More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1688 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00216  acyl-CoA dehydrogenase  45.95 
 
 		 814 aa  635    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3386  Protein of unknown function DUF1974  46.09 
 
 		 814 aa  637    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1234  acyl-CoA dehydrogenase  68.56 
 
 		 745 aa  1063    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02616  acyl-CoA dehydrogenase  78.21 
 
 		 749 aa  1222    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3399  acyl-CoA dehydrogenase  46.09 
 
 		 814 aa  637    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2492  acyl-CoA dehydrogenase  49.38 
 
 		 759 aa  683    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2257  acyl-CoA dehydrogenase  48.9 
 
 		 759 aa  678    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00094782 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2051  acyl-CoA dehydrogenase  49.79 
 
 		 758 aa  694    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.217248  normal  0.456304 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002777  acyl-CoA dehydrogenase short-chain specific  47.36 
 
 		 814 aa  652    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.383126  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003765  acyl-CoA dehydrogenase short-chain specific  48.15 
 
 		 760 aa  686    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.392288  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2067  acyl-CoA dehydrogenase  49.39 
 
 		 758 aa  686    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0937287  decreased coverage  0.0000695411 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1340  acyl-CoA dehydrogenase  48.23 
 
 		 760 aa  701    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.920071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0253  acyl-CoA dehydrogenase  46.09 
 
 		 814 aa  638    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2542  acyl-CoA dehydrogenase  49.11 
 
 		 758 aa  678    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.204346 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1815  acyl-CoA dehydrogenase  51.1 
 
 		 759 aa  710    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0595406  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0233  acyl-CoA dehydrogenase  46.09 
 
 		 814 aa  637    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.373411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4530  acyl-CoA dehydrogenase  49.03 
 
 		 759 aa  683    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3309  acyl-CoA dehydrogenase  46.75 
 
 		 815 aa  659    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.831858  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2127  acyl-CoA dehydrogenase  49.03 
 
 		 759 aa  682    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00720758  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02638  acyl-CoA dehydrogenase  47.76 
 
 		 761 aa  685    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2244  acyl-CoA dehydrogenase  49.03 
 
 		 759 aa  683    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2115  acyl-CoA dehydrogenase  51.03 
 
 		 758 aa  706    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000818712  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1504  acyl-CoA dehydrogenase  67.34 
 
 		 745 aa  1038    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.135782  normal  0.786071 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1863  acyl-CoA dehydrogenase  48.76 
 
 		 759 aa  682    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00220  hypothetical protein  45.95 
 
 		 814 aa  635    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0249  acyl-CoA dehydrogenase  46.09 
 
 		 814 aa  638    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1688  acyl-CoA dehydrogenase  100 
 
 		 751 aa  1556    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.132368  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2049  acyl-CoA dehydrogenase  49.45 
 
 		 759 aa  690    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156017  normal  0.197509 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1926  acyl-CoA dehydrogenase  49.45 
 
 		 759 aa  691    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.442387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3003  acyl-CoA dehydrogenase  69.12 
 
 		 744 aa  1060    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00231993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03204  acyl-CoA dehydrogenase  47.23 
 
 		 814 aa  649    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1889  acyl-CoA dehydrogenase  50.62 
 
 		 758 aa  699    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314631  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1823  acyl-CoA dehydrogenase  47.19 
 
 		 814 aa  637    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3171  acyl-CoA dehydrogenase  46.75 
 
 		 815 aa  658    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2172  acyl-CoA dehydrogenase  49.03 
 
 		 759 aa  681    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.272343  normal  0.175191 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2338  acyl-CoA dehydrogenase  50.41 
 
 		 760 aa  698    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.797755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0949  acyl-CoA dehydrogenase  45.17 
 
 		 818 aa  643    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2154  acyl-CoA dehydrogenase  49.31 
 
 		 759 aa  689    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.136842  normal  0.840722 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0217  acyl-CoA dehydrogenase  46.09 
 
 		 814 aa  639    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0358  acyl-CoA dehydrogenase  46.16 
 
 		 814 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.7933 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0265  acyl-CoA dehydrogenase  45.82 
 
 		 814 aa  633  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.717357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2120  acyl-CoA dehydrogenase  45.58 
 
 		 979 aa  631  1e-179  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0758  acyl-CoA dehydrogenase  45.85 
 
 		 814 aa  629  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.344534 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2492  acyl-CoA dehydrogenase  44.43 
 
 		 821 aa  630  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000835865  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1835  acyl-CoA dehydrogenase  45.42 
 
 		 994 aa  628  1e-178  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4184  acyl-CoA dehydrogenase  46.06 
 
 		 815 aa  628  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3297  acyl-CoA dehydrogenase  43.94 
 
 		 815 aa  626  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1917  acyl-CoA dehydrogenase  49.6 
 
 		 815 aa  624  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00575597  normal  0.572589 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2395  acyl-CoA dehydrogenase  45.23 
 
 		 815 aa  623  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2124  acyl-CoA dehydrogenase  44.41 
 
