More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCAP_0023 on replicon NC_007633
Organism: Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007633  MCAP_0023  cold shock protein  100 
 
 
68 aa  135  1e-31  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
67 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
170 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150831  hitchhiker  0.000000000149768 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  59.38 
 
 
81 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  59.38 
 
 
81 aa  85.9  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000351487  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000117939  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  59.38 
 
 
67 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117316  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  55.38 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  56.25 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
68 aa  84.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.25 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
67 aa  84.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000242015  decreased coverage  0.000000000715587 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5852  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
67 aa  84  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000587256  normal  0.480668 
 
 
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
68 aa  84  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083542  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000000151269  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.92 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  61.9 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  61.9 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  59.38 
 
 
70 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
72 aa  82  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.81 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4713  cold-shock DNA-binding domain protein  56.92 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003958  cold shock protein CspD  53.12 
 
 
72 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
67 aa  82  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  57.81 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  57.81 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  57.81 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.03 
 
 
68 aa  81.6  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  57.81 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  57.81 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  54.69 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01564  hypothetical protein  53.12 
 
 
79 aa  82  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  57.81 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  57.81 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.38 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  54.69 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  54.69 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  54.69 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  54.69 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  54.69 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  54.69 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1685  cold-shock DNA-binding protein family protein  50.75 
 
 
89 aa  81.3  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000048024  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.85 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  53.12 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  54.69 
 
 
67 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.73 
 
 
70 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  57.81 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  54.69 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  55.22 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  53.85 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  57.81 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  51.56 
 
 
67 aa  80.9  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  60.32 
 
 
70 aa  80.5  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.25 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.31 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  56.25 
 
 
67 aa  80.5  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>