165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1262 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1262  endo/excinuclease domain protein  100 
 
 		 105 aa  217  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.505421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1080  GIY-YIG nuclease superfamily protein  82 
 
 		 113 aa  174  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.984225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0979  GIY-YIG nuclease superfamily protein  74.47 
 
 		 113 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.888476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1011  GIY-YIG nuclease superfamily protein  75.82 
 
 		 113 aa  150  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4244  GIY-YIG nuclease superfamily protein  72.04 
 
 		 94 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0972  GIY-YIG nuclease superfamily protein  79.52 
 
 		 105 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0980  GIY-YIG nuclease superfamily protein  75.56 
 
 		 100 aa  140  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3553  GIY-YIG nuclease superfamily protein  72.29 
 
 		 93 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.158193 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11350  GIY-YIG nuclease superfamily protein  75 
 
 		 87 aa  123  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.651931  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1257  GIY-YIG nuclease superfamily protein  68.82 
 
 		 104 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14150  GIY-YIG nuclease superfamily protein  66.67 
 
 		 104 aa  116  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.121781  normal  0.153151 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0606  hypothetical protein  46.43 
 
 		 94 aa  84  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.383877  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  51.25 
 
 		 167 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  50 
 
 		 166 aa  77.4  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  49.35 
 
 		 92 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0675  hypothetical protein  49.43 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000538  excinuclease ABC C subunit  41.38 
 
 		 106 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.559483  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  45.12 
 
 		 163 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0145  endonuclease  48.05 
 
 		 106 aa  72  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  45.12 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  46.25 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  44.44 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3625  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.76 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.791399  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0550  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.59 
 
 		 100 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3528  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.76 
 
 		 120 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3565  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.76 
 
 		 120 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3459  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.76 
 
 		 120 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3457  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.76 
 
 		 120 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3334  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.86 
 
 		 100 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692644  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  42.35 
 
 		 90 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05350  hypothetical protein  38.64 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3638  GIY-YIG nuclease superfamily protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03022  hypothetical protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0145  hypothetical protein  45 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4475  GIY-YIG nuclease superfamily protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3616  GIY-YIG nuclease superfamily protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02973  hypothetical protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0543  GIY-YIG nuclease superfamily protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.792444 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3451  GIY-YIG nuclease superfamily protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3347  GIY-YIG nuclease superfamily protein  42.31 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0136  excinuclease ABC subunit C  43.75 
 
 		 140 aa  67  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228252 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.04 
 
 		 105 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  43.75 
 
 		 119 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.14 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2472  excinuclease ABC subunit C  37.8 
 
 		 86 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3453  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.3 
 
 		 100 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.472079  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  39.74 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3608  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.37 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.942188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3592  GIY-YIG nuclease superfamily protein  44.16 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394656  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1200  URI-like endonuclease  41.56 
 
 		 90 aa  63.9  0.0000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.221848  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  42.86 
 
 		 84 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  38.27 
 
 		 94 aa  63.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0821  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.77 
 
 		 103 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  41.33 
 
 		 103 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  40 
 
 		 83 aa  62.4  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  36.59 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0038  excinuclease ABC subunit C  39.33 
 
 		 97 aa  62  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3712  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.33 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0974  O-methyltransferase  42.67 
 
 		 330 aa  61.6  0.000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0397708  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3578  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.79 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4013  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.79 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0597  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.47 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.43 
 
 		 88 aa  60.5  0.000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 		 103 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 		 103 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2327  excinuclease ABC subunit C  38.14 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.418538  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2278  excinuclease ABC subunit C  34.62 
 
 		 89 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0732686  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0507  excinuclease ABC subunit C  38.2 
 
 		 117 aa  59.7  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02157  GIY-YIG nuclease superfamily protein  33.33 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  31.17 
 
 		 80 aa  57.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1731  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.18 
 
 		 91 aa  57.8  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.26715  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0682  excinuclease ABC subunit C  32.5 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000227073  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  34.25 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  37.66 
 
 		 100 aa  56.6  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3398  hypothetical protein  36.71 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.711714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36 
 
 		 84 aa  56.2  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.49 
 
 		 80 aa  56.6  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.67 
 
 		 84 aa  55.8  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1115  Excinuclease ABC C subunit domain protein  37.66 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0098  excinuclease ABC subunit C  36.49 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807182  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2824  excinuclease ABC subunit C  40.74 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  32.18 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.62 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  34.67 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1009  Excinuclease ABC C subunit domain protein  34.48 
 
 		 92 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53905  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.43 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.78 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1804  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 		 295 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2416  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  37.33 
 
 		 89 aa  53.5  0.0000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  32.91 
 
 		 86 aa  52.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0879  endo/excinuclease domain-containing protein  35.53 
 
 		 165 aa  52.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2420  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 		 285 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.180406 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  33.77 
 
 		 97 aa  53.5  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  33.77 
 
 		 96 aa  53.5  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2171  excinuclease ABC subunit C  34.62 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000951078 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2461  excinuclease ABC subunit C  37.66 
 
 		 296 aa  52.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1312  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.03 
 
 		 88 aa  53.5  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.12439  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1452  excinuclease ABC subunit C  33.72 
 
 		 112 aa  53.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00178124  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>