102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3490 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3490  Excinuclease ABC C subunit domain protein  100 
 
 		 125 aa  253  6e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1038  hypothetical protein  55.56 
 
 		 93 aa  103  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.258363  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2665  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.65 
 
 		 98 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0964299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0376  excinuclease ABC subunit C  52.08 
 
 		 104 aa  96.7  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.604182  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0811  hypothetical protein  46.15 
 
 		 93 aa  91.7  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0782  hypothetical protein  46.15 
 
 		 93 aa  91.3  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7672  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.66 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3649  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.76 
 
 		 131 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0981  excinuclease ABC subunit C  47.42 
 
 		 137 aa  83.6  9e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.16466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4258  excinuclease ABC subunit C  43.16 
 
 		 100 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00754458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3525  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.506874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3514  Excinuclease ABC C subunit domain protein  49.43 
 
 		 151 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4162  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.09 
 
 		 97 aa  82.4  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0254  excinuclease ABC subunit C  37.11 
 
 		 107 aa  80.5  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  44.83 
 
 		 117 aa  76.3  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4267  excinuclease ABC subunit C  39 
 
 		 180 aa  70.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3325  excinuclease ABC subunit C  45.78 
 
 		 107 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.702566  normal  0.369654 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4363  excinuclease ABC, C subunit-like protein  43.9 
 
 		 91 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3763  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 		 101 aa  63.9  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153845  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  41.67 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  41.67 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2245  excinuclease ABC subunit C  40 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  38.37 
 
 		 89 aa  57.4  0.00000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  40.24 
 
 		 83 aa  57  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1970  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.86 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.712679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.26 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2919  endonuclease  39.47 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0033  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.9 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.78 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  40.28 
 
 		 82 aa  54.3  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0034  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.9 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.9 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.9 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0032  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.9 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.9 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  35 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.73 
 
 		 130 aa  52.8  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.73 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.84 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  49.21 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1731  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.97 
 
 		 91 aa  52.4  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.26715  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  35.44 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.9 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0044  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.49 
 
 		 86 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.06 
 
 		 96 aa  50.8  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  38.46 
 
 		 100 aa  50.4  0.000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 		 163 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  43.75 
 
 		 94 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  36.36 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.36 
 
 		 166 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.49 
 
 		 80 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.94 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.67 
 
 		 87 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.573766  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5276  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.67 
 
 		 87 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.94 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  34.72 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  35.06 
 
 		 167 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.62 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0019  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.66 
 
 		 93 aa  47.8  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  36 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  35.53 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0145  endonuclease  38.96 
 
 		 106 aa  47.8  0.00006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0682  excinuclease ABC subunit C  34.62 
 
 		 96 aa  47.4  0.00006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000227073  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.77 
 
 		 84 aa  47.4  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.75 
 
 		 88 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0448  excinuclease ABC subunit C  36.11 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.36 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0879  endo/excinuclease domain-containing protein  37.5 
 
 		 165 aa  45.4  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  36.11 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  36.11 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  33.77 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  36.36 
 
 		 92 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3055  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.36 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0018  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.36 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1312  Excinuclease ABC C subunit domain protein  51.06 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.12439  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  32.14 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2472  excinuclease ABC subunit C  36 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0098  excinuclease ABC subunit C  35.53 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807182  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1608  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.33 
 
 		 91 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.143422  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  36 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  32.47 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  35.62 
 
 		 97 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  31.17 
 
 		 139 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1009  Excinuclease ABC C subunit domain protein  31.58 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53905  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  33.33 
 
 		 90 aa  41.2  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  32.91 
 
 		 338 aa  41.6  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0145  hypothetical protein  32.88 
 
 		 122 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2011  endonuclease  35 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000274341  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  36.92 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  30 
 
 		 147 aa  40.8  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.44 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1079  excinuclease ABC, C subunit, N-terminal  40.68 
 
 		 264 aa  40.4  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0038  excinuclease ABC subunit C  29.63 
 
 		 97 aa  40.8  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0737  endo/excinuclease domain-containing protein  40.68 
 
 		 298 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.346537  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0136  excinuclease ABC subunit C  31.17 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228252 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2276  endo/excinuclease domain-containing protein  40.68 
 
 		 304 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3008  endo/excinuclease domain-containing protein  40.68 
 
 		 334 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.975273  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1589  endo/excinuclease domain-containing protein  40.68 
 
 		 322 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.942614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>