More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0060 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0060  RNA methyltransferase  100 
 
 
256 aa  527  1e-149  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.024169  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0065  RNA methyltransferase TrmH, group 3  97.66 
 
 
256 aa  517  1e-146  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000946676  normal  0.572135 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0147  RNA methyltransferase  70.16 
 
 
261 aa  375  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0995  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  48.61 
 
 
246 aa  234  1e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03462  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  48.8 
 
 
246 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0906  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  49.61 
 
 
248 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0512  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  47.6 
 
 
246 aa  214  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.801962  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3934  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  47.2 
 
 
246 aa  213  2e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0698  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  47.2 
 
 
246 aa  213  2e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000126768  hitchhiker  0.000148247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4934  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  47.62 
 
 
250 aa  213  2e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0580  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.62 
 
 
251 aa  213  3e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.912866  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3263  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.8 
 
 
246 aa  212  6e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.57773e-05  hitchhiker  1.20778e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0684  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.4 
 
 
246 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.07401e-06  hitchhiker  0.000276778 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0729  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46 
 
 
246 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00179168  hitchhiker  8.25848e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3288  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.4 
 
 
246 aa  209  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679975  hitchhiker  0.00104761 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0738  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46 
 
 
246 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  7.50261e-05  hitchhiker  0.000830683 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0750  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46 
 
 
246 aa  209  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.050001  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3066  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.31 
 
 
240 aa  209  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0466903  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0708  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46 
 
 
246 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.106779  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3646  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46 
 
 
246 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0005449  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1061  23S rRNA Gm2251 methyltransferase  45.42 
 
 
270 aa  208  6e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3589  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.2 
 
 
246 aa  208  9e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124331  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0953  RNA methyltransferase  45.02 
 
 
270 aa  207  2e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3418  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.82 
 
 
246 aa  207  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125093  normal  0.287966 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2767  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.15 
 
 
247 aa  207  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.665903  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0533  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.42 
 
 
255 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07630  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.43 
 
 
247 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0753  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.2 
 
 
246 aa  206  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205206  hitchhiker  0.000134961 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4216  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44 
 
 
245 aa  204  8e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000341805 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3601  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.31 
 
 
243 aa  204  9e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4616  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.18 
 
 
251 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1165  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.67 
 
 
250 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0693312  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65190  TrmH family RNA methyltransferase , group 3  46.83 
 
 
248 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2071  RNA methyltransferase TrmH, group 3  47.24 
 
 
256 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3444  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.96 
 
 
243 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.882432  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0152  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.94 
 
 
245 aa  203  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4669  RNA methyltransferase  45.82 
 
 
248 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0289755 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2091  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.06 
 
 
247 aa  202  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.254713  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0768  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.93 
 
 
244 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.311518  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1073  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  46.27 
 
 
250 aa  202  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5513  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3377  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.42 
 
 
251 aa  202  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04047  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4651  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.326823 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4424  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  8.69352e-06 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04009  hypothetical protein  44.08 
 
 
243 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1229  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  46.09 
 
 
249 aa  201  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00902362  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0363  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
244 aa  201  8e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4766  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.49 
 
 
243 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0789  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.9 
 
 
244 aa  201  1e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5663  putative rRNA methylase  47.43 
 
 
248 aa  201  1e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2176  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  46.31 
 
 
247 aa  201  1e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.13076e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0690  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.97 
 
 
246 aa  200  2e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2387  RNA methyltransferase  47.15 
 
 
245 aa  199  2e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3790  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.97 
 
 
246 aa  200  2e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4647  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  200  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3644  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.97 
 
 
246 aa  200  2e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4787  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.535347 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0644  RNA methyltransferase  44.62 
 
 
250 aa  199  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000634261 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  44.08 
 
 
243 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0683  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.34 
 
 
255 aa  199  4e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.427045 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3354  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.2 
 
 
246 aa  198  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0824924  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4935  RNA methyltransferase  45.02 
 
 
248 aa  198  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.34443e-05 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0439  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.71 
 
 
243 aa  198  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  5.46108e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4759  RNA methyltransferase  44.62 
 
 
248 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0810768 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.27 
 
 
243 aa  197  2e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1270  RNA methyltransferase  45.34 
 
 
251 aa  197  2e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.907902  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4879  RNA methyltransferase  44.62 
 
 
248 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1817  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  43.6 
 
 
247 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.392601  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1055  tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib  42.47 
 
 
248 aa  196  4e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.932424 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1937  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.27 
 
 
251 aa  196  4e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.177305  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1890  RNA methyltransferase  43.75 
 
 
253 aa  195  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.575059 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002269  23S rRNA (guanosine-2'-O-) -methyltransferase RlmB  44.35 
 
 
248 aa  195  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2518  RNA methyltransferase  43.82 
 
 
247 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00110794  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0107  hypothetical protein  45.93 
 
 
249 aa  195  7e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0092  hypothetical protein  46.34 
 
 
249 aa  195  7e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1020  RNA methyltransferase  43.43 
 
 
247 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0199854  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1817  RNA methyltransferase  43.43 
 
 
247 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1746  RNA methyltransferase  43.43 
 
 
247 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0146  RNA methyltransferase  43.43 
 
 
247 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277376  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1971  RNA methyltransferase  43.43 
 
 
260 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1799  RNA methyltransferase  43.43 
 
 
247 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.335408  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1262  RNA methyltransferase  43.43 
 
 
247 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3029  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.48 
 
 
264 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.068461  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1696  RNA methyltransferase  44.27 
 
 
247 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1685  RNA methyltransferase  43.82 
 
 
247 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2268  RNA methyltransferase  44.36 
 
 
248 aa  191  7e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.144304  normal  0.908224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2232  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.54 
 
 
256 aa  191  7e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00084  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  43.55 
 
 
247 aa  191  8e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.36 
 
 
248 aa  191  9e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1408  RNA methyltransferase  43.63 
 
 
255 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0243869  normal  0.695011 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0887  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.31 
 
 
261 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.986853  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1469  RNA methyltransferase  43.03 
 
 
247 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1448  RNA methyltransferase  43.03 
 
 
247 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1547  RNA methyltransferase  43.03 
 
 
247 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.844862  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1067  RNA methyltransferase TrmH, group 3  43.03 
 
 
247 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>