289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4826 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4826  hypothetical protein  100 
 
 
155 aa  313  7e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.715352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4366  rRNA large subunit methyltransferase  100 
 
 
155 aa  313  7e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.712545  normal  0.959916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4861  rRNA large subunit methyltransferase  94.19 
 
 
155 aa  300  6e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394825  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4808  rRNA large subunit methyltransferase  94.19 
 
 
155 aa  299  8e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.24458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4683  rRNA large subunit methyltransferase  94.19 
 
 
155 aa  299  8e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0613  rRNA large subunit methyltransferase  93.55 
 
 
155 aa  298  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4971  rRNA large subunit methyltransferase  92.9 
 
 
155 aa  296  9e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170653  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1105  rRNA large subunit methyltransferase  90.97 
 
 
155 aa  291  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12050  rRNA large subunit methyltransferase  90.32 
 
 
155 aa  288  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0613288  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3799  rRNA large subunit methyltransferase  89.68 
 
 
155 aa  287  4e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08380  rRNA large subunit methyltransferase  90.32 
 
 
155 aa  261  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0699075  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0986  rRNA large subunit methyltransferase  60.65 
 
 
156 aa  213  6e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1561  rRNA large subunit methyltransferase  60 
 
 
156 aa  210  5e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0474  rRNA large subunit methyltransferase  60 
 
 
156 aa  209  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0372612  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2849  hypothetical protein  57.42 
 
 
155 aa  208  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.158377  hitchhiker  8.61677e-08 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1136  rRNA large subunit methyltransferase  58.71 
 
 
156 aa  207  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00404994  normal  0.955793 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01218  rRNA large subunit methyltransferase  59.35 
 
 
156 aa  205  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1093  rRNA large subunit methyltransferase  58.06 
 
 
156 aa  205  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1544  hypothetical protein  61.29 
 
 
155 aa  202  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00441553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1202  hypothetical protein  56.77 
 
 
156 aa  200  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1716  rRNA large subunit methyltransferase  58.71 
 
 
156 aa  200  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.962175  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2963  rRNA large subunit methyltransferase  57.42 
 
 
156 aa  200  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0322  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  200  6e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.072258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1182  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
156 aa  199  1e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.159956  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3020  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
156 aa  199  1e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.84125e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1847  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
156 aa  199  1e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2948  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
156 aa  199  1e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0113814  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3149  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
156 aa  199  1e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.788661  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01658  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
156 aa  198  2e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000106355  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0725  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  7.08993e-07  normal  0.106325 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0615  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  1.21913e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00594  hypothetical protein  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000243444  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0656  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.08281e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0688  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.54252e-14  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00605  hypothetical protein  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2990  protein of unknown function DUF163  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.7133e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0662  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.37947e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3009  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  197  4e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.39477e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2414  hypothetical protein  57.42 
 
 
156 aa  197  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  1.42803e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3707  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
156 aa  196  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.16859e-08  decreased coverage  2.22893e-07 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2934  rRNA large subunit methyltransferase  54.84 
 
 
156 aa  195  2e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.78909e-07  decreased coverage  0.00747753 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0697  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
155 aa  194  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00566103  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0683  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
155 aa  194  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  3.02367e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0743  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
155 aa  194  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000786877  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0801  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
155 aa  194  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000227115  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0757  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
155 aa  194  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00922876  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1171  rRNA large subunit methyltransferase  56.77 
 
 
155 aa  194  5e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.195021  normal  0.132715 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0992  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
156 aa  193  6e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.54968e-07  normal  0.0933085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1057  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
156 aa  193  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  4.90967e-05  hitchhiker  0.00601071 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0996  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
156 aa  193  6e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.70066e-09  normal  0.150944 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1169  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
156 aa  193  9e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2587  rRNA large subunit methyltransferase  55.48 
 
 
156 aa  192  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.27435e-06  normal  0.158924 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2868  rRNA large subunit methyltransferase  56.13 
 
 
156 aa  192  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.63704e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3484  rRNA large subunit methyltransferase  55.48 
 
