88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3038 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3038  flagellar biosynthesis protein, FliO  100 
 
 
166 aa  337  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02878  polar flagellar assembly protein FliO  47.41 
 
 
120 aa  105  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1511  flagellar protein FliO  40.82 
 
 
209 aa  88.2  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.259812  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002824  flagellar biosynthesis protein FliO  39.32 
 
 
137 aa  82.8  2e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03152  hypothetical protein  38.98 
 
 
137 aa  83.2  2e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1627  flagellar biosynthesis protein FliO  37.89 
 
 
124 aa  75.5  3e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1191  flagellar biosynthesis protein, FliO  37.62 
 
 
136 aa  72.8  2e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3057  flagellar biosynthesis protein, FliO  38.37 
 
 
125 aa  71.6  4e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190988  normal  0.139869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2288  flagellar protein FliO  35.05 
 
 
124 aa  70.1  1e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.667143  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1375  flagellar biosynthesis protein, FliO  37.93 
 
 
125 aa  70.5  1e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679292  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2299  polar flagellar assembly protein FliO  51.25 
 
 
129 aa  69.7  2e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1706  flagellar protein FliO  41.67 
 
 
129 aa  67  1e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1335  flagellar biosynthesis protein, FliO  31.71 
 
 
133 aa  67  1e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0709  flagellar biosynthetic protein FliO  38.1 
 
 
211 aa  63.5  1e-09  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.942573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1985  flagellar biosynthesis protein, FliO  29.31 
 
 
149 aa  63.9  1e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271247  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0485  flagellar biosynthesis protein, FliO  34.04 
 
 
153 aa  63.5  1e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.188569  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1446  flagellar biosynthesis protein FliO  37.33 
 
 
142 aa  62.4  3e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00843701  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2927  flagellar biosynthesis protein FliO  37.33 
 
 
140 aa  62.4  3e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2567  flagellar biosynthesis protein, FliO  37.84 
 
 
139 aa  62.4  3e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2917  flagellar biosynthesis protein FliO  37.33 
 
 
141 aa  62  3e-09  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21495  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3059  flagellar biosynthesis protein FliO  37.33 
 
 
142 aa  61.2  6e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.400554  normal  0.373943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2163  flagellar biosynthesis protein, FliO  27.1 
 
 
163 aa  60.8  8e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1351  flagellar biosynthesis protein, FliO  37.33 
 
 
135 aa  60.1  1e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00422095  normal  0.37669 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3219  flagellar protein FliO  34.72 
 
 
135 aa  59.3  2e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1291  flagellar biosynthesis protein, FliO  37.33 
 
 
135 aa  59.3  2e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1358  flagellar biosynthesis protein, FliO  34.72 
 
 
135 aa  59.3  2e-08  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3445  flagellar biosynthesis protein, FliO  32.93 
 
 
146 aa  59.3  2e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2173  flagellar biogenesis protein-like  33.94 
 
 
159 aa  57.8  6e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1971  flagellar protein FliO  29.63 
 
 
146 aa  57.8  6e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0391464  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3882  flagellar protein FliO  34.41 
 
 
151 aa  57.8  7e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.427745  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3435  flagellar biosynthesis protein FliO  38.27 
 
 
127 aa  57.4  9e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2909  flagellar biosynthesis protein FliO  29.59 
 
 
120 aa  56.6  1e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3918  flagellar biosynthesis protein FliO  35.37 
 
 
144 aa  57.4  1e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1370  flagellar biosynthesis protein FliO  36.71 
 
 
124 aa  57  1e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45780  flagellar protein FliO  34.78 
 
 
150 aa  56.2  2e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24140  Flagellar biosynthesis protein  39.73 
 
 
140 aa  55.5  3e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.452089  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5882  flagellar biosynthesis protein, FliO  30.51 
 
 
149 aa  55.1  4e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.51063  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3222  flagellar biosynthesis protein, FliO  27.74 
 
 
187 aa  53.5  1e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.252328 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2538  flagellar biosynthesis protein FliO  34.88 
 
 
124 aa  53.1  1e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600463  normal  0.973594 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0029  flagellar biosynthesis protein  27.97 
 
 
224 aa  52.4  3e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241943  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0739  flagellar biosynthesis protein, FliO  33.33 
 
 
152 aa  51.6  5e-06  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.548156  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1094  flagellar protein FliO  31.76 
 
 
112 aa  51.2  7e-06  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140384  normal  0.933798 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0031  flagellar biosynthesis protein FliO  31.58 
 
