93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3325 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3325  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 107 aa  221  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.702566  normal  0.369654 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3649  Excinuclease ABC C subunit domain protein  84.11 
 
 		 131 aa  183  7e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3525  Excinuclease ABC C subunit domain protein  80.37 
 
 		 143 aa  173  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.506874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7672  Excinuclease ABC C subunit domain protein  70.1 
 
 		 104 aa  141  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0376  excinuclease ABC subunit C  66.67 
 
 		 104 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.604182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4258  excinuclease ABC subunit C  58.76 
 
 		 100 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00754458  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1038  hypothetical protein  50.54 
 
 		 93 aa  89.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.258363  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2665  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.61 
 
 		 98 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0964299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4363  excinuclease ABC, C subunit-like protein  52.13 
 
 		 91 aa  89  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4267  excinuclease ABC subunit C  47.96 
 
 		 180 aa  87.4  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0981  excinuclease ABC subunit C  42.57 
 
 		 137 aa  80.9  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.16466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4162  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.42 
 
 		 97 aa  80.1  0.000000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3490  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.27 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  42.39 
 
 		 117 aa  77  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0254  excinuclease ABC subunit C  39.33 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3514  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.05 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0782  hypothetical protein  39.78 
 
 		 93 aa  65.9  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0811  hypothetical protein  38.71 
 
 		 93 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  44.16 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  39.51 
 
 		 82 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  39.51 
 
 		 82 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3763  excinuclease ABC subunit C  40.66 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153845  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  37.97 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.11 
 
 		 77 aa  57  0.00000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.86 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.67 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.31 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.74 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.94 
 
 		 86 aa  51.6  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2245  excinuclease ABC subunit C  40.22 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  35.71 
 
 		 89 aa  50.4  0.000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  37.5 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.62 
 
 		 80 aa  49.7  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.16 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  38.16 
 
 		 80 aa  48.5  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  39.19 
 
 		 100 aa  48.9  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3055  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.05 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  36.25 
 
 		 119 aa  48.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1731  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.75 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.26715  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  39.47 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.52 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  37.18 
 
 		 87 aa  46.2  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.21 
 
 		 87 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.573766  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5276  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.21 
 
 		 87 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  37.04 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.56 
 
 		 96 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.66 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2011  endonuclease  35.56 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000274341  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  36.14 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1608  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.16 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.143422  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2919  endonuclease  38.82 
 
 		 106 aa  44.7  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  35.44 
 
 		 163 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  37.08 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4129  excinuclease ABC subunit C  34.07 
 
 		 127 aa  44.7  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  38.96 
 
 		 103 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1312  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.75 
 
 		 88 aa  44.7  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.12439  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.62 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0044  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.29 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  31.33 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0033  GIY-YIG nuclease superfamily protein  33.8 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  38.67 
 
 		 338 aa  43.9  0.0007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0974  O-methyltransferase  32.5 
 
 		 330 aa  43.9  0.0007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0397708  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3553  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.36 
 
 		 93 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.158193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  34.18 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0145  endonuclease  37.66 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0034  GIY-YIG nuclease superfamily protein  33.8 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  33.8 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0682  excinuclease ABC subunit C  30.86 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000227073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  33.8 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  33.8 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0032  GIY-YIG nuclease superfamily protein  33.8 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 		 103 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.18 
 
 		 166 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0448  excinuclease ABC subunit C  36.36 
 
 		 79 aa  43.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.48 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  35.44 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  36.11 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  32.91 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.21 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0675  hypothetical protein  32.91 
 
 		 101 aa  42  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  37.18 
 
 		 88 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  35.53 
 
 		 86 aa  42  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  32.91 
 
 		 167 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  34.18 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  34.88 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0980  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.62 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0544  excinuclease ABC subunit C  32.93 
 
 		 86 aa  40.8  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  37.88 
 
 		 117 aa  40.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  32.91 
 
 		 147 aa  40.4  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3608  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.19 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.942188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1262  endo/excinuclease domain protein  33.33 
 
 		 105 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.505421  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  32.43 
 
 		 96 aa  40  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>