59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1963 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1963  STAS domain protein  100 
 
 		 100 aa  206  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.259711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3452  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  82 
 
 		 115 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.466044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34370  antisigma-factor antagonist STAS domain protein  62.14 
 
 		 101 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2820  anti-sigma-factor antagonist  64.08 
 
 		 101 aa  130  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0314331 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20770  hypothetical protein  61.39 
 
 		 101 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1783  hypothetical protein  60.4 
 
 		 101 aa  127  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4364  anti-sigma-factor antagonist  61.39 
 
 		 101 aa  123  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1503  anti-sigma-factor antagonist  61.39 
 
 		 101 aa  123  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.696241  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3925  anti-sigma-factor antagonist  60.4 
 
 		 101 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.406637  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3689  anti-sigma-factor antagonist  60.4 
 
 		 101 aa  120  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1992  anti-sigma-factor antagonist  58 
 
 		 107 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1541  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  55.45 
 
 		 99 aa  116  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.875009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2180  flagellar basal-body rod protein FlgB  49.5 
 
 		 129 aa  99.8  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2158  anti-sigma-factor antagonist  49.49 
 
 		 101 aa  98.2  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.809632  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3579  anti-sigma-factor antagonist  47.73 
 
 		 105 aa  93.2  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2416  anti-sigma-factor antagonist  48.48 
 
 		 112 aa  92.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.015086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0733  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  46 
 
 		 101 aa  88.6  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.515917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3441  anti-sigma-factor antagonist  45.92 
 
 		 100 aa  87.8  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1593  anti-sigma-factor antagonist  41.49 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01716  putative anti-sigma factor antagonist  39 
 
 		 101 aa  73.6  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1038  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  37.62 
 
 		 100 aa  71.6  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0156  putative anti-sigma F factor antagonist  38.38 
 
 		 99 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2957  anti-sigma-factor antagonist  38.89 
 
 		 100 aa  71.2  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3533  hypothetical protein  46.84 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0411  hypothetical protein  35.56 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.368048  normal  0.907384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2225  anti-sigma-factor antagonist  36.63 
 
 		 100 aa  61.2  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3117  anti-anti-sigma regulatory factor  38.64 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1390  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  34.83 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0440  anti-sigma-factor antagonist  38.04 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0996499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0945  anti-anti-sigma regulatory factor  30 
 
 		 104 aa  51.6  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000959965  hitchhiker  0.00175597 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3296  anti-sigma-factor antagonist  37.18 
 
 		 92 aa  50.4  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3069  hypothetical protein  33.71 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401391 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0007  anti-sigma-factor antagonist  25.53 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000178812  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2188  anti-sigma-factor antagonist  31.43 
 
 		 117 aa  46.2  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000563626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2150  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2095  SpoIIAA family protein  33.75 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2367  SpoIIAA family protein  33.75 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00979283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2250  SpoIIAA family protein  33.75 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0929846  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0196  anti-sigma-factor antagonist  30.23 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2118  SpoIIAA family protein  31.4 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2094  anti-sigma-factor antagonist  30.11 
 
 		 104 aa  43.9  0.0008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000638227  normal  0.178484 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2665  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 		 138 aa  43.9  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1630  anti-sigma-factor antagonist  30.43 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.831198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0283  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3486  anti-sigma-factor antagonist  25.53 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1663  anti-anti-sigma factor family protein  29.79 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.88575  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2107  SpoIIAA family protein  31.4 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0946  anti-sigma F factor antagonist, putative  35.09 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349571  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1771  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  32.18 
 
 		 102 aa  41.6  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1878  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 97 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.838395  normal  0.900553 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2096  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 97 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1167  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 		 127 aa  42  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000216807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1237  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 112 aa  41.2  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0521699 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2160  anti-sigma-factor antagonist  29.47 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1838  anti-sigma-factor antagonist  31.31 
 
 		 115 aa  40.8  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.422336  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4774  anti-sigma-factor antagonist  39.66 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2221  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 97 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2419  anti-sigma-factor antagonist  30.77 
 
 		 126 aa  40  0.01  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.393853 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2044  anti-sigma-factor antagonist  29.35 
 
 		 126 aa  40  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000364953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>