More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3810 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3810  transcription elongation factor GreA  100 
 
 
157 aa  310  7e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138968  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 
160 aa  221  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  68.15 
 
 
157 aa  214  4e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1590  transcription elongation factor GreA  70.06 
 
 
158 aa  212  1e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0304  transcription elongation factor GreA  67.52 
 
 
157 aa  204  4e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  64.1 
 
 
158 aa  198  3e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01495  putative transcription elongation factor  61.78 
 
 
158 aa  195  2e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  59.48 
 
 
159 aa  183  7e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  57.89 
 
 
156 aa  176  1e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0733  hypothetical protein  57.69 
 
 
157 aa  175  2e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1240  transcription elongation factor GreA  56.41 
 
 
157 aa  161  4e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  146  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  146  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  146  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  50.34 
 
 
158 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  47.95 
 
 
158 aa  146  9e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  49.36 
 
 
159 aa  144  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  49.36 
 
 
159 aa  144  5e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  48.67 
 
 
158 aa  144  7e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  48.67 
 
 
158 aa  143  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  48 
 
 
158 aa  142  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  48 
 
 
158 aa  142  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  48.32 
 
 
158 aa  142  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  48 
 
 
158 aa  142  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  47.65 
 
 
158 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  48.99 
 
 
152 aa  142  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  48.63 
 
 
172 aa  141  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  47.33 
 
 
158 aa  140  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4435  transcription elongation factor GreA  48 
 
 
158 aa  140  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0906  transcription elongation factor GreA  47.13 
 
 
160 aa  140  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  48.08 
 
 
159 aa  140  5e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2677  GreA/GreB family elongation factor  46.31 
 
 
158 aa  140  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  48.99 
 
 
158 aa  140  9e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1146  transcription elongation factor GreA  47.33 
 
 
158 aa  140  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  49.66 
 
 
158 aa  137  4e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  49.66 
 
 
158 aa  137  4e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  48.67 
 
 
158 aa  137  4e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
157 aa  137  4e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  48.67 
 
 
158 aa  137  4e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  46.98 
 
 
158 aa  137  4e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2192  transcription elongation factor GreA  48.32 
 
 
173 aa  137  5e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0127913  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1725  transcription elongation factor GreA  46.98 
 
 
158 aa  137  5e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  48.32 
 
 
158 aa  137  5e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  46.31 
 
 
158 aa  137  6e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0495  transcription elongation factor GreA  47.44 
 
 
160 aa  137  6e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.588124  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2612  transcription elongation factor GreA  47.65 
 
 
158 aa  136  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.657313 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2174  transcription elongation factor GreA  46.98 
 
 
158 aa  136  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 
158 aa  136  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  46.15 
 
 
176 aa  136  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  48.32 
 
 
158 aa  135  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  43.95 
 
 
160 aa  135  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  2.90434e-11  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3619  transcription elongation factor GreA  47.65 
 
 
158 aa  135  3e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  48.99 
 
 
158 aa  134  3e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  1.49804e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1263  transcription elongation factor GreA  45.64 
 
 
168 aa  135  3e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260201 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  44.67 
 
 
176 aa  134  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2033  transcription elongation factor GreA  45.64 
 
 
158 aa  134  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.709774  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  44.67 
 
 
158 aa  134  6e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0850  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
158 aa  134  7e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.209846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2821  transcription elongation factor GreA  46.98 
 
 
158 aa  133  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  45.64 
 
 
158 aa  133  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  47.26 
 
 
158 aa  133  1e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43014e-05  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  47.26 
 
 
158 aa  132  1e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  44.74 
 
 
158 aa  133  1e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
158 aa  132  2e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.2178e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2007  GreA/GreB family elongation factor  44.67 
 
 
180 aa  132  2e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  46.31 
 
 
158 aa  132  2e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
158 aa  132  2e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
158 aa  132  2e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.72965e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
158 aa  132  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1522  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  131  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1776  transcription elongation factor GreA  44.3 
 
 
158 aa  130  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  45.64 
 
 
159 aa  131  5e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  46.98 
 
 
160 aa  130  6e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  46.98 
 
 
160 aa  130  6e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 
158 aa  130  8e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
166 aa  130  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0977  transcription elongation factor GreA  47.26 
 
 
158 aa  130  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  45.58 
 
 
159 aa  130  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
166 aa  130  1e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  47.33 
 
 
158 aa  130  1e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  4.26484e-12  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  45.51 
 
 
168 aa  129  1e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  47.33 
 
 
158 aa  129  1e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
166 aa  130  1e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  128  2e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.61642e-05  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  43.59 
 
 
159 aa  129  2e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  128  2e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.10708e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  46.31 
 
 
157 aa  129  2e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  128  2e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  44.52 
 
 
158 aa  129  2e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  46.05 
 
 
158 aa  129  2e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  128  2e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.74781e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  46.58 
 
 
158 aa  128  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  46.58 
 
 
158 aa  129  2e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1017  transcription elongation factor GreA  44.97 
 
 
158 aa  129  2e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  45.21 
 
 
158 aa  128  2e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  4.10908e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  46.58 
 
 
158 aa  128  2e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  45.21 
 
 
158 aa  128  2e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>