0135  aminoglycoside phosphotransferase  41.05 
 
 		 362 aa  242  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2797  hypothetical protein  38.11 
 
 		 472 aa  234  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2677  aminoglycoside phosphotransferase  41.28 
 
 		 328 aa  199  9e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3437  aminoglycoside phosphotransferase  39.59 
 
 		 360 aa  197  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.17769  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0566  aminoglycoside phosphotransferase  40.48 
 
 		 358 aa  192  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0160  aminoglycoside phosphotransferase  37.97 
 
 		 323 aa  190  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.549928 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2843  aminoglycoside phosphotransferase  36.6 
 
 		 332 aa  188  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4850  aminoglycoside phosphotransferase  37.12 
 
 		 363 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.191997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0083  aminoglycoside phosphotransferase  35.64 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.972168 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2954  aminoglycoside phosphotransferase  38.94 
 
 		 342 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.290607  normal  0.0281748 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0175  aminoglycoside phosphotransferase  39.24 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00583599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2299  aminoglycoside phosphotransferase  36.1 
 
 		 328 aa  172  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.45511  normal  0.057046 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2000  aminoglycoside phosphotransferase  35.94 
 
 		 327 aa  170  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00692225  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0962  aminoglycoside phosphotransferase  37.43 
 
 		 340 aa  169  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.135258  hitchhiker  0.0017288 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1523  hypothetical protein  38.55 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.165776  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2336  hypothetical protein  35.05 
 
 		 330 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.53813 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0126  aminoglycoside phosphotransferase  33.62 
 
 		 344 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0883  aminoglycoside phosphotransferase  31.28 
 
 		 345 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000858674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0740  hypothetical protein  33.75 
 
 		 338 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.565611  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3435  aminoglycoside phosphotransferase  34.35 
 
 		 332 aa  141  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1019  aminoglycoside phosphotransferase  36.13 
 
 		 341 aa  139  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4797  aminoglycoside phosphotransferase  34.89 
 
 		 339 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.318668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4813  aminoglycoside phosphotransferase  33.64 
 
 		 333 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0654401 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07780  hypothetical protein  33.85 
 
 		 338 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0103434 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1453  aminoglycoside phosphotransferase  33.75 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.355309  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0436  aminoglycoside phosphotransferase  34.91 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.196256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46790  phosphotransferase  35.46 
 
 		 340 aa  137  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5131  aminoglycoside phosphotransferase  32.21 
 
 		 339 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552611  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0514  hypothetical protein  34.1 
 
 		 352 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0621374 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0405  aminoglycoside phosphotransferase  34.69 
 
 		 339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2100  aminoglycoside phosphotransferase  33.96 
 
 		 349 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2739  aminoglycoside phosphotransferase  33.96 
 
 		 349 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.868376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2712  aminoglycoside phosphotransferase  33.96 
 
 		 349 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0600  hypothetical protein  32.84 
 
 		 341 aa  134  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0374  hypothetical protein  29.01 
 
 		 325 aa  133  6.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4009  aminoglycoside phosphotransferase  34.28 
 
 		 341 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0439  aminoglycoside phosphotransferase  34.59 
 
 		 339 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0296  aminoglycoside phosphotransferase  33.75 
 
 		 338 aa  133  7.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000010357  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2432  aminoglycoside phosphotransferase  34.04 
 
 		 323 aa  133  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0107  phosphotransferase enzyme family protein  30.84 
 
 		 329 aa  133  9e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0251717  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2075  7.5 kDa chlorosome protein  30.42 
 
 		 365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.978302  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1018  aminoglycoside phosphotransferase  27.54 
 
 		 334 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0968  aminoglycoside phosphotransferase  30.84 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0389824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2764  aminoglycoside phosphotransferase  33.33 
 
 		 349 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0496  aminoglycoside phosphotransferase  35.91 
 
 		 344 aa  130  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0550103  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6039  aminoglycoside phosphotransferase  32.7 
 
 		 349 aa  130  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0405  aminoglycoside phosphotransferase  33.43 
 
 		 357 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3660  aminoglycoside phosphotransferase  33.01 
 
 		 341 aa  130  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1697  aminoglycoside phosphotransferase  29.87 
 
 		 379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.579927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4623  aminoglycoside phosphotransferase  32.61 
 
 		 340 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111315  normal  0.973044 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0741  hypothetical protein  30.22 
 
 		 356 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1518  hypothetical protein  30.99 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.422445 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0587  aminoglycoside phosphotransferase  33.33 
 
 		 348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2630  aminoglycoside phosphotransferase  32.7 
 
 		 349 aa  127  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.280943  normal  0.909879 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0435  aminoglycoside phosphotransferase  33.2 
 
 		 348 aa  126  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.625762  normal  0.267382 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0555  hypothetical protein  32.08 
 
 		 341 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0349  hypothetical protein  28.45 
 
 		 325 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0390  aminoglycoside phosphotransferase  32.87 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2072  aminoglycoside phosphotransferase  28.39 
 
 		 312 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3471  aminoglycoside phosphotransferase  33.54 
 
 		 387 aa  124  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.161527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3511  aminoglycoside phosphotransferase  33.64 
 
 		 346 aa  123  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4025  hypothetical protein  32.51 
 
 		 363 aa  123  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4849  hypothetical protein  51.39 
 
 		 150 aa  122  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0201  hypothetical protein  32.36 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4113  aminoglycoside phosphotransferase  33.23 
 
 		 387 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2148  aminoglycoside phosphotransferase  32.03 
 
 		 331 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1653  aminoglycoside phosphotransferase  28.15 
 
 		 340 aa  121  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0981  aminoglycoside phosphotransferase  29.39 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.125929  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2884  aminoglycoside phosphotransferase  26.91 
 
 		 379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1083  aminoglycoside phosphotransferase  28.79 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0965455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4077  aminoglycoside phosphotransferase  34.04 
 
 		 360 aa  120  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.349729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2738  phosphotransferase family protein  34.91 
 
 		 344 aa  120  7e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.918677  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2340  phosphotransferase family protein  34.91 
 
 		 344 aa  120  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.322839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0207  hypothetical protein  34.91 
 
 		 344 aa  120  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.585984  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2420  phosphotransferase family protein  34.91 
 
 		 344 aa  120  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>