More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0977 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0977  murein hydrolase B  100 
 
 		 361 aa  745    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3333  murein hydrolase B  98.6 
 
 		 356 aa  725    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2708  murein hydrolase B  81.11 
 
 		 364 aa  608  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102119  hitchhiker  0.00940641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1464  murein hydrolase B  80.56 
 
 		 364 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1351  murein hydrolase B  80.56 
 
 		 364 aa  605  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.720495  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2982  murein hydrolase B  76.06 
 
 		 359 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000956693 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3033  murein hydrolase B  76.06 
 
 		 359 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.986861  hitchhiker  0.00384978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3399  murein hydrolase B  80 
 
 		 361 aa  573  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2951  murein hydrolase B  76.06 
 
 		 359 aa  571  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3017  murein hydrolase B  76.06 
 
 		 359 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  hitchhiker  0.00000130232 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3140  murein hydrolase B  76.06 
 
 		 359 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011218 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0988  lytic murein transglycosylase B  74.79 
 
 		 361 aa  553  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232611  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1011  murein hydrolase B  74.51 
 
 		 361 aa  552  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000289241 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2837  murein hydrolase B  74.23 
 
 		 361 aa  550  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.359796  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02551  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  75.07 
 
 		 361 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.253106  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3948  murein hydrolase B  75.07 
 
 		 361 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.315849  normal  0.782651 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2824  murein hydrolase B  75.35 
 
 		 361 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0997605  hitchhiker  0.00000822387 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02516  hypothetical protein  75.07 
 
 		 361 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.360268  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3176  murein hydrolase B  75.07 
 
 		 361 aa  538  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.417908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2985  murein hydrolase B  75.07 
 
 		 361 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.26128  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3179  murein hydrolase B  73.8 
 
 		 382 aa  530  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3330  murein hydrolase B  70.49 
 
 		 381 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5017  murein hydrolase B  68.42 
 
 		 371 aa  508  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80747  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57730  murein hydrolase B  66.39 
 
 		 367 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3237  murein hydrolase B  67.39 
 
 		 383 aa  489  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2114  murein hydrolase B  47.98 
 
 		 373 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08410  lytic murein transglycosylase B  46.42 
 
 		 342 aa  282  7.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.562186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12080  soluble lytic transglycosylase B  48.25 
 
 		 340 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.254776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3796  lytic murein transglycosylase B  47.62 
 
 		 336 aa  279  5e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4968  lytic murein transglycosylase B  47.6 
 
 		 336 aa  279  6e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.763775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1108  soluble lytic transglycosylase B  48.25 
 
 		 336 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.490976  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4363  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  46.96 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.116504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0616  lytic murein transglycosylase B  47.27 
 
 		 336 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.573967  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4823  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  46.03 
 
 		 335 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4805  lytic murein transglycosylase B  46.62 
 
 		 348 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.785804  normal  0.425937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4858  lytic murein transglycosylase B  45.98 
 
 		 336 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.080736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3339  Zn-finger, DksA/TraR C4 type  44.41 
 
 		 341 aa  263  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000917071  normal  0.0196691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4680  lytic murein transglycosylase B  46.62 
 
 		 336 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0174  lytic murein transglycosylase B  45.48 
 
 		 330 aa  260  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.35243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0724  lytic murein transglycosylase B  46.84 
 
 		 362 aa  251  9.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2634  lytic murein transglycosylase B  42.58 
 
 		 329 aa  251  1e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2520  lytic murein transglycosylase B  42.77 
 
 		 347 aa  245  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.160631  normal  0.119321 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1972  lytic murein transglycosylase B  40.17 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2160  lytic murein transglycosylase B  44.31 
 
 		 361 aa  239  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000203112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2709  lytic murein transglycosylase B  42.26 
 
 		 344 aa  235  7e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.31024  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3012  lytic murein transglycosylase B  40.74 
 
 		 354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2099  lytic murein transglycosylase B  44.62 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.342273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0577  lytic murein transglycosylase B  44.06 
 
 		 405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.686082  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1015  lytic murein transglycosylase B  43.44 
 
 		 405 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2248  lytic murein transglycosylase B  42.68 
 
 		 444 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2383  lytic murein transglycosylase B  44.06 
 
 		 392 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.455496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4169  lytic murein transglycosylase B  42.37 
 
