68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2288 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2288  flagellar protein FliO  100 
 
 
124 aa  239  9e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.667143  normal  0.915972 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1375  flagellar biosynthesis protein, FliO  62.89 
 
 
125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679292  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1191  flagellar biosynthesis protein, FliO  63.92 
 
 
136 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1335  flagellar biosynthesis protein, FliO  54.05 
 
 
133 aa  121  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3057  flagellar biosynthesis protein, FliO  59.79 
 
 
125 aa  114  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190988  normal  0.139869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1627  flagellar biosynthesis protein FliO  60.42 
 
 
124 aa  115  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2567  flagellar biosynthesis protein, FliO  65.98 
 
 
139 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3059  flagellar biosynthesis protein FliO  64.89 
 
 
142 aa  103  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.400554  normal  0.373943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1446  flagellar biosynthesis protein FliO  63.92 
 
 
142 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00843701  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2917  flagellar biosynthesis protein FliO  63.92 
 
 
141 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.21495  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2927  flagellar biosynthesis protein FliO  63.92 
 
 
140 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1370  flagellar biosynthesis protein FliO  53.23 
 
 
124 aa  101  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1351  flagellar biosynthesis protein, FliO  57.14 
 
 
135 aa  95.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00422095  normal  0.37669 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3219  flagellar protein FliO  53.98 
 
 
135 aa  95.1  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1358  flagellar biosynthesis protein, FliO  57.14 
 
 
135 aa  94.4  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1291  flagellar biosynthesis protein, FliO  57.14 
 
 
135 aa  94  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1511  flagellar protein FliO  46.05 
 
 
209 aa  75.5  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.259812  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3882  flagellar protein FliO  47.19 
 
 
151 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.427745  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45780  flagellar protein FliO  47.19 
 
 
150 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1971  flagellar protein FliO  39.29 
 
 
146 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0391464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3445  flagellar biosynthesis protein, FliO  39.29 
 
 
146 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3038  flagellar biosynthesis protein, FliO  35.05 
 
 
166 aa  70.1  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02878  polar flagellar assembly protein FliO  39.73 
 
 
120 aa  67.4  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2813  flagellar biosynthesis protein, FliO  42.48 
 
 
143 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.392806  normal  0.0850882 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2299  polar flagellar assembly protein FliO  31.9 
 
 
129 aa  65.5  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002824  flagellar biosynthesis protein FliO  34.41 
 
 
137 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3918  flagellar biosynthesis protein FliO  38.83 
 
 
144 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03152  hypothetical protein  31.3 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1167  flagellar biosynthetic protein FliO  34.85 
 
 
147 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481561  normal  0.0745006 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1985  flagellar biosynthesis protein, FliO  32.48 
 
 
149 aa  61.6  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271247  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0485  flagellar biosynthesis protein, FliO  37.3 
 
 
153 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.188569  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0709  flagellar biosynthetic protein FliO  32.69 
 
 
211 aa  54.3  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.942573  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1754  flagellar protein fliO  39 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1706  flagellar protein FliO  40.24 
 
 
129 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1264  flagellar biosynthesis protein FliO  36.63 
 
 
125 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1141  flagellar biosynthesis protein FliO  36.63 
 
 
125 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0496709  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2136  flagellar biosynthesis protein FliO  36.63 
 
 
125 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.206958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2194  flagellar biosynthesis protein FliO  36.63 
 
 
125 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.805426 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2141  flagellar biosynthesis protein FliO  36.63 
 
 
125 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3682  flagellar biosynthesis protein FliO  37.86 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0729728  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2163  flagellar biosynthesis protein, FliO  34.95 
 
 
163 aa  51.6  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4356  flagellar assembly protein FliO  38.83 
 
 
144 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46476  normal  0.615031 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1510  flagellar biosynthesis protein, FliO  38.83 
 
 
144 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534381  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0739  flagellar biosynthesis protein, FliO  35.23 
 
 
152 aa  51.2  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.548156  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1754  flagellar protein fliO  38 
 
 
136 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1882  flagellar biosynthetic protein FliO  29.09 
 
 
140 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1330  flagellar biosynthesis protein FliO  37.4 
 
 
150 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.443294  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2538  flagellar biosynthesis protein FliO  31.18 
 
 
124 aa  49.3  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600463  normal  0.973594 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2909  flagellar biosynthesis protein FliO  30.95 
 
 
120 aa  47.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5882  flagellar biosynthesis protein, FliO  38.57 
 
 
149 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.51063  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2584  flagellar biosynthesis protein FliO  32.91 
 
 
140 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1167  flagellar biogenesis protein FliO  32.98 
 
 
129 aa  46.2  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3291  hypothetical protein  24.41 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5300  flagellar biosynthesis protein, FliO  35 
 
 
186 aa  43.9  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.592303  normal  0.104724 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0977  flagellar biosynthesis protein, FliO  34.57 
 
 
162 aa  43.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.40867  normal  0.0426342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0156  flagellar protein fliO  26.51 
 
 
206 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.517264 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4756  flagellar biosynthesis protein FliO  33.33 
 
 
127 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.45659  normal  0.854749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24140  Flagellar biosynthesis protein  33.8 
 
 
140 aa  42.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.452089  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3679  flagellar biosynthesis protein FliO  33.33 
 
 
127 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1548  flagellar biosynthesis protein, FliO  35.94 
 
 
145 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0633784  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2301  flagellar protein fliO  34.92 
 
 
178 aa  41.6  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1964  flagellar biosynthesis protein, FliO  31.68 
 
 
163 aa  41.2  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2401  flagellar biosynthesis protein FliO  34.92 
 
 
178 aa  41.2  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0376  flagellar FLIO transmembrane protein  31.03 
 
 
130 aa  40.8  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2940  flagellar biosynthesis protein FliO  28.57 
 
 
208 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0699  flagellar biosynthesis protein FliO  31.58 
 
 
128 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.13505  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2158  hypothetical protein  30 
 
 
131 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0475421  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3779  flagellar biosynthesis protein FliO  25.3 
 
 
203 aa  40.8  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>