 
221 aa  50.8  8e-06  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3495  flagellar protein FliO  31.58 
 
 
221 aa  50.8  9e-06  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2687  flagellar protein FliO  32.26 
 
 
211 aa  50.4  9e-06  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2762  flagellar protein FliO  32.29 
 
 
164 aa  50.8  9e-06  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0242  flagellar protein FliO  31.58 
 
 
221 aa  50.8  9e-06  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.682736  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1865  flagellar protein FliO  31.58 
 
 
211 aa  50.8  9e-06  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.511864  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0031  flagellar biosynthesis protein FliO  32.29 
 
 
221 aa  50.4  1e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5300  flagellar biosynthesis protein, FliO  30.21 
 
 
186 aa  50.1  1e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.592303  normal  0.104724 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1330  flagellar biosynthesis protein FliO  35.38 
 
 
150 aa  50.4  1e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2194  flagellar biosynthesis protein FliO  36.47 
 
 
125 aa  50.1  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.805426 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1264  flagellar biosynthesis protein FliO  36.47 
 
 
125 aa  50.1  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1141  flagellar biosynthesis protein FliO  36.47 
 
 
125 aa  50.1  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0496709  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2141  flagellar biosynthesis protein FliO  36.47 
 
 
125 aa  50.1  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267968 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2136  flagellar biosynthesis protein FliO  36.47 
 
 
125 aa  50.1  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.206958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1510  flagellar biosynthesis protein, FliO  37.88 
 
 
144 aa  49.3  3e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534381  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4356  flagellar assembly protein FliO  37.88 
 
 
144 aa  49.3  3e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46476  normal  0.615031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3682  flagellar biosynthesis protein FliO  39.39 
 
 
151 aa  48.5  4e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0729728  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3779  flagellar biosynthesis protein FliO  31.11 
 
 
203 aa  48.5  5e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0041  flagellar biosynthesis protein FliO  30.11 
 
 
191 aa  48.1  6e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0032  flagellar biosynthesis protein, FliO  29.17 
 
 
193 aa  47.8  8e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0038  flagellar biosynthesis protein, FliO  29.17 
 
 
193 aa  47.8  8e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0057  flagellar biosynthesis protein FliO  29.17 
 
 
180 aa  47.8  8e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2940  flagellar biosynthesis protein FliO  26.71 
 
 
208 aa  47.4  9e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1964  flagellar biosynthesis protein, FliO  29.91 
 
 
163 aa  47  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2813  flagellar biosynthesis protein, FliO  32.5 
 
 
143 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.392806  normal  0.0850882 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0977  flagellar biosynthesis protein, FliO  32.14 
 
 
162 aa  47  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.40867  normal  0.0426342 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1871  flagellar biosynthesis protein FliO  45.45 
 
 
139 aa  46.6  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.577074  normal  0.501189 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0039  flagellar biosynthesis protein FliO  25.66 
 
 
186 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0156  flagellar protein fliO  30 
 
 
206 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.517264 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1167  flagellar biosynthetic protein FliO  31.52 
 
 
147 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481561  normal  0.0745006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0647  flagellar biosynthesis protein FliO  32.22 
 
 
111 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0030  flagellar biosynthesis protein, FliO  29.03 
 
 
188 aa  45.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06194  flagellar protein  45.61 
 
 
138 aa  45.4  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0916111  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00972  flagellar protein  45.61 
 
 
138 aa  45.4  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0238989  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2584  flagellar biosynthesis protein FliO  30.77 
 
 
140 aa  45.1  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1882  flagellar biosynthetic protein FliO  28.09 
 
 
140 aa  44.7  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1549  flagellar biosynthesis protein FliO  37.5 
 
 
139 aa  44.3  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0376  flagellar FLIO transmembrane protein  30.56 
 
 
130 aa  43.9  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1754  flagellar protein fliO  32.86 
 
 
136 aa  43.1  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1754  flagellar protein fliO  31.51 
 
 
136 aa  43.1  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2301  flagellar protein fliO  32.14 
 
 
178 aa  42.4  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2401  flagellar biosynthesis protein FliO  32.14 
 
 
178 aa  42  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3584  flagellar biosynthesis protein, FliO, putative  30.49 
 
 
168 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.621138  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2397  hypothetical protein  26.45 
 
 
140 aa  41.2  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1567  flagellar biosynthesis protein FliO  38.3 
 
 
138 aa  40.8  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.32485  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0500  hypothetical protein  26.61 
 
 
224 aa  40.4  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.66012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>