 		 824 aa  622  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441583 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3444  acyl-CoA dehydrogenase  43.54 
 
 		 815 aa  625  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3857  acyl-CoA dehydrogenase family protein  45.75 
 
 		 815 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.870588  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2342  acyl-CoA dehydrogenase  45.45 
 
 		 815 aa  620  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607929  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27730  acyl-CoA dehydrogenase  45.14 
 
 		 815 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0291961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1628  acyl-CoA dehydrogenase  45.61 
 
 		 815 aa  616  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0890  acyl-CoA dehydrogenase  44.13 
 
 		 814 aa  616  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2306  acyl-CoA dehydrogenase  48.8 
 
 		 815 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000182172  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02152  acyl-CoA dehydrogenase  48.37 
 
 		 820 aa  613  9.999999999999999e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0314131  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0490  acyl-CoA dehydrogenase  44.55 
 
 		 949 aa  613  9.999999999999999e-175  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1791  acyl-CoA dehydrogenase  48.96 
 
 		 815 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000904865  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2319  acyl-CoA dehydrogenase  48.8 
 
 		 815 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000853883  hitchhiker  0.00160495 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2019  acyl-CoA dehydrogenase  48.8 
 
 		 815 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000019403  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2067  acyl-CoA dehydrogenase  48.8 
 
 		 815 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000576989  hitchhiker  0.00617019 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1869  acyl-CoA dehydrogenase  44.99 
 
 		 815 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.203796  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0923  acyl-CoA dehydrogenase  43.57 
 
 		 812 aa  611  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1503  acyl-CoA dehydrogenase  45.19 
 
 		 815 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.943527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1764  acyl-CoA dehydrogenase  44.89 
 
 		 815 aa  609  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000169157  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2393  acyl-CoA dehydrogenase  44.78 
 
 		 815 aa  609  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.756719  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2265  acyl-CoA dehydrogenase  43.79 
 
 		 809 aa  608  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.105955  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2604  acyl-CoA dehydrogenase  44.58 
 
 		 815 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.114401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1468  acyl-CoA dehydrogenase  45.14 
 
 		 815 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.890646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2146  acyl-CoA dehydrogenase  48.65 
 
 		 815 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000466188  normal  0.548318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2223  acyl-CoA dehydrogenase  48.65 
 
 		 815 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00555832  normal  0.222627 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2323  acyl-CoA dehydrogenase  48.81 
 
 		 815 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2536  acyl-CoA dehydrogenase  48.33 
 
 		 815 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1544  acyl-CoA dehydrogenase  42.53 
 
 		 784 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0853542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0094  acyl-CoA dehydrogenase  47.83 
 
 		 779 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2108  acyl-CoA dehydrogenase  44.49 
 
 		 815 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000635776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1893  acyl-CoA dehydrogenase  48.25 
 
 		 815 aa  602  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000141749 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1999  acyl-CoA dehydrogenase  44.03 
 
 		 815 aa  599  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0412808  decreased coverage  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1870  acyl-CoA dehydrogenase  50 
 
 		 815 aa  601  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.114891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2774  acyl-CoA dehydrogenase  42.9 
 
 		 832 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0195981  normal  0.587506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1676  acyl-CoA dehydrogenase  47.39 
 
 		 832 aa  597  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.761188  normal  0.240314 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3822  acyl-CoA dehydrogenase  44.23 
 
 		 815 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0537  acyl-CoA dehydrogenase  42.44 
 
 		 835 aa  587  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0153828  normal  0.335632 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2995  acyl-CoA dehydrogenase  47.61 
 
 		 755 aa  586  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0805  acyl-CoA dehydrogenase  42.91 
 
 		 829 aa  585  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0417  acyl-CoA dehydrogenase  42.3 
 
 		 836 aa  581  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332729  hitchhiker  0.000590412 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3810  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  47.78 
 
 		 833 aa  578  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.753342  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1691  acyl-CoA dehydrogenase  42.51 
 
 		 828 aa  577  1.0000000000000001e-163  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1690  acyl-CoA dehydrogenase  42.27 
 
 		 828 aa  575  1.0000000000000001e-163  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1735  acyl-CoA dehydrogenase  44.68 
 
 		 781 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.445191  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0432  acyl-CoA dehydrogenase  42.08 
 
 		 836 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1085  acyl-CoA dehydrogenase  48.34 
 
 		 756 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1490  acyl-CoA dehydrogenase  41.47 
 
 		 715 aa  572  1.0000000000000001e-162  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1700  acyl-CoA dehydrogenase  41.84 
 
 		 889 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.169091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3558  acyl-CoA dehydrogenase  43.8 
 
 		 778 aa  573  1.0000000000000001e-162  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1260  acyl-CoA dehydrogenase  42.73 
 
 		 858 aa  569  1e-161  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.276244  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0687  acyl-CoA dehydrogenase  41.34 
 
 		 715 aa  568  1e-160  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2128  acyl-CoA dehydrogenase  44.98 
 
 		 774 aa  563  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0257482  normal  0.562441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>