 		 405 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.743519  normal  0.778166 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0859  lytic murein transglycosylase B  42.33 
 
 		 374 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0732  lytic murein transglycosylase B  42.64 
 
 		 408 aa  226  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.351039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1547  lytic murein transglycosylase B  45.15 
 
 		 344 aa  225  7e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2306  lytic murein transglycosylase B  43.44 
 
 		 357 aa  225  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.450131  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2817  lytic murein transglycosylase B  43.44 
 
 		 357 aa  225  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.280732 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1269  lytic murein transglycosylase B  41.19 
 
 		 381 aa  225  1e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.282145  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0788  lytic murein transglycosylase B  41.72 
 
 		 374 aa  225  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.297958 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3380  lytic murein transglycosylase B  42.22 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0518683  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1056  lytic murein transglycosylase B  44.63 
 
 		 321 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0932  lytic murein transglycosylase B  43.12 
 
 		 448 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0936  lytic murein transglycosylase B  43.12 
 
 		 406 aa  223  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0918  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  41.23 
 
 		 372 aa  222  7e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.841841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2556  lytic murein transglycosylase B  42.02 
 
 		 368 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1216  lytic murein transglycosylase B  41.59 
 
 		 363 aa  220  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3149  lytic murein transglycosylase B  40.18 
 
 		 366 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1647  murein transglycosylase domain-containing protein  43.44 
 
 		 456 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1835  hypothetical protein  38.64 
 
 		 338 aa  216  4e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1242  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase B protein  42.43 
 
 		 366 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00209703  normal  0.108974 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0417  murein transglycosylase domain-containing protein  42.19 
 
 		 474 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2983  murein transglycosylase domain-containing protein  42.19 
 
 		 458 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0212  murein transglycosylase domain-containing protein  42.19 
 
 		 433 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2561  murein transglycosylase domain-containing protein  42.19 
 
 		 431 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0937  murein transglycosylase domain-containing protein  42.19 
 
 		 431 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2873  lytic murein transglycosylase B  42.19 
 
 		 431 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0861868  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2936  lytic murein transglycosylase B  42.19 
 
 		 452 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1838  hypothetical protein  38.31 
 
 		 338 aa  213  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04282  lytic murein transglycosylase B  40.89 
 
 		 318 aa  212  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3448  lytic murein transglycosylase B  40.89 
 
 		 373 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.474367 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1090  lytic murein transglycosylase B  39.49 
 
 		 356 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00257265  hitchhiker  0.00000204091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3455  lytic murein transglycosylase B  39.49 
 
 		 356 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000138517  normal  0.0101722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3277  lytic murein transglycosylase B  39.49 
 
 		 356 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000759763  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1558  lytic murein transglycosylase B  37.31 
 
 		 372 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000667171  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3319  lytic murein transglycosylase B  39.2 
 
 		 356 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000245768  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0697  lytic murein transglycosylase B  41.16 
 
 		 337 aa  209  9e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0681454  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1385  membrane-bound lytic transglycosylase  36.49 
 
 		 370 aa  208  1e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0841166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1315  lytic murein transglycosylase B  36.61 
 
 		 370 aa  207  2e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.213474  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1166  membrane-bound lytic transglycosylase, putative  38.83 
 
 		 354 aa  204  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2545  lytic murein transglycosylase B  45.52 
 
 		 356 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.336249  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2590  lytic murein transglycosylase B  39.93 
 
 		 329 aa  202  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.164218  normal  0.320646 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2846  lytic murein transglycosylase B  35.59 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000891968  hitchhiker  0.000000969149 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0755  lytic murein transglycosylase B  41.25 
 
 		 462 aa  202  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2937  lytic murein transglycosylase B  41.53 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000220956  normal  0.0240906 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0993  lytic murein transglycosylase B  38.46 
 
 		 354 aa  200  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000510709  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1054  lytic murein transglycosylase B  37.46 
 
 		 354 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000218585  hitchhiker  0.0074183 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1010  lytic murein transglycosylase B  39.74 
 
 		 327 aa  200  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0991  putative murein transglycosylase  37.95 
 
 		 409 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0989  lytic murein transglycosylase B  37.76 
 
 		 354 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000275469  normal  0.0108965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2077  lytic murein transglycosylase B  43.21 
 
 		 390 aa  199  6e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0554951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>