163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4011 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4011  FmdB family regulatory protein  100 
 
 		 108 aa  209  9e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000161768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1068  hypothetical protein  78.69 
 
 		 128 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  76.92 
 
 		 105 aa  113  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  76.56 
 
 		 114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1295  hypothetical protein  59.6 
 
 		 113 aa  110  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0464  hypothetical protein  67.95 
 
 		 112 aa  110  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0654  regulatory protein, FmdB family  55.1 
 
 		 125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  79.66 
 
 		 105 aa  108  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  64.2 
 
 		 112 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4045  hypothetical protein  66.67 
 
 		 133 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859174  normal  0.576471 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  67.14 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  67.14 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  67.14 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  67.14 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  67.14 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  67.14 
 
 		 113 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  66.67 
 
 		 115 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0376  hypothetical protein  52.29 
 
 		 109 aa  105  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  71.88 
 
 		 120 aa  105  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  74.19 
 
 		 112 aa  104  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  79.66 
 
 		 113 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  79.66 
 
 		 113 aa  104  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  70.31 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0636  hypothetical protein  69.7 
 
 		 83 aa  103  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108864  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  79.31 
 
 		 105 aa  103  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  73.77 
 
 		 107 aa  103  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  79.31 
 
 		 90 aa  103  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  67.12 
 
 		 117 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  67.12 
 
 		 117 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  67.12 
 
 		 117 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  71.19 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  68.18 
 
 		 111 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  68.18 
 
 		 111 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  56.52 
 
 		 97 aa  101  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0437  hypothetical protein  73.33 
 
 		 157 aa  97.1  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1172  regulatory protein, FmdB family  62.67 
 
 		 87 aa  95.9  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.884251  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  52.5 
 
 		 94 aa  94.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  42 
 
 		 108 aa  93.6  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  43.12 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0440  hypothetical protein  62.3 
 
 		 86 aa  91.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  49.38 
 
 		 92 aa  87.4  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01549  putative regulatory protein, FmdB family  48.65 
 
 		 97 aa  87.4  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  59.02 
 
 		 73 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  57.38 
 
 		 88 aa  85.1  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  53.23 
 
 		 99 aa  83.2  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  50 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  50 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  54.1 
 
 		 78 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  52.78 
 
 		 85 aa  81.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  52.78 
 
 		 85 aa  81.6  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  55.74 
 
 		 73 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  55.74 
 
 		 73 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  55.74 
 
 		 73 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  55 
 
 		 95 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  55.74 
 
 		 73 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  43.53 
 
 		 85 aa  78.2  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  56.45 
 
 		 63 aa  77.4  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  46.05 
 
 		 81 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  50.82 
 
 		 113 aa  75.5  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  54.84 
 
 		 88 aa  75.5  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  42.86 
 
 		 91 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0195  regulatory protein, FmdB family  52.54 
 
 		 81 aa  75.1  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  42.86 
 
 		 91 aa  75.1  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0204  regulatory protein, FmdB family  51.67 
 
 		 81 aa  73.9  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0297929 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  52.54 
 
 		 95 aa  73.9  0.0000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1038  FmdB family regulatory protein  41.76 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000617496  unclonable  0.00000827491 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  41.18 
 
 		 99 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  50.85 
 
 		 85 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  49.15 
 
 		 85 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2303  regulatory protein, FmdB family  48.28 
 
 		 109 aa  67.8  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0327558  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1561  hypothetical protein  41.18 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.266221  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2391  regulatory protein, FmdB family  48.28 
 
 		 109 aa  67.8  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.873408  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  54.24 
 
 		 92 aa  67.4  0.00000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  52.54 
 
 		 86 aa  65.9  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0902  regulatory protein, FmdB family  56.14 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  49.18 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0548  FmdB family regulatory protein  39.77 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145953  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1094  FmdB transcriptional regulator  42.53 
 
 		 89 aa  64.7  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.176161  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  47.14 
 
 		 83 aa  64.7  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  43.94 
 
 		 86 aa  63.9  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135331 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  35.58 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  52.63 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  42.5 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  46.15 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4645  regulatory protein, FmdB family  44.62 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0834  regulatory protein, FmdB family  50.85 
 
 		 117 aa  61.6  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.166433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  40.91 
 
 		 83 aa  60.8  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  46.55 
 
 		 82 aa  60.5  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000232466  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13090  putative regulatory protein, FmdB family  30.77 
 
 		 113 aa  59.7  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0657763  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0196  hypothetical protein  43.75 
 
 		 91 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0838449  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1467  regulatory protein, FmdB family  41.33 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0108  regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0629373  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5267  regulatory protein, FmdB family  33.96 
 
 		 118 aa  58.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.471797 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0208  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 91 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0219  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 		 91 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.530805  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1970  regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  44.07 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4588  regulatory protein, FmdB family  46.55 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.691856  normal  0.396421 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30590  putative regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0140948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0213  FmdB family regulatory protein  38.1 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.119501 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>