44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2547 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2547  regulator of competence-specific genes  100 
 
 		 206 aa  427  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000620558  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2856  regulator of competence-specific genes  92.23 
 
 		 206 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000863171  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2696  regulator of competence-specific genes  66.02 
 
 		 208 aa  286  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000067417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1211  regulator of competence-specific genes  64 
 
 		 209 aa  271  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2539  DNA transformation protein tfoX  51.26 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000195264  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3201  hypothetical protein  51.26 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000064968  hitchhiker  0.00612838 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2628  regulator of competence-specific genes  51.26 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928932  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1756  regulator of competence-specific genes  45.69 
 
 		 219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000590312  hitchhiker  0.0000249336 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1471  regulator of competence-specific genes  47.26 
 
 		 208 aa  178  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000187987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1068  TfoX family protein  41.24 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144107  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1181  TfoX family protein  41.75 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249194  normal  0.494674 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1113  TfoX family protein  41.75 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00655233  hitchhiker  0.000555107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1135  TfoX family protein  41.75 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0564701  normal  0.981873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1030  TfoX family protein  41.75 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000638519  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1147  TfoX family protein  41.75 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.303148  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2684  regulator of competence-specific genes  41.24 
 
 		 209 aa  150  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2159  TfoX family protein  41.24 
 
 		 209 aa  150  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000143241  normal  0.451422 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00970  hypothetical protein  41.24 
 
 		 209 aa  150  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000688807  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1075  TfoX family protein  41.24 
 
 		 209 aa  150  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000055454  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00963  hypothetical protein  41.24 
 
 		 209 aa  150  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000316322  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1124  TfoX family protein  41.24 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000094765  normal  0.380229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2637  regulator of competence-specific genes  41.24 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00582565  hitchhiker  0.000000482749 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003942  DNA transformation protein TfoX  37.78 
 
 		 187 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1982  putative DNA transformation protein TfoX  41.34 
 
 		 195 aa  133  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01580  hypothetical protein  37.22 
 
 		 196 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1325  hypothetical protein  40 
 
 		 195 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134682  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2355  TfoX family protein  38.38 
 
 		 114 aa  72.8  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000106232  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1715  DNA transformation protein  29.22 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000335694  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02628  hypothetical protein  27.37 
 
 		 195 aa  67  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0723  hypothetical protein  26.67 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003753  DNA transformation protein TfoX  25.15 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0302  hypothetical protein  33.33 
 
 		 84 aa  56.6  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.516262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3473  regulator of competence-specific genes  23.32 
 
 		 217 aa  56.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1698  TfoX domain protein  28.28 
 
 		 128 aa  53.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.263995  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1766  TfoX domain-containing protein  32.53 
 
 		 108 aa  53.5  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2034  hypothetical protein  31.65 
 
 		 91 aa  52  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.81797  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1480  TfoX domain-containing protein  26.6 
 
 		 105 aa  50.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.322278  hitchhiker  0.00610766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1864  TfoX-like protein  27.16 
 
 		 108 aa  50.1  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.726376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2526  TfoX-like  28.57 
 
 		 109 aa  49.3  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00440124  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4493  hypothetical protein  29.41 
 
 		 126 aa  48.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1931  TfoX domain protein  30.38 
 
 		 84 aa  45.8  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2987  TfoX-like  37.93 
 
 		 133 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0478922 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2174  TfoX domain protein  33.33 
 
 		 124 aa  42.4  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.598464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0262  TfoX domain-containing protein  28.92 
 
 		 140 aa  41.6  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.249575  normal  0.24244 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>