 
156 aa  192  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.36055e-08  unclonable  3.93257e-11 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0856  rRNA large subunit methyltransferase  54.19 
 
 
156 aa  191  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  3.1317e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3316  rRNA large subunit methyltransferase  54.84 
 
 
156 aa  191  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.08815e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3452  rRNA large subunit methyltransferase  54.84 
 
 
156 aa  191  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.35521e-05  hitchhiker  0.00271543 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3274  rRNA large subunit methyltransferase  54.84 
 
 
156 aa  191  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.53128e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1093  rRNA large subunit methyltransferase  54.84 
 
 
156 aa  191  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.56643e-10  hitchhiker  5.16486e-10 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0700  rRNA large subunit methyltransferase  54.19 
 
 
156 aa  191  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  6.37083e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3148  rRNA large subunit methyltransferase  53.55 
 
 
156 aa  189  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.32782e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004221  hypothetical protein  59.03 
 
 
145 aa  189  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000988168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3342  rRNA large subunit methyltransferase  52.26 
 
 
155 aa  183  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.27948e-07  normal  0.0166889 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0406  hypothetical protein  57.42 
 
 
155 aa  182  1e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.57756  normal  0.24642 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0377  rRNA large subunit methyltransferase  51.61 
 
 
155 aa  170  8e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2273  SPOUT methyltransferase superfamily protein  51.61 
 
 
156 aa  168  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.246773  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2126  protein of unknown function DUF163  48.39 
 
 
156 aa  152  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.933959  normal  0.0354668 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1331  rRNA large subunit methyltransferase  41.29 
 
 
156 aa  150  5e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1764  rRNA large subunit methyltransferase  46.25 
 
 
162 aa  150  7e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.190607 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1327  rRNA large subunit methyltransferase  41.29 
 
 
156 aa  150  8e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1884  rRNA large subunit methyltransferase  49.03 
 
 
157 aa  149  1e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.616736  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0486  hypothetical protein  45.83 
 
 
145 aa  149  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  1.78654e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2907  rRNA large subunit methyltransferase  46.45 
 
 
156 aa  147  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1807  rRNA large subunit methyltransferase  48.39 
 
 
157 aa  147  4e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01881  rRNA large subunit methyltransferase  46.45 
 
 
156 aa  147  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0790169  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2950  rRNA large subunit methyltransferase  47.74 
 
 
157 aa  145  2e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2563  rRNA large subunit methyltransferase  47.74 
 
 
157 aa  145  2e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2659  hypothetical protein  43.23 
 
 
157 aa  144  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0267321  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1512  rRNA large subunit methyltransferase  39.35 
 
 
155 aa  144  6e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  3.86318e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0433  rRNA large subunit methyltransferase  45 
 
 
166 aa  143  8e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  43.87 
 
 
156 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0780  rRNA large subunit methyltransferase  43.67 
 
 
159 aa  141  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.329962  normal  0.230436 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  46.84 
 
 
156 aa  139  1e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  43.87 
 
 
156 aa  139  2e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  43.23 
 
 
156 aa  139  2e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  43.87 
 
 
156 aa  139  2e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  46.2 
 
 
156 aa  138  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  45.57 
 
 
156 aa  137  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0353  rRNA large subunit methyltransferase  41.94 
 
 
156 aa  136  8e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389517  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1889  rRNA large subunit methyltransferase  41.94 
 
 
156 aa  136  8e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1226  rRNA large subunit methyltransferase  41.94 
 
 
156 aa  136  8e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1070  rRNA large subunit methyltransferase  41.94 
 
 
156 aa  136  8e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503879  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0797  rRNA large subunit methyltransferase  41.94 
 
 
156 aa  136  8e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  41.94 
 
 
156 aa  136  8e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1235  rRNA large subunit methyltransferase  41.94 
 
 
156 aa  136  8e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  44.94 
 
 
156 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1738  protein of unknown function DUF163  41.29 
 
 
156 aa  135  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  44.94 
 
 
156 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  44.94 
 
 
156 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2195  rRNA large subunit methyltransferase  43.87 
 
 
156 aa  135  3e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>