191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0376 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0376  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 
104 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.604182  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4258  excinuclease ABC subunit C  75.79 
 
 
100 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00754458  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7672  Excinuclease ABC C subunit domain protein  66.32 
 
 
104 aa  136  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3649  Excinuclease ABC C subunit domain protein  69.89 
 
 
131 aa  131  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233578  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3525  Excinuclease ABC C subunit domain protein  65.31 
 
 
143 aa  122  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.506874  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3325  excinuclease ABC subunit C  65.56 
 
 
107 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.702566  normal  0.369654 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4267  excinuclease ABC subunit C  62.22 
 
 
180 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1038  hypothetical protein  56.38 
 
 
93 aa  106  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.258363  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2665  Excinuclease ABC C subunit domain protein  55.91 
 
 
98 aa  104  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0964299  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1648  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 
117 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.732413  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4363  excinuclease ABC, C subunit-like protein  59.76 
 
 
91 aa  99.4  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3490  Excinuclease ABC C subunit domain protein  52.08 
 
 
125 aa  96.7  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0981  excinuclease ABC subunit C  51.09 
 
 
137 aa  95.5  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.16466  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0811  hypothetical protein  48.94 
 
 
93 aa  93.6  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0782  hypothetical protein  48.94 
 
 
93 aa  93.2  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4162  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.37 
 
 
97 aa  90.9  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0254  excinuclease ABC subunit C  42.7 
 
 
107 aa  88.2  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.166444  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3514  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 
151 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3763  excinuclease ABC subunit C  46.67 
 
 
101 aa  77.8  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153845  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  46.25 
 
 
83 aa  73.9  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  42.31 
 
 
82 aa  68.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  42.31 
 
 
82 aa  68.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.05 
 
 
80 aa  68.2  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.37 
 
 
84 aa  66.6  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.37 
 
 
77 aa  65.9  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  39.74 
 
 
82 aa  65.5  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.97 
 
 
88 aa  63.9  0.0000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  46.75 
 
 
103 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.86 
 
 
130 aa  62.8  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2245  excinuclease ABC subunit C  43.62 
 
 
108 aa  62  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.45 
 
 
103 aa  60.8  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.45 
 
 
103 aa  60.8  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.96 
 
 
86 aa  60.5  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.48 
 
 
90 aa  59.3  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2011  endonuclease  40.74 
 
 
98 aa  59.3  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000274341  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1312  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.21 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.12439  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  39.74 
 
 
89 aa  58.5  0.00000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.23 
 
 
95 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.46 
 
 
84 aa  57.4  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.36 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  42.31 
 
 
94 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.18 
 
 
91 aa  57  0.00000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3055  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.13 
 
 
103 aa  57  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  39.47 
 
 
100 aa  56.6  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  38.46 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.22 
 
 
96 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.45 
 
 
96 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  39.24 
 
 
119 aa  55.1  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2919  endonuclease  40.48 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1970  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.71 
 
 
121 aa  54.3  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.712679  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1608  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.48 
 
 
91 aa  53.9  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.143422  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0675  hypothetical protein  38.75 
 
 
101 aa  53.9  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  35.87 
 
 
95 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  34.09 
 
 
147 aa  53.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0682  excinuclease ABC subunit C  30.77 
 
 
96 aa  53.1  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000227073  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  32.53 
 
 
88 aa  52.8  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  37.66 
 
 
97 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  37.66 
 
 
96 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  35 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  37.18 
 
 
95 aa  52  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0019  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.26 
 
 
93 aa  51.6  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  36.26 
 
 
95 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  36.25 
 
 
163 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3553  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40 
 
 
93 aa  52  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.158193 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.74 
 
 
105 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1731  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.27 
 
 
91 aa  51.2  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.26715  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  37.18 
 
 
87 aa  51.2  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.9 
 
 
88 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2824  excinuclease ABC subunit C  40.74 
 
 
92 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.25 
 
 
166 aa  50.8  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  37.5 
 
 
100 aa  50.4  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.67 
 
 
87 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.573766  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5276  GIY-YIG nuclease superfamily protein  34.67 
 
 
87 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  35.9 
 
 
338 aa  50.4  0.000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  38.96 
 
 
115 aa  50.4  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  37.18 
 
 
101 aa  50.1  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0018  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.96 
 
 
93 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  41.43 
 
 
97 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  36.84 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0448  excinuclease ABC subunit C  35.53 
 
 
79 aa  50.1  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  36.71 
 
 
95 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  35.44 
 
 
92 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  35.44 
 
 
84 aa  50.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  34.57 
 
 
139 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4129  excinuclease ABC subunit C  36.26 
 
 
127 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.36 
 
 
96 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  38.16 
 
 
88 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  36.36 
 
 
111 aa  48.5  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  32.95 
 
 
167 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  36.36 
 
 
96 aa  48.9  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  34.18 
 
 
95 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  36.36 
 
 
96 aa  48.